В армию Севера усилился приток негров, которые с 1 января 1863 года получили право служить в рядах северян. Количество негров-солдат достигло 186 тысяч человек (из них 134 тысячи были выходцами из рабовладельческих штатов). Кроме того, около 30 тысяч негров служили на флоте. Огромная роль негров в войне была официально признана Линкольном. Летом 1863 года армия Конфедераций потерпела жестокое поражение при Геттисберге (Пенсильвания). Весной следующего года войска под общим руководством генерала Гранта предприняли широкое наступление. Одна из армий под его командованием наступала на столицу Конфедерации город Ричмонд с севера, другая, во главе с генералом Батлером, двигалась с востока. Третья армия под началом генерала Шермана «рейдом к морю» — от реки Миссисипи к побережью Атлантического океана — принудила оказавшиеся расколотыми войска Конфедерации к отступлению на юг.
Южане возлагали большие надежды на исход президентских выборов 1864 года. Кандидатуре Линкольна была противопоставлена кандидатура Мак-Клеллана. Избирательная программа демократов предусматривала сохранение рабства, примирение с Югом, амнистию мятежников, разоружение армии и населения, но их надежды на успех не оправдались. Линкольн был переизбран на второе четырехлетие.
В декабре 1865 г. Конгресс США утвердил 13-ю поправку к Конституции, запрещавшую рабство на всей территории США. Новое наступление войск Юга на Вашингтон, задуманное для отвлечения сил северян от Ричмонда, было отбито. К весне 1865 года войска Севера заняли большую часть южных штатов. В тылу Конфедерации успешно развивалось партизанское движение. 3 апреля 1865 года Ричмонд был взят войсками Севера. Армия южан под командованием генерала Ли отступила к Аппоматтоксу и 9апреля, проиграв последнее сражение, сдалась в плен. За этим последовала сдача вооруженных сил Конфедерации Юга.
Несколько дней спустя после окончания войны, 14 апреля 1865 года, в ложе театра Линкольн был сражен несколькими выстрелами и в ту же ночь умер от ран. Это было первое в истории покушение на американского президента. Покушавшийся-фанатично настроенный и, возможно, душевно больной южанин, актер Джон Уилкс Бутс, который вместе с другими заговорщиками хотел убить ведущих политиков Союза. Линкольн навсегдавошел в историю Соединенных Штатов как человек и политик, много сделавший для утверждения демократии и становления американской нации.