Создание высокоаффинных гетеродимерных фотоаптамерных конструкций к тромбину

ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Создание высокоаффинных гетеродимерных фотоаптамерных конструкций к тромбину (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

Список сокращений
Цель и задачи исследования
Научная новизна работы
Практическая значимость исследований
Апробация работы
Структура и объем диссертации
1. Обзор литературы
- 1. 1. Аптамеры. Методы получения и области применения
  - 1. 1. 1. Методы получения аптамеров
  - 1. 1. 2. Особенности структуры аптамеров и их взаимодействия с белками-мишенями
  - 1. 1. 3. Аптамеры как терапевтические средства
  - 1. 1. 4. Аптамеры как аффинные реагенты для аналитических целей
- 1. 2. Фотоаптамеры
  - 1. 2. 1. Фотоиндуцированные ковалентные связи между белком и галогеносодержащими нуклеиновыми кислотами
  - 1. 2. 2. Получение и использование фотоаптамеров
  - 1. 2. 3. Фотохимические реакции в ДНК с участием галоген-урацилов
- 1. 3. Тромбин и антитромбиновые аптамеры
- 1. 4. Молекулярные аптамерные конструкции
- 1. 5. Исследование межмолекулярных взаимодействий методом поверхностного плазмонного резонанса
  - 1. 5. 1. Эффект поверхностного плазмонного резонанса (111UP) и его использование в оптических биосенсорах
  - 1. 5. 2. Получение кинетических и равновесных констант молекулярных взаимодействий методом ППР
2. Материалы и методы
- 2. 1. Реагенты и растворы
- 2. 2. Синтез и очистка олигонуклеотидов
- 2. 3. Масс-спектрометрический анализ
- 2. 4. Измерение аффинности антитромбиновых аптамеров и их димерных конструкций на оптическом биосенсоре Biacore
- 2. 5. Облучение комплексов фотоаптамер/тромбин
- 2. 6. Электрофоретический анализ облучённых комплексов фотоаптамер/тромбин
- 2. 7. Трипсинолиз белка в ковалентном комплексе с фотоаптамером
3. Результаты и обсуждение
- 3. 1. Димерные конструкции антитромбиновых аптамеров
  - 3. 1. 1. Выбор пары аптамеров и создание димерных конструкций
  - 3. 1. 2. Исследование аффинности гомо- и гетеродимерных конструкций антитромбиновых аптамеров
  - 3. 1. 3. Селективность гетеродимерных конструкций антитромбиновых аптамеров
- 3. 2. Оценка термодинамических параметров взаимодействия тромбина с антитромбиновыми аптамерами и их гетеродимерной конструкцией
- 3. 3. Антитромбиновые фотоаптамерные гетеродимерные конструкции
  - 3. 3. 1. Йод- и бром-урацил-содержашие антитромбиновые фотоаптамеры
  - 3. 3. 2. Фотоиндуцированные ковалентные комплексы тромбина с антитромбиновыми фотоаптамерными гетеродимерными конструкциями
  - 3. 3. 3. Сравнительный анализ выхода ковалентных комплексов с тромбином для фотоаптамеров и фотоаптамерных конструкций
  - 3. 3. 4. Формирования фотосшивок между тромбином и фотоаптамерными конструкциями в присутствии других белков
  - 3. 3. 5. Фотоинактивация антитромбиновых фотоаптамеров и фотоаптамерных конструкций под воздействием ультрафиолетового излучения

Широкомасштабный экспериментальный и биоинформационный анализ, выполненный в прошедшее десятилетие, создал огромный массив протеомных данных, позволивших идентифицировать тысячи потенциальных белковых маркёров различных онкологических заболеваний (164). Как ожидается, подавляющее большинство потенциальных белковых маркёров онкопатологии может присутствовать в крови в концентрациях ниже 10″ 15 М (1). Однако чувствительность существующих сегодня методов иммунохимического анализа за редким исключением не выходит за пикомолярные концентрации, что во многом определяется ограниченной аффинностью моноклональных антител (96- 63- 89- 123). Таким образом, задача исследования клинической значимости белковых маркёров и последующее создание тест-систем делает актуальным разработку новых подходов к детекции белка, присутствующего в сложной биологической жидкости (плазма или сыворотка крови) в ультранизких концентрациях.

Один из возможных подходов к решению проблемы измерения ультранизких концентраций белка (менее 10″ 15 М) состоит в повышении аффинности и селективности аффинных реагентов. Особый интерес представляют аффинные реагенты, позволяющие получать необратимые комплексы, «фиксируя» их путём образования ковалентной связи (29- 65- 88). Прямой подсчёт числа таких комплексов с помощью так называемых «молекулярных счётчиков», работающих на принципах сканирующей атомно-силовой и ближнепольной оптической микроскопии, делает возможным детекцию белка, присутствующего в концентрациях ниже 10″ 15 М (1- 95). При этом переход от обратимого к необратимому (ковалентному) специфическому связыванию приводит к понижению концентрационного предела детекции на несколько порядков (3).

Среди аффинных реагентов, способных формировать ковалентные комплексы с мишенью, наиболее перспективными с точки зрения практического применения являются «фотоаптамеры», представляющие особый класс аптамеров (65- 162). Аптамеры представляют олигонуклеотиды с высоким сродством к заданной белковой мишени, отбираемые методом селекции in vitro в комбинаторных библиотеках нуклеотидных последовательностей (97). Использование библиотек, состоящих из олигонуклеотидов с галогенсодержащими основаниями, позволяет получать «фотоаптамеры» с помощью отбора одновременно по аффинности и по способности образовывать фотоиндуцированные ковалентные связи (фотосшивки) селективно с белком-мишенью (69- 189). В отличие от таких аффинных реагентов, как Fab и аффитела, где придание способности к образованию ковалентных комплексов с молекулярной мишенью’не всегда возможно и требует знания структуры комплекса с мишенью (29- 88), фотоаптамеры могут быть получены практически к любому белку без знания о структуре комплекса (65).

Опубликованные экспериментальные данные указывают на существование корреляции между аффинностью фотоаптамера к белку-мишени и выходом ковалентных комплексов (17- 189). Однако селекция одновременно по двум параметрам (аффинности и способности формировать фотосшивки) ведёт в общем случае к отбору олигонуклеотидов с более низким сродством, чем при селекции только по аффинности. Это требует разработки подходов к повышению аффинности фотоаптамеров с целью создания высокоэффективных аффинных реагентов для измерения ультранизких концентраций белка.

Аффинность аптамеров может быть значительно усилена, используя молекулярное конструирование. В процессе химического синтеза аптамерные последовательности могут быть легко объединены в единую полинуклеотидную цепь. Это позволяет создавать «линейные» аптамерные конструкции, где аптамерные последовательности соединены либо нуклеотидными линкерами, либо линкерами ненуклеотидной природы (43- 80- 107- 122- 142- 176- 206- 212). Особый интерес представляют гетеродимерные конструкции, содержащие два аптамера, узнающих разные участки поверхности одного белка. Такие конструкции показали в целом усиление аффинности и/или функциональной активности по отношению к белку-мишени по сравнению с исходными аптамерами (80- 108- 142- 206- 212).

Можно предположить, что объединение фотоаптамера и аптамера, узнающих разные участки поверхности белка-мишени, в гетеродимерную фотоаптамерную конструкцию также приведёт к созданию аффинного реагента с улучшенными характеристиками. В настоящее время известны аптамер и фотоаптамер к тромбину, взаимодействующие с разными поверхностными сайтами белка. Их использование в качестве модельной системы даёт возможность экспериментально проверить, приведёт ли объединение аптамера и фотоаптамера в фотоаптамерную гетеродимерную консрукцию к значимому с практической точки зрения понижению концентрационного предела детекции ковалентных комплексов.

Цель и задачи исследования

Целью работы является экспериментальное обоснование возможности понизить концентрационный порог формирования ковалентных комплексов фотоаптамера с белком-мишенью путём включения фотоаптамера в гетеродимерную аптамерную конструкцию, используя аптамеры и фотоаптамеры к тромбину как модельную систему.

