Таким образом, хоть отдельная часть общества и поддержала унию, его большинство, в первую очередь, православные, от нее отказались. Несмотря на то, что уния имела довольно существенные и органичные корни в жизни белорусского и украинского народов, ее брестский вариант, который готовился в тайне от широкого общества, имел ярко выраженную политическую окраску. Он, по существу, предусматривал исчезновение православия как самостоятельного религиозного вероисповедания в пределах Речи Посполитой. Он предусматривал административно-командное введение унии, которое в ситуации отказа большей части населения от принятия ее превращалось в насилие и чуть не привело к гражданской войне.
Брестская уния 1596 г. имела очень важные последствия: во-первых, она расколола Западнорусскую церковь на униатскую и православную, во-вторых, она заложила основание для преследований православия. Православные церкви стали уничтожаться или отдаваться на откуп евреям; богослужение всячески стеснялось; православные не допускались на должности, за ними не признавалось политических прав; они подвергались всевозможным насилиям. Вследствие начавшихся гонений ряды православной магнатерии редели: она переходила в католичество, реже — в униатство. Следовательно, уния расколола не только Церковь, но и народ. Православие с этого времени стало религией низшего, крестьянского сословия. Тем не менее оно не было уничтожено: братства еще шире, чем раньше развивали свою просветительскую деятельность, создавали учебные заведения, выпускали из них образованных борцов против унии и католичества.
Уния ставила одной из своих задач отрыв западного православия от восточного. Но правительство Речи Посполитой не смогло защитить ни собственность, ни религиозные права белорусских православных. Так что это привело к обратному эффекту: те стали искать защиту у России. В итоге уния бросила западное православие в руки Москвы, вынудила множество белорусских и украинских священников служить интересам московского православия и российского самодержавия. Судьба унии, возможно, была бы более удачной, если бы были выполнены два условия. Первое-уния реализовывалась постепенно и по желанию, без дискриминации и насилия, в связи с чем этот процесс растянулся бы на несколько столетий. Второе-униатство должно было стать вероисповеданием не только демократических пластов, но и украинской и белорусской шляхты, тогда бы оно стало исповеданием национальным.
