Оперение довольно сильно изнашивается и требует периодического обновления. Сбрасывание старого и отрастание нового оперения называют линькой. Она обусловлена действием гормонов щитовидной железы и половых органов. Некоторые виды птиц (например, утки) в определенное время года полностью и сразу меняют все оперение. Другие (в частности, попугаи) линяют непрерывно круглый год. При этом происходит смена не всего оперения одновременно, а по очереди — обновляются перья головы, туловища и, наконец, хвоста.
Некоторые перья, например покрывающие тело, отрастают вновь, если они потеряны. Другие, такие, как маховые перья крыльев, восстанавливаются только во время общей линьки, которая происходит один или два раза в год. Обычно птицы линяют в определенный период. Линяющая птица чешется, клюет и чистит себя особенно интенсивно, чтобы освободить растущие перья от покрывающего их вначале тонкого рогового слоя. Часто усиленный уход за собой во время линьки путают с поражением паразитами.
Стержень растущего пера «живой», то есть он хорошо кровоснабжается. Если сломать такое перо, возникнет сильное кровотечение, которое может быть даже опасным для жизни. Перья, переставшие расти, — «сухие». Когда они ломаются, кровотечения не возникает.
Для здоровой птицы линька не является проблемой. Речь идет не о болезни, а о естественном процессе. Признаки недостаточности важнейших веществ для образования нового оперения во время линьки проявляются довольно явно. Рост новых перьев требует огромных затрат энергии от птицы. Было установлено, что уровень обмена веществ птицы во время линьки увеличивается на 30%. Если птица заболевает или подвергается чрезмерному стрессу во время периода активного роста перьев, в ее организме остается мало резервов для нормального роста перьев. Такие тяжелые периоды отмечены на поверхности перьев характерными линиями («полосами стресса»), расположенными поперек опахал перьев. Линии возникают в результате энергетических сбоев в организме птицы. Они появляются спустя несколько дней или недель после перенесенного птицей стресса. В этих местах качество пера хуже, и оно может быть ломким. Перья птиц могут быть самого разнообразного цвета. За это отвечает пигмент, который находится в основе образующего вещества. Также перья могут приобретать разнообразные оттенки в результате падения на них солнечных лучей. Очень влияет на окраску перьев и пища, которой питаются птицы. Канарейки, питающиеся красным перцем, могут приобретать оранжевый окрас вместо желтого.