Для достижения данной цели были поставлены следующие задачи:

1. Синтезировать гетерои гомодимерные конструкции антитромбиновых аптамеров с длиной политимидинового линкера, варьирующей вшироком диапазоне. Исследовать их взаимодействие с тромбином на оптическом биосенсоре Biacore-3000 для нахождения длины линкера, обеспечивающей максимальную аффинность.

2. Синтезировать 5-йод-урацили 5-бром-урацил-содержащие антитромбиновые фотоаптамеры и провести сравнительный анализ их способности формировать фотоиндуцированные ковалентные комплексы с тромбином.

3. Синтезировать антитромбиновые гетеродимерные фотоаптамерные конструкции с длиной политимидинового линкера, оптимизированной по аффинности. Оценить выход ковалентных комплексов с тромбином в зависимости от дозы облучения ультрафиолетовым излучением и концентрации лиганд/мишень в растворе.

4. Провести анализ процесса фотоинактивации фотоаптамеров и фотоаптамерных гетеродимерных конструкций.

Научная новизна работы.

Впервые проведён сравнительный анализ аффинности гетерои гомодимерных аптамерных конструкций, образованных с помощью полинуклеотидного линкера, в широком диапазоне длин линкера. Впервые получены оценки термодинамических параметров взаимодействия тромбина с антитромбиновыми аптамерами и гетеродимерной аптамерной конструкцией. Впервые получен бром-урацил-содержащий фотоаптамер к тромбину. Впервые показано, что объединение фотоаптамера и аптамера в гетеродимерную конструкцию приводит к понижению концентрационного порога детекции ковалентных комплексов фотоаптамер/тромбин более чем в сто раз.

Практическая значимость исследований.

Результаты, полученные в работе, могут служить отправной точкой для развития «инженерного» подхода к созданию высокоэффективных аффинных реагентов, способных формировать фотосшивки селективно с белкоммишенью. Высокоаффинные антитромбиновые аптамерные гетеродимерные конструкции представляют интерес как исходный материал для создания антикоагулянтов нового поколения. Полученные линейные гетеродимерные фотоаптамерные конструкции будут использованы при разработке подхода к количественному определению белка с помощью «молекулярных счётчиков».

Апробация работы.

Основные результаты диссертационной работы были доложены на IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008), на IV Международной конференции «Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanobiotechnologies for Medicine» (Москва, 2008), на VI Международной конференции «Bioinformatics of genome regulation and structure» (Новосибирск, 2008), на научной конференции, посвященной 25-летию ИХБФМ СО РАН «Химическая биология. Фундаментальные проблемы бионанотехнологии» (Новосибирск, 2009), на V Международной конференции «Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanobiotechnologies for Medicine» (Москва, 2010). По материалам диссертации опубликовано 3 статьи.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа состоит из введения, 5 глав обзора литературы, главы «Материалы и методы», 3 глав раздела «Результаты и обсуждение», заключения, выводов и списка цитируемой литературы, включающего 257 источников. Работа изложена на 132 страницах текста, содержит 38 рисунков и 3 таблицы.

5 Выводы.

1. Объединение антитромбиновых аптамеров в гетер одимерные конструкции с помощью политимидинового линкера приводит к усилению сродства к тромбину. При длинах линкера от 35 до 55 нуклеотидов, равновесные константы диссоциации комплексов тромбина с иммобилизованными гетеродимерными конструкциями антитромбиновых аптамеров достигали минимума и были в среднем в 30 раз меньше, чем для составляющих их аптамеров.

2. Заменой 5-IdU на 5-BrdU получен новый фотоаптамер к тромбину. Установлено, что эффективности формирования фотоиндуцированных ковалентных комплексов тромбина с бром-урацил-содержащим фотоаптамером и йод-урацил-содержащим фотоаптамером практически не отличаются.

3. Объединение антитромбиновых аптамера и фотоаптамера в гетеродимерную конструкцию позволяет понизить концентрационный порог формирования фотоиндуцированных ковалентных комплексов на два порядка. Понижение концентрационного порога определяется более высокой аффинностью гетеродимерных фотоаптамерных конструкций.

4. Предоблучение длинноволновым ультрафиолетовым излучением фотоаптамеров и фотоаптамерных конструкций приводит к их инактивации, что проявляется в понижении их способности формировать ковалентные комплексы с тромбином.

4 Заключение.

Показать весь текст

Список литературы

Archakov A.I., Ivanov Y.D., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. AFM fishing nanotechnology is the way to reverse the Avogadro number in proteomics // Proteomics. 2007. — Vol. 7, № 1. P. 4−9.
Archakov A. I, Ivanov Y.D. Analytical nanobiotechnology for medicine diagnostics // Mol. Biosyst. 2007. — Vol. 3, № 5. — P. 336−342.
Archakov A., Ivanov Y., Lisitsa A., Zgoda V. Biospecific irreversible fishing coupled with atomic force microscopy for detection of extremely low-abundant proteins // Proteomics. 2009. — Vol. 9, № 5. — P. 13 261 343.
Baerga-Ortiz A., Bergqvist S., Mandell J. G., Komives E. A. Two different proteins that compete for binding to thrombin have opposite kinetic and thermodynamic profiles //Protein Sci. 2004. — Vol. 13, № 1. — P.166−176.
Bagalkot V., Farokhzad O.C., Langer R., Jon S. An aptamer-doxorubicin physical conjugate as a novel targeted drug-delivery platform //Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2006. — Vol. 45. — P. 8149−8152.
Baker B. R, Lai R. Y, Wood M. S, Doctor E. H, Heeger A. J, Plaxco K.W. // J. Am. Chem. Soc. 2006. — Vol. 128, № 10. — P. 3138−3139.
Baldrich E., Acero J.L., Reekmans G., Laureyn W., O’Sullivan C.K. Displacement Enzyme Linked Aptamer Assay // Anal. Chem. 2005. Vol. 77. — P. 4774−4784.
Baldrich E., Restrepo A., O’Sullivan C.K. Aptasensor development: elucidation of critical parameters for optimal aptamer performance // Anal. Chem. 2004. — Vol. 76, № 23. — P. 7053−63.
Bang G. S, Cho S., Kim B.G. A novel electrochemical detection method for aptamer biosensors // Biosens. Bioelectron. 2005. — Vol. 21, № 6. -P. 863−870.
Barbas A. S, White R.R. The development and testing of aptamers for cancer// Cur. Opin. Invest. Drugs. 2009. — Vol. 10, № 6. — P. 572−578.
Berezovski M., Nutiu R., Li Y., Krylov S.N. Affinity analysis of a protein-aptamer complex using nonequilibrium capillary electrophoresis of equilibrium mixtures // Anal. Chem. 2003. — Vol. 75, № 6. — P. 1382−1386.
Bini A., Minunni M., Tombelli S., Centi S., Mascini M. Analytical performances of aptamer-based sensing for thrombin detection / Anal. Chem. 2007. — Vol. 79. — P. 3016−3019.
Blank M., Weinschenk Т., Priemer M., Schluesener H. Systematic evolution of a DNA aptamer binding to rat brain tumor microvessels. Selective targeting of endothelial regulatory protein pigpen // J. Biol. Chem.-2001 Vol. 276.-P. 16 464−16 468.
Breslow R., Belvedere S., Gershell L., Leung D. The chelate effect in binding, catalysis, and chemotherapy // Pure Appl. Chem. 2000. — Vol. 72, № 3.-P. 333−342.
Boder E. T, Midelfort K. S, Wittrup K.D. Directed evolution of antibody fragments with monovalent femtomolar antigen-binding affinity // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000. — Vol. 97, № 20. — P. 10 701−10 705.
Bock L. C, Griffin L. C, Latham J. A, Vermaas E.H., Toole J.J. Selection of single-stranded DNA molecules that bind and inhibit human thrombin // Nature. 1992. — Vol. 355, № 6360. — P. 564−566.
Brody E.N., Gold L. Aptamers as therapeutic and diagnostic agents // J. Biotechnol. 2000. — Vol. 74. — P. 5−13.
Cai H., Lee T.M., Hsing I.M. Label-free protein recognition using an aptamer-based impedance measurement assay // Sens. Actuators Chem. -2006. Vol. 114, № 1. — P. 433−437.
Centi S., Tombelli S., Minunni M., Mascini M. Aptamer-based detection of plasma proteins by an electrochemical assay coupled to magnetic beads //Anal. Chem. 2007. — Vol. 79. — P. 1466−1473.
Charlton J., Kirschenheuter G.P., Smith D. Highly potent irreversible inhibitors of neutrophil elastase generated by selection from a randomized DNA-valine phosphonate library // Biochemistry. 1997. -Vol. 36, № 10. — P.3018−3026.
Chen Т., Cook G.P., Koppisch A.T., Greenberg M.M. Investigation of the origin of the sequence selectivity for the 5-halo-20-deoxyuridine sensitization of DNA to damage by UV-irradiation // J. Am. Chem. Soc. -2000.-Vol. 122.-P. 3861−3866.
Cheng A.K., Sen D., Yu H.Z. Design and testing of aptamer-based electrochemical biosensors for proteins and small molecules // Bioelectrochemistry. 2009. — Vol. 77, № 1. — P. 1−12.
Chmura A.J., Orton M.S., Meares C.F. Antibodies with infinite affinity // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001. — Vol. 98, № 15. — P. 8480−8484.
Cho H., Baker B.R., Wachsmann-Hogiu S., Pagba C.V., Laurence T.A., Lane S.M., Lee L.P., Ток J.B. Aptamer-based SERRS sensor for thrombin detection //Nano Lett. 2008. — Vol. 8, № 12. — P. 4386−4390.
Chu T.C., Marks J.W., Lavery L.A., Faulkner S., Rosenblum M.G., Ellington A.D., Levy M. Aptamentoxin conjugates that specifi cally target prostate tumor cells // Cancer Res. 2006a. — Vol. 66. — P. 59 895 992.
Convery M.A., Rowsell S., Stonehouse N.J., Ellington A.D., Hirao I., Murray J.B., Peabody D.S., Phillips S.E., Stockley P.G. // Nat. Struct. Biol., 1998.-Vol. 5.-Vol. 133−139.
Cook G.P., Chen Т., Koppisch A.T., Greenberg M.M. The effects of secondary structure and 02 on the formation of direct strand breaks upon
UV irradiation of 5-bromodeoxyuridine-containing oligonucleotides // Chem. Biol. 1999. — Vol.6. — P. 451−459.
Cox J.C., Ellington A.D. Bioorg. Automated selection of anti-protein aptamers // Med. Chem. 2001. — Vol. 9. — P. 2525−2531.
Cox J.C., Rajendran M., Riedel Т., Davidson E.A., Sooter L.J., Bayer T.S., Schmitz-Brown M., Ellington A.D. Automated acquisition of aptamer sequences // Comb. Chem. High Throughput Screen. 2002a. -Vol. 5. — P. 289−299.
Cox J.C., Hayhurst A., Hesselberth J., Bayer T.S., Georgiou G., Ellington A.D. Automated selection of aptamers against protein targets translated in vitro: from gene to aptamer // Nucleic Acids Res. 2002b. -Vol. 30.-P. 108−121.
Crothers D.M., Metzger H. The influence of polyvalency on the binding properties of antibodies // Immunochemistry. — 1972. — Vol. 9, № 3. P. 341−357.
Dahdah D.B., Morin I., Moreau M.J., Dixon N.E., Schaeffer P.M. Site-specific covalent attachment of DNA to proteins using a photoactivatable Tus-Ter complex // Chem. Commun. (Camb). 2009. -Vol. 7, № 21. — P. 3050−3052.
Daniels D.A., Chen H., Hicke B.J., Swiderek K.M., Gold L. A tenascin-C aptamer identified by tumor cell SELEX: systematic evolution of ligands by exponential enrichment // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. -Vol. 100.-P. 15 416−15 421.
Dapic V., Abdomerovic V., Marrington R., Peberdy J., Rodger A., Trent J.O., Bates P.J. Biophysical and biological properties of quadruplex oligodeoxyribonucleotides // Nucleic Acids Res. 2003. — Vol. 31, № 8. -P. 2097−2107.
Davis K.A., Abrams В., Lin Y., and Jayasena S.D. Use of a high affinity DNA ligand in flow cytometry // Nucleic Acids Res. 1996. — Vol. 24. -P. 702−706.
Davis K.A., Lin Y., Abrams В., Jayasena S.D. Staining of cell surface CD4 with 2'-F-pyrimidine-containing RNA aptamers for flow cytometry //Nucleic Acids Res. 1998. — Vol. 26, № 17. — P. 3915−3924.
De Cristofaro R., De Candia E. JThrombin domains: structure, function and interaction with platelet receptors // Thromb. Thrombolysis. 2003. -Vol. 15, № 3.-P. 151−163.
Dey A.K., Khati M., Tang M., Wyatt R., Lea S.M., James W. An aptamer that neutralizes R5 strains of human immunodeficiency virus type 1 blocks gpl20-CCR5 interaction // J. Virol. 2005. -Vol. 79. — P. 13 806−13 810.
Di Giusto D.A., King G.C. Construction, stability, and activity of multivalent circular anticoagulant aptamers // J. Biol. Chem. 2004. -Vol. 279. — P.46 483−46 489.
Dietz T.M., Von Trebra R. J., Swanson B.J., Koch Т.Н. Photochemical coupling of 5-bromouracil (BU) to a peptide linkage. A model for BU-DNA protein photocrosslinking // J. Am. Chem. Soc. 1987a. — Vol. 109, № 6.-P. 1793−1797.
Dietz T.M., Koch Т.Н. Photochemical reduction of 5- bromouracil by cysteine derivatives and coupling of 5- bromouracil to cystine derivatives // Photochemistry and Photobiology. — 1989. Vol. 49, № 2. -P. 121−129.
Dietz T.M., Koch Т.Н. Photochemical coupling of 5-bromouracil to tryptothan, tyrosine and histidin, peptide-like derivatives in aqueous fluid solutions // Photochem.Photobiol. 1987b. — Vol. 46, № 6. — P. 971−978.
Drolet D.W., Moon-McDermott L., Romig T.S. An enzyme-linked oligonucleotide assay //Nat. Biotechnol. 1996. — Vol. 14, № 8. — P. 1021−1025.
Eaton B.E., Gold L., Hicke B.J., Janjic N., Jucker F.M., Sebesta D.P., Tarasow T.M., Willis M.C., Zichi D.A. Post-SELEX combinatorial optimization of aptamers // Bioorg. Med. Chem. 1997. — Vol. 5, № 6. -P. 1087−1096.
Edwards D.A. Refining the measurement of rate constants in the BIAcore //J. Math. Biol. 2004. — Vol. 49, № 3. — P. 272−292.
Ellington A. D., Szostak J. W. In vitro selection of RNA molecules that bind specific Ligands // Nature. 1990. — Vol. 346. — P. 818−822.
Ellington A.D., Szostak J.W. Selection in vitro of single-stranded DNA molecules that fold into specific ligand-binding structures // Nature. -1992. Vol. 355. P. 850−852.
Eulberg D., Buchner K., Maasch C., Klussmann S. Development of an automated in vitro selection protocol to obtain RNA-based aptamers: identification of a biostable substance P antagonist // Nucleic Acids Res. -2005.-Vol. 33.-P. 45−54.
Famulok M. Allosteric aptamers and aptazymes as probes for screening approaches // Curr. Opin. Mol. Ther. 2005. — Vol. 7, № 2. — P. 137−143.
Farokhzad О. C., Cheng J., Teply B. A., Sherifi I., Jon S., Kantoff P. W., Richie J. P., Langer R. Targeted nanoparticle-aptamer bioconjugates for cancer chemotherapy in vivo // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006. -Vol. 103, № 16. — P. 6315−6320.
Fenton J.W., Fasco M.J., Stackrow A.B. Human thrombins. Production, evaluation, and properties of a-thrombin // J. Biol. Chem. 1977. — Vol. 252, № 11.-P. 3587−3598.
Folch F., Но H.A., Leclerc M. Label-free electrochemical detection of protein based on a ferrocene-bearing cationic polythiophene and aptamer // Anal. Chem. 2006. — Vol. 78. — P. 4727−4731.
Foote J., Eisen H.N. Kinetic and affinity limits on antibodies produced during immune responses // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995. — Vol. 92, № 5. -P. 1254−1256.
Fredenburgh J.C., Stafford A.R., Weitz J.I. Evidence for allosteric linkage between exosites 1 and 2 of thrombin // J. Biol. Chem. 1997. -Vol. 272, № 41. — P. 25 493−25 499.
Gander T.R., Brody E.N. Photoaptamer chips for clinical diagnostics // Expert Rev. Mol. Diagn. 2005. — Vol. 5, № 1. -P. 1−3.
Gatto В., Palumbo M., Sissi C. Nucleic acid aptamers based on the G-quadruplex structure: therapeutic and diagnostic potential // Curr. Med. Chem. 2009. — Vol. 16, № 10. — P. 1248−1265.
German I., Buchanan D.D., Kennedy R.T. Aptamers as ligands in affinity probe capillary electrophoresis // Anal. Chem. 1998. — Vol. 70, № 21.-P. 4540−4545.
Geyer H., Geyer R., Pingoud V. A novel strategy for the identification of protein-DNA contacts by photocrosslinking and mass spectrometry // Nucleic Acids Res.-2004.-Vol. 32, № 16.-P. el 32.
Golden M.C., Collins B.D., Willis M.C., Koch Т.Н. Diagnostic potential of PhotoSELEX-evolved ssDNA aptamers // J. Biotechnol. 2000. -Vol. 81, № 2−3.-P. 167−178.
Golden M.C., Resing K.A., Collins B.D., Willis M.C., Koch Т.Н. Mass spectral characterization of a protein-nucleic acid photocrosslink // Protein Sci. 1999. — Vol. 8, № 12. — P. 2806−2812.
Gopinath S.C. Methods developed for SELEX // Anal. Bioanal. Chem. -2007. Vol. 387, № 1. — P. 171−182.
Gott J.M., Willis M.C., Koch Т.Н., Uhlenbeck O.C. A specific, UV-induced RNA-protein cross-link using 5-bromouridine-substituted RNA //Biochemistry. 1991a. — Vol. 30, № 25. — P. 6290−6295.
Gott J.M., Wilhelm L.J., Uhlenbeck O.C. RNA binding properties of the coat protein from bacteriophage GA // Nucleic Acids Res. 1991b. -Vol. 19, № 23. — P. 6499−6503.
Griffiths A.D., Duncan A.R. Strategies for selection of antibodies by phage display // Curr. Opin. Biotechnol. 1998. — Vol. 9, № 1. — P. 102 108.
Gronewold T.M., Glass S., Quandt E., Famulok M. Monitoring complex formation in the blood-coagulation cascade using aptamer-coated SAW sensors // Biosens Bioelectron. 2005. — Vol. 20, № 10. — P.2044−2052.
Haes A.J., Giordano B.C., Collins G.E. Aptamer-based detection and quantitative analysis of ricin using affinity probe capillary electrophoresis // Anal Chem. 2006. — Vol. 78, № 11. — P. 3758−3764.
Hall В., Micheletti J.M., Satya P., Ogle K., Pollard J., Ellington A.D. Design, synthesis, and amplification of DNA pools for in vitro selection // Curr. Protoc. Mol. Biol. 2009. — Chapter 24. — Unit 24.2.
Hansen J.A., Wang J., Kawde A.N., Xiang Y., Gothelf K.V., Collins G. Quantum-dot/aptamer-based ultrasensitive multi-analyte electrochemical biosensor // J. Am. Chem. Soc. 2006. — Vol. 128, № 7. — P. 2228−2229.
Hasegawa H., Taira K., Sode K. Ikebukuro K. Improvement of Aptamer Affinity by Dimerization // Sensors. 2008. — Vol. 8, № 2. — P. 10 901 098.
Healy J. M, Lewis S.D., Kurz M., Boomer R.M., Thompson K.M., Wilson C., McCauley T.G. Pharmacokinetics and biodistribution of novel aptamer compositions // Pharm. Res. 2004. — Vol. 21, № 12. — P. 2234−2246.
Hermann Т., Patel D.J. Adaptive recognition by nucleic acid aptamers // Science. 2000. — Vol. 287, № 5454. — P. 820−825.
Hesselberth J., Robertson M.P., Jhaveri S., Ellington A.D. In vitro selection of nucleic acids for diagnostic applications // J.Biotechnol. -2000.-Vol. 74.-P. 15−25.
Hianik Т., Ostatna V., Sonlajtnerova M., Grman I. Influence of ionic strength, pH and aptamer configuration for binding affinity to thrombin // Bioelectrochemistry. 2007. — Vol. 70, № 1. — P. 127−133.
Hianik Т., Ostatna V., Zajacova Z., Stoikova E., Evtugyn G. Detection of aptamer-protein interactions using QCM and electrochemicalindicator methods // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005. — Vol. 15, № 2. -P. 291−295.
Hianik Т., Porfireva A., Grman I., Evtugyn G. EQCM biosensors based on DNA aptamers and antibodies for rapid detection of prions // Protein Pept. Lett. 2009. — Vol. 16, № 4. — P. 363−367.
Hicke B.J., Willis M.C., Koch Т.Н., Cech T.R. Telomeric protein-DNA point contacts identified by photo-cross-linking using 5-bromodeoxyuridine // Biochemistry. 1994. — Vol. 33, № 11. — P. 33 643 373.
Holm L., Moody P., Howarth M. Electrophilic Affibodies Forming Covalent Bonds to Protein Targets // J. Biol. Chem. 2009. — Vol. 284, № 47. — P.32 906−32 913.
Houk K.N., Leach A.G., Kim S.P., Zhang X. Binding Affinities of Host-Guest, Protein-Ligand, and Protein-Transition-State Complexes // Angew. Chem. Int. Ed. 2003. — Vol. 42. — P. 4872 — 4897.
Hu J., Zheng P.C., Jiang J.H., Shen G.L., Yu R.Q., Liu G.K. Electrostatic interaction based approach to thrombin detection by surface-enhanced Raman spectroscopy // Anal Chem. 2009. — Vol. 81, № l.-P. 87−93.
Hutchinson F. Q. The lesions produced by ultraviolet light in DNA containing 5-bromouracil // Rev. Biophys. — 1973. Vol. 6. — P. 201 246.
Hwang J., Nishikawa S. Novel approach to analyzing RNA aptamer-protein interactions: toward further applications of aptamers // J. Biomol. Screen. 2006. — Vol. 11, № 6. — P. 599−605.
Ikebukuro K, Kiyohara C, Sode К Novel electrochemical sensor system for protein using the aptamers in sandwich manner // Biosens Bioelectron. 2005. — Vol.20, № 10. — P. 2168−2172.
Ito S., Saito I., Matsuura T. Acetone-sensitized photocoupling of 5-bromouridine to tryptophan derivatives via electron-transfer process // J. Am. Chem. Soc. 1980. — Vol. 102, № 25.-P. 7535−7541.
Ivanov Y.D., Govorun V.M., Bykov V.A., Archakov A.I. Nanotechnologies in proteomics // Proteomics. 2006. — Vol. 6, № 5. — P. 1399−1414.
Jackson T.M., Ekins R.P. Theoretical limitations on immunoassay sensitivity. Current practice and potential advantages of fluorescent Eu3+ chelates as non-radioisotopic tracers // J. Immunol. Methods. -1986. Vol. 87, № 1. — P. 13−20.
Jayasena S.D. Aptamers: an emerging class of molecules that rival antibodies in diagnostics // Clin. Chem. 1999. — Vol. 45, № 9. — P. 1628−1650.
Jellinek D., Green L.S., Bell C., Janjic N. Inhibition of receptor binding by high-affinity RNA ligands to vascular endothelial growth factor // Biochemistry. 1994. — Vol. 33. — P. 10 450−10 456.
Jenison R.D., Gill S.C., Pardi A., Polisky B. High-resolution molecular discrimination by RNA // Science. 1994. — Vol. 263, № 5152. — P. 1425−1429.
Jhaveri S.D., Kibry R., Conrad R. et al. Designed Signaling Aptamers that Transduce Molecular Recognition to Changes in Fluorescence Intensity // J. Am. Chem. Soc. 2000. — Vol. 122. — P. 2469−2473.
Kankia B.I., Barany G., Musier-Forsyth K. Unfolding of DNA quadruplexes induced by HIV-1 nucleocapsid protein // Nucleic Acids Res. -2005. Vol. 33, № 14. — P. 4395−4403.
Kawazoe N., Ito Y., Imanishi Y. Bioassay using a labeled oligonucleotide obtained by in vitro selection // Biotechnol Prog. 1997. -Vol. 13, № 6.-P.873−874.
Kawde A.N., Rodriguez M.C., Lee T.M.H, Wang label-free bioelectronic detection of aptamer-protein interactions // J. Electrochem. Commun. 2005.-Vol.7, № 5. — P. 537−540.
Kim K.S., Lee H.S., Yang J.A., Jo M.H., Hahn S.K. The fabrication, characterization and application of aptamer-functionalized Si-nanowire FET biosensors //Nanotechnology. 2009. — Vol. 20, № 23. — P. 235−240.
Kim Y., Cao Z., and Tan W. Molecular assembly for high-performance bivalent nucleic acid inhibitor // Pros. Natl. Acad. Sci. USA. 2008. -Vol.105. — P.5664−5669.
Kleinjung F., Klussmann S., Erdmann V.A., Scheller F.W., Furste J.P., Bier F.F. High-Affinity RNA as a Recognition Element in a Biosensor // Anal. Chem. 1998. — Vol. 70, № 2. — P. 328−331.
Koch Т.Н., Smith D., Tabacman E., Zichi D.A. Kinetic analysis of site-specific photoaptamer-protein cross-linking // J. Mol. Biol. — 2004. — Vol. 336, № 5.-P. 1159−1173.
Kortt A.A., Dolezal O., Power B.E. Hudson P.J. Dimeric and trimeric antibodies: high avidity scFvs for cancer targeting // Biomol. Eng. -2001. Vol. 18, № 3. — P. 95−108.
Kubik M.F., Stephens A.W., Schneider D., Marlar R.A., Tasset D. High-affmity RNA ligands to human a-thrombin // Nucleic Acids Res. 1994. — Vol. 22, № 13. — P. 2619−2626.
Kulbachinskiy A.V. Methods for selection of aptamers to protein targets //Biochemistry (Mosc). 2007. — Vol. 72, № 13. — P. 1505−1518.
Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 // Nature. 1970. — Vol.227, № 5259. — P. 680 685.
Lai R., Plaxco K., Hegger A. Aptamer-based electrochemical detection of picomolar platelet-derived growth factor directly in blood serum // Anal. Chem. 2007. — Vol. 79. — P. 229−233.
Lee J.F., Stovall G.M., Ellington A.D. Aptamer therapeutics advance // Curr. Opin. Chem. Biol. 2006. — Vol. 10. — P. 282−289.
Lee M., Walt D.R. A fiber-optic microarray biosensor using aptamers as receptors // Anal. Biochem. 2000. — Vol. 282, № 1. — P: 142−146.
Levy-Nissenbaum E., Radovic-Moreno A.F., Wang A.Z., Langer R., Farokhzad O.C. Nanotechnology and aptamers: applications in drug delivery // Trends in Biotechnology. 2008.-Vol. 26, № 8. — P. 442−449.
Li N, Ebright J.N., Stovall G.M., Chen X., Nguyen H.H., Singh A., Syrett A., Ellington A.D. Technical and biological issues relevant to cell typing with aptamers // J. Proteome Res. 2009. — Vol. 8, № 5. — P. 2438−2448.
Li N., Wang Y., Pothukuchy A., Syrett A., Husain N., Gopalakrisha S., Kosaraju P., Ellington A.D. Aptamers that recognize drug-resistant HIV-1 reverse transcriptase // Nucleic Acids Res. 2008. — Vol. 36, № 21. -P. 6739−6751.
Liaw P.C.Y., Fredenburgh J.C., Stafford A.R., Tulinsky A., Austin R.C., Weitz J.I. Localization of the thrombin-binding domain on prothrombin fragment 2 // J. Biol. Chem. 1998. — Vol. 273, № 15. — P. 8932−8939.
Lin Y., Jayasena S.D. Inhibition of multiple thermostable DNA polymerases by a heterodimeric aptamer // J.Mol. Biol. 1997. — Vol. 271.-P. 100−111.
Ling M.M., Ricks C., Lea P. Multiplexing molecular diagnostics and immunoassays using emerging microarray technologies // Expert Rev. Mol. Diagn. 2007. — Vol. 7, № 1. — P. 87−98.
Lipovsek D., Pluckthun A. In-vitro protein evolution by ribosome display and mRNA display // J. Immunol. Methods. 2004. -Vol. 290, № 1−2.-P. 51−67.
Liss M., Petersen В., Wolf H., Prohaska E. An aptamer-based quartz crystal protein biosensor // Anal Chem. 2002. — Vol. 74, № 17. — P. 4488−4495.
Liu L.-W., Ye J., Johnson A.E., Esmon C.T. Proteolytic formation of either of the two prothrombin activation intermediates results in formation of a hirugen-binding site // J. Biol. Chem. 1991. — Vol. 266, № 35.-P. 23 632−23 636.
Lohndorf M., Schlecht U., Gronewold T.M.A., Malaуё A., Tewes M. Microfabricated high-performance microwave impedance biosensors for detection of aptamer-protein interactions // Appl. Phys. Lett. 2005. -Vol. 87. — P.243 902.
Maehashi K., Katsura Т., Kerman K., Takamura Y., Matsumoto K., Tamiya E. Label-free protein biosensor based on aptamer-modified carbon nanotube field-effect transistors // Anal. Chem. 2007. — Vol. 79. — P. 782−787.
Macaya R.F., Schultze P., Smith F.W., Roe J.A., Feigon J. Thrombin-binding DNA aptamer forms a unimolecular quadruplex structure in solution // Proc. Natl. Acad. Sc. USA. 1993. — Vol. 90, № 8. — P. 37 453 749.
Mairal Т., Ozalp V.C., Lozano Sanchez P., Mir M., Katakis I., O’Sullivan C.K. Aptamers: molecular tools for analytical applications // Anal. Bioanal. Chem. 2008. — Vol. 390, № 4. — P. 989−1007.
Majka J., Speck C. Analysis of protein-DNA interactions using surface plasmon resonance // Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 2007. — Vol. 104.-P.13−36.
Myszka D.G., He X., Dembo M., Morton T.A., Goldstein B. Extending the range of rate constants available from BIACORE: interpreting mass transport-influenced binding data // Biophys. J. 1998. — Vol. 75, № 2. -P.583−594.
Marathias V.M., Bolton P.H. Determinants of DNA quadruplex structural type: sequence and potassium binding // Biochemistry. 1999.- Vol. 38, № 14. P. 4355−4364.
Marathias V.M., Bolton P.H. Structures of the potassium-saturated, 2:1, and intermediate, 1:1, forms of a quadruplex DNA // Nucleic Acids Res.- 2000 Vol. 28, № 9. — P. 1969−1977.
Mayer G. The chemical biology of aptamers // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2009. — Vol. 48, № 15. — P. 2672−2689.
Mcnamara J.O., Andrecyek E.R., Wang Y., Viles K.D., Rempel R.E., Gildoa E., Sullenger B.A., Giangrande P.H. Cell type-specifi с delivery of siRNAs with aptamer-siRNA chimeras // Nat. Biotechnol. 2006. -Vol. 24.-P. 1005−1015.
Meisenheimer K.M., Koch Т.Н. Photocross-linking of nucleic acids to associated proteins // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1997. — Vol. 32, № 101−140.
Melkko S., Dumelin C.E., Scheuermann J., Neri D. On the magnitude of the chelate effect for the recognition of proteins by pharmacophores scaffolded by self-assembling oligonucleotides // Chem. Biol. 2006. -Vol. 13, № 2. — P.225−231.
Mir M., Vreeke M., Katakis I. Different strategies to develop an electrochemical thrombin aptasensor // Electrochem. Commun. 2006. -Vol.8, № 3.-P. 505−511.
Missailidis S., Hardy A. Aptamers as inhibitors of target proteins // Expert. Opin. Ther. Patents. 2009. — Vol. 19, № 8. — P. 1073−1082.
Muller J., Wulffen В., Potzsch В., Mayer G. Multidomain targeting generates a high-affinity thrombin-inhibiting bivalent aptamer // Chembiochem. 2007. — Vol. 8. — P. 2223−2226.
Murphy M.B., Fuller S.T., Richardson P.M., Doyle S.A. An improved method for the in vitro evolution of aptamers and applications in protein detection and purification // Nucleic Acids Res. 2003. — Vol. 31, № 18. -P. 110.
Naryshkin N., Druzhinin S., Revyakin A., Kim Y., Mekler V., Ebright R.H. Static and kinetic site-specific protein-DNA photocrosslinking: analysis of bacterial transcription initiation complexes // Methods Mol. Biol. 2009. — Vol. 543. — P. 403−437.
Nimjee S.M., Rusconi C.P., Harrington RA, Sullenger BA. The potential of aptamers as anticoagulants // Trends Cardiovasc. Med. 2005. — Vol. 15, № 1.-P. 41−45.
Nimjee S.M., Rusconi C.P., Sullenger B.A. Aptamers: an emerging class of therapeutics //Annu. Rev. Med. 2005. — Vol. 56. — P. 555−583.
Norris C.L., Meisenheimer P.L., Koch Т.Н. Mechanistic studies of the 5-Iodouracil chromophore relevant to its use in nucleoprotein photo-cross-linking // J. Am. Chem. Soc. 1996. — Vol. 118, № 24. — P. 5796−5803.
Nutiu R., Li Y. Structure-switching signaling aptamers // J. Am. Chem. Soc. 2003. — Vol. 125, № 16- - P. 4771−4778.
Okumura Y., Kamikubo Y., Curriden S.A., Wang J., Kiwada Т., Futaki S., Kitagawa K., Loskutoff D.J. Kinetic analysis of the interaction between vitronectin and the urokinase receptor // J. Biol. Chem. 2002. — Vol. 277, № 11. — P. 9395−9404.
Osborne S.E., Ellington A.D. Nucleic Acid Selection and the Challenge of Combinatorial Chemistry // Chem. Rev. 1997. — Vol. 97. — P. 349 370.
O’Shannessy D.J., Winzor D.J. Interpretation of deviations from pseudo-first-order kinetic behavior in the characterization of ligand binding by biosensor technology // Anal. Biochem. 1996. — Vol. 236, № 2. — P. 275−283.
Ostatna V., Vaisocherova H., Homola J., Hianik T. Effect of the immobilisation of DNA aptamers on the detection of thrombin by means of surface plasmon resonance // Anal. Bioanal. Chem. — 2008. — Vol. 391, № 5.-P. 1861−1869.
Oyoshi Т., Sugiyama H., Wang A. H.-J. Photoreactivlty of 5-iodouracil-containing DNA-Sso7d complex // Nucl. Acids Symp. — 1999. Ser. No. 42.-P. 171−172.
O’Sullivan C.K. Aptasensors—the future of biosensing? // Anal. Bioanal. Chem. 2002. — Vol. 72, № 1. — P. 44−48.
Paborsky L.R., McCurdy S.N., Griffin L.C., Toole J.J., Leung L.L.K. The single stranded DNA aptamer-binding site of human thrombin // J. Biol. Chem. 1993. — Vol. 268, № 28. — P. 20 808−20 811.
Pagano В., Martino L., Randazzo A., Giancola C. Stability and binding properties of a modified thrombin binding aptamer // Biophys. J. 2008. — Vol. 94, № 2. — P. 562−569.
Patel D.J., Suri A.K., Jiang F., Jiang L., Fan P., Kumar R.A., Nonin S. Structure, recognition and adaptive binding in RNA aptamer complexes // J. Mol. Biol. 1997. — Vol. 272. — P. 645−664.
Pavski V., Le X.C. Detection of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase using aptamers as probes in affinity capillary electrophoresis // Anal. Chem. 2001. — Vol. 73, № 24. — P. 6070−6076.
Petach H, Gold L. Dimensionality is the issue: use of photoaptamers in protein microarrays // Curr. Opin. Biotechnol. 2002. — Vol. 13, № 4. -P. 309−314.
Petach H., Ostroff R., Greef C., Husar G.M. Processing of photoaptamer microarrays // Methods Mol. Biol. 2004. — Vol. 264. — P. 1−10.
Polanski M., Anderson L.N. A list of candidate cancer biomarkers for targeted proteomics // Biomarker Insights. 2007. — Vol. 1. — P. 1−48.
Polsky R., Gill R., Kaganovsky L., Willner I. Nucleic acid-functionalized Pt nanoparticles: Catalytic labels for the amplified electrochemical detection of biomolecules // Anal. Chem. 2006. — Vol. 78, № 7. -P. 2268−2271.
Potyrailo R.A., Conrad R.C., Ellington A.D., Hieftje G.M. Adapting selected nucleic acid ligands (aptamers) to biosensors //Anal. Chem. -1998. Vol. 70, № 16. — P. 3419−3425.
Pultar J., Sauer U., Domnanich P., Preininger C. Aptamer-antibody on-chip sandwich immunoassay for detection of CRP in spiked serum // Biosens. Bioelectron. 2009. — Vol. 24, № 5. — P. 1456−1461.
Radi A.E., Acero Sanchez J.L., Baldrich E., O’Sullivan C.K. Reagentless, reusable, ultrasensitive electrochemical molecular beacon aptasensor // J. Am. Chem. Soc. 2006. — Vol. 128, № 1. — P. 117−124.
Radi A.E., Sanchez J.L.A., Baldrich E., O’Sullivan C.K. Reusable impedimetric aptasensor // Anal. Chem. 2005. — VoL 77, № 19. — P. 6320−6323.
Raffel C., Deen D.F., Edwards M.S. Bromodeoxyuridine: a comparison of its photosensitizing and radiosensitizing properties // J. Neurosurg. -1988.-Vol. 69, № 3.-P. 410−415.
Raffel C., Edwards M.S., Deen D.F. The effect of bromodeoxyuridine and ultraviolet light on 9L rat brain tumor cells // Radiat. Res. 1989. -Vol. 118, № 3.-P. 409−419.
Ravelet R., Grosset C., Peyrin E. Liquid chromatography, electrochromatography and capillary electrophoresis applications of DNA and RNA aptamers // J. Chromatogr. A. 2006. — Vol. 1117, № 1. -P. 1−10.
Rich R.L., Myszka D.G. Advances in surface plasmon resonance biosensor analysis // Curent opinion in biotechnology. — 2000. V. 11-P. 54−61.
Ringquist S., Parma D. Anti-L-selectin oligonucleotide ligands recognize CD62L-positive leukocytes: binding affinity and specificity of univalent and bivalent Ligands // Cytometry. 1998. — Vol. 33, № 4. — P. 394−405.
Rodriguez M.C., Kawde A.N., Wang J. Aptamer biosensor for label-free impedance spectroscopy detection of proteins based on recognition-induced switching of the surface charge // Chem. Commun. 2005. -Vol. 14, № 34. — P. 4267−4269.
Romig T.S., Bell C., Drolet D.W. Aptamer affinity chromatography: combinatorial chemistry applied to protein purification // J. Chromatogr. B. 1999. — Vol. 731, № 2. — P. 275−284.
Rye P.D., Nustad K. Immunomagnetic DNA aptamer assay //Biotechniques. 2001. — Vol. 30, № 2. — P. 290−295.
Sanchez J.L.A., Baldrich E., Radi A.E.G., Dondapati S., Sanchez P.L., Katakis I, Ciara K. O’Sullivan. Electronic Off-On Molecular Switch for Rapid Detection of Thrombin // Electroanalysis. 2006. — Vol. 18, № 19−20.-P. 1957−1962.
Santulli-Marotto S., Nair S.K., Rusconi C., Sullenger В., Gilboa E. Multivalent RNA aptamers that inhibit CTLA-4 and enhance tumor immunity // Cancer Res. 2003. — Vol. 63, № 21. — P. 7483−7489.
Schneider D.J., Feigon J., Hostomsky Z., Gold L. High-affinity ssDNA inhibitors of the reverse transcriptase of type 1 human immunodeficiency virus // Biochemistry. 1995. — Vol. 34, № 29. — P. 9599−9610.
Schultze P., Macaya R.F., Feigon J. Three-dimensional solution structure of the thrombin-binding DNA aptamer (GGTTGGTGTGGTTGG) // J. Mol. Biol. 1994. — Vol. 235, № 5. — P. 1532−1547.
Seeman N.C. Structural DNA nanotechnology: an overview //Methods Mol. Biol. 2005. — Vol. 303. — P. 143−166.
Simonian M.H., Smith J.A. Spectrophotometric and colorimetric determination of protein concentration // Curr. Protoc. Mol. Biol. 2006. — Chapter 10, Unit 10.1 A.
Smirnov I., Shafer R.H. Effect of loop sequence and size on DNA aptamer stability // Biochemistry. 2000. — Vol. 39. P. 1462−1468.
Smith D., Collins B.D., Heil J.5 Koch Т.Н. Sensitivity and Specificity of Photoaptamer Probes // Mol. Cell. Proteomics. 2003. — Vol. 2, № 1. — P. 11−18.
So H.M., Won K., Kim Y.H., Kim B.K., Ryu B.H., Na P. S., Kim H., Lee J.O. Single-walled carbon nanotube biosensors using aptamers as molecular recognition elements // J. Am. Chem. Soc. 2005. — Vol. 127, № 34.-P.l 1906−11 907.
Speit G., Hochsattel R., Vogel W. The contribution of DNA single-strand breaks to the formation of chromosome aberrations and SCEs // Basic Life Sci. 1984. — Vol. 29, Pt. A. — P. 229−244.
Steel A.B., Heme T.M., Tarlov M.J. Electrochemical quantitation of DNA immobilized on gold //Anal. Chem. 1998. — Vol. 70, № 22. — P. 4670−4677.
Steen H., Petersen J., Mann M., Jensen O.N. Mass spectrometric analysis of a UV-cross-linked protein-DNA complex: tryptophans 54 and 88 of E. coli SSB cross-link to DNA // Protein Sc. 2001. — Vol. 10, № 10. — P. 1989−2001.
Sugiyama H., Tsutsumi Y., Fujimoto K., Saito I. Photoinduced deoxyribose C2' oxidation in DNA. Alkali-dependent cleavage of erythrose-containing sites via a retroaldol reaction // J. Am. Chem. Soc. 1993.-Vol. 115, № 11. — P. 4443-^1448.
Sugiyama H., Tsutsumi Y., Saito I. Highly sequence selective photoreaction of 5-bromouracil-containing deoxyhexanucleotides // J. Am. Chem. Soc. 1990. — Vol. 112, № 18. — P. 6720−6721.
O’Sullivan C.K. Aptasensors-the future of biosensing? // Anal. Bioanal. Chem. 2002. — Vol. 72, № 1 — P. 44−48.
Swanson B.J., Kutzer J.C., Koch Т.Н. Photoreduction of 5-bromouracil. Ionic and free-radical pathways // J. Am. Chem. Soc. 1981. — Vol. 103, № 5.-P. 1274−1276.
Svitel J., Balbo A., Mariuzza R.A., Gonzales N.R., Schuck P. Combined affinity and rate constant distributions of ligand populations from experimental surface binding kinetics and equilibria // Biophys. J. -2003. Vol. 84, № 6. — P. 4062−4077.
Szwajkajzer D., Carey J. Molecular and biological constraints on ligand-binding affinity and specificity // Biopolymers. 1997. — Vol 44, № 2. — P. 181−198.
Taichman L.B. The use of ultraviolet light in the fractionation of chromatin containing unsubstituted and bromodeoxyuridine-substituted DNA // Nucleic Acids Res. 1979. — Vol. 6. — P. 2029−2038.
Tang Q., Su X., Loh K.P. Surface plasmon resonance spectroscopy study of interfacial binding of thrombin to antithrombin DNA aptamers // J. Colloid Interface Sci. 2007. — Vol. 315, № 1. — P. 99−106.
Tasset D.M., Kubik M.F., Steiner W. Oligonucleotide inhibitors of human thrombin that bind distinct epitopes // J. Mol. Biol. 1997. — Vol. 272, № 5.-P. 688−698.
Thiel K.W., Giangrande P.H. Therapeutic Applications of DNA and RNA Aptamers // Oligonucleotides. 2009. — Vol. 19, № 3. — P. 209−222.
Tian L., Heyduk T. Bivalent ligands with long nanometer-scale flexible linkers //Biochemistry. 2009. — Vol. 48, № 2. — P. 264−275.
Tombelli S., Minunni M., Mascini M. Analytical applications of aptamers // Biosens. Bioelectron. 2005. — Vol. 20, № 12. — P. 24 242 434.
Tsiang M., Jain A.K., Dunn K.E., Rojas M.E., Leung L.L., Gibbs C.S. Functional Mapping of the Surface Residues of Human Thrombin // J. Biol. Chem. 1995. — Vol. 270, № 28. — P. 16 854−16 863.
Tsuji S., Tanaka Т., Hirabayashi N., Kato S., Akitomi J., Egashira H., Waga I., Ohtsu T. RNA aptamer binding to polyhistidine-tag // Biochem. Biophys. Res. Commun.-2009.-Vol.386, № 1.-P.227−231.
Tuerk C., Gold L. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase // Science. 1990. — Vol. 249. — P. 505−510.
Ulrich H., Martins A.H.B, Pesquero J.B. RNA and DNA Aptamers in Cytomics Analysis // Cytometry Part A. 2004. — Vol. 59 A. — P. 220 231.
Umehara Т., Fukuda K., Nishikawa F., Kohara M., Hasegawa Т., Nishikawa S. Rational design of dual-functional aptamers that inhibit the protease and helicase activities of HCV NS3. // J. Biochem.-Tokyo. -2005.-Vol. 137.-P.339−347.
Vater A., Jarosch F., Buchner K., Klussmann S. Short bioactive Spiegelmers to migraine-associated calcitonin gene-related peptide rapidly identified by a novel approach: tailored-SELEX // Nucleic Acids Res.-2003 a.-Vol. 31, № 21.-P. 130.
Vater A., Klussmann S. Toward third-generation aptamers: Spiegelmers and their therapeutic prospects // Curr. Opin. Drug Discov. Devel. 2003 b.- Vol. 6, № 2.-P. 253−261.
Verhamme I.M., Olson S.T., Tollefsen D.M., Bock P.E. Binding of exosite ligands to human thrombin. Re-evaluation of allosteric linkage between thrombin exosites I and II // J. Biol Chem. 2002. — Vol. 277, № 9.-P. 6788−6798.
Wang J. Survey and summary: from DNA biosensors to gene chips // Nucleic Acids Res. 2000. — Vol. 28. — P. 3011−3016.
Wang J., Lv R., Xu J., Xu D., Chen H. Characterizing the interaction between aptamers and human IgE by use of surface plasmon resonance // Anal. Bioanal. Chem. 2008. — Vol. 390, № 4. — P. 1059−1065.
Wang K.Y., Krawczyk S.H., Bischofberger N., Swaminathan S., Bolton P.H. The tertiary structure of a DNA aptamer which binds to and inhibits thrombin determines activity // Biochemistry. 1993. — Vol. 32, № 42. -P. 11 285−11 292.
Wernems H., Lehtio J., Samuelson P., Stahl S. Engineering of staphylococcal surfaces for biotechnological applications // J. Biotechnol. 2002. — Vol. 96, № 1. — P. 67−78.
White R., Rusconi C., Scardino E., Wolberg A., Lawson J., Hoffman M., Sullenger B. Generation of species cross-reactive aptamers using «toggle» SELEX // Mol. Ther. 2001. — Vol. 4, № 6. — P. 567−573.
Wick K.L., Matthews K.S. Interactions between lac Repressor Protein and Site-specific Bromodeoxyuridine-substituted Operator DNA // J. Mol. Biol. 1991. — Vol. 266, No. 10. — P. 6106−6112.
Willis M.C., Hicke B.J., Uhlenbeck O.C., Cech T.R., Koch Т.Н. Photocrosslinking of 5-iodouracil-substituted RNA and DNA to proteins //Science. 1993.-Vol. 262.-P. 1255−1257.
Wilson D.S., Szostak J.W. In vitro selection of functional nucleic acids // Annu. Rec. Biochem. 1999. — Vol. 68. P. 611−647.
Winsor D. J., Jackson С. M. Interpretation of the temperature dependence of equilibrium and rate constants // J. Mol. Recogn. 2006. -Vol. 19, № 5.-P. 389−407.
Wolberg A. S. Thrombin generation and fibrin clot structure // Blood Reviews. 2007. — V. 21. — P. 131−142.
Wolf E., Hofmeister R., Kufer P., Schlereth В., Baeuerle P.A. BiTEs: bispecific antibody constructs with unique anti-tumor activity // Drug Discovery Today. 2005. — Vol. 10, № 18. — P. 1237−1244.
Win M.N., Klein J.S., Smolke C.D. Codeine-binding RNA aptamers and rapid determination of their binding constants using a direct coupling surface plasmon resonance assay // Nucleic Acids Res. 2006. — Vol. 34, № 19.-P. 5670−5682.
Wu Q., Tsiang M., Sadler J.E. Localization of the Single-stranded DNA binding site in the thrombin anion-binding exosite // J. Biol Chem. — 1992. Vol. 267, № 34. — P. 24 408−24 412.
Xiao Y., Arica L., Alan H., Kevin P. Label-Free Electronic Detection of Thrombin in Blood Serum by Using an Aptamer-Based Sensor // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2005 a. — Vol. 44. — P. 5456−5459.
Xiao Y., Piorek B.D., Plaxco K.W., Heeger A.J. A reagentless signal-on architecture for electronic, aptamer-based sensors via target-induced strand displacement//J. Am. Chem. Soc. -2 005 b. Vol. 127, № 51. — P. 17 990−17 991.
Xu D., Xu D., Yu X., Liu Z., He W., Ma Z. Label-free electrochemical detection for aptamer-based array electrodes // Anal. Chem. 2005. -Vol. 77, № 16.-P. 5107−5113.
Xu H., Мао X., Zeng Q., Wang S., Kawde A.N., Liu G. Aptamer-functionalized gold nanoparticles as probes in a dry-reagent strip biosensor for protein analysis // Anal. Chem. 2009. — Vol. 81, № 2. — P. 669−675.
Xu W., Ellington A.D. Anti-peptide aptamers recognize amino acid sequence and bind a protein epitope // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1996. Vol. 93, № 15. — P. 7475−7480.
Xu Y., Yang L., Ye X., He P., Fang Y. Impedance DNA Biosensor using electropolymerized polypyrrole/multiwalled carbon nanotubes modified electrode // Electroanalysis. 2006. — Vol. 18, № 15. — P. 1449−1456.
Yan H., Zhang X., Shen Z., Seeman N.C. A robust DNA mechanical device controlled by hybridization topology //Nature. 2002. — Vol. 415, № 6867.-P. 62−65.
Yao C., Qi Y., Zhao Y., Xiang Y., Chen Q., Fu W. Aptamer-based piezoelectric quartz crystal microbalance biosensor array for the quantification of IgE // Biosens Bioelectron. 2009. — Vol. 24, № 8. — P. 2499−2503.
Zayats M., Huang Y., Gill R., Ma C.A., Willner I. Label-free and reagentless aptamer-based sensors for small molecules // J. Am. Chem. Soc. 2006. — Vol. 128, № 42. — P. 13 666−13 667.
Zeder-Lutz G., Zuber E., Witz J., Van Regenmortel M.H. Thermodynamic analysis of antigen-antibody binding using biosensor measurements at different temperatures // Anal Biochem. 1997. Vol. 246, № l.-P. 123−132.
Zelada-Guillen G.A., Riu J., Dtizgun A., Rius F.X. Immediate detection of living bacteria at ultralow concentrations using a carbon nanotube based potentiometric aptasensor // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2009. -Vol. 48, № 40. — P. 7334−7337.
Zeng Y., Wang Y. Sequence-dependent formation of intrastrand crosslink products from the UVB irradiation of duplex DNA containing a 5-bromo-2'-deoxyuridine or 5-bromo-2'-deoxycytidine // Nucleic Acids Res. 2006. — Vol. 34, № 22. — P. 6521−6529.
Zhang Y., Zhou H., Ou-Yang Z.C. Stretching single-stranded DNA: interplay of electrostatic, base-pairing, and base-pair stacking interactions //Biophys. J. 2001. — Vol. 81, № 2. — P. 1133−1143.
Zhang Z., Yang W., Wang J., Yang C., Yang F., Yang X. A sensitive impedimetric thrombin aptasensor based on polyamidoamine dendrimer // Talanta. 2009. — Vol. 78, № 4−5. — P. 1240−1245.
Zhou J., Li H., Li S., Zaia J., Rossi J.J. Novel dual inhibitory function aptamer-siRNA delivery system for HIV-1 therapy //Mol. Ther. 2008. -Vol. 16.-P. 1481−1489.
Zhou X.H. The affinity-enhancing roles of flexible linkers in two-domain DNA-binding proteins. // Biochemistry. 2001. — Vol. 40, № 50.- P.15 069−15 073.
Власова И. E., Власов В. В. Молекулярная эволюция: Создание нуклеиновых кислот, способных к специфическому комплексообразованию и обладающих каталитическими функциями // Молекуляр.биология. 1993. — Т. 27, № 1. С. 5−13.
Добровольский А.Б., Титаева Е. В., Хаспекова С. Г., Спиридонова В. А., Копылов A.M., Мазуров А. В. Ингибирование активности тромбина ДНК-аптамерами // Бюлл. Эксп. Биол. Мед. 2009. — Т. 147, № 7.-С. 41−45.
Копылов A.M., Спиридонова В. А. Комбинаторная химия нуклеиновых кислот: SELEX // Мол. биол. 2000. — Т. 34, № 6. С. 1097−1113.
Серейская А.А., Пехник И. В., Осадчук ТВ. Действие различных форм тромбина на неспецифические высокомолекулярные субстраты // Биохимия. 1989. — Т. 55, № 4. — С. 645−652.
Спиридонова В.А., Копылов А. М. Аптамеры как узнающие элементы для создания биосенсоров // Наукоемкие технологии. -2003b.-Т. 1, № 3. С. 34−40.
Спиридонова В.А., Копылов A.M. Аптамерные ДНК -принципиально новые узнающие элементы для биосенсоров. // Биохимия. 2002. Т. 67. № 6. С. 850−854.
Спиридонова В. А., Рог Е.В., Дугина Т. Н., Струкова С. М., Копылов А. М. Аптамерные ДНК — ингибиторы тромбина нового типа // Биоорг. химия. 2003а — Т. 29, № 5. — С.495−498.

Заполнить форму текущей работой