Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Компьютерный анализ организации и изменчивости геномной ДНК на основе классификационных подходов

Диссертация: Компьютерный анализ организации и изменчивости геномной ДНК на основе классификационных подходов
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

В серии работ (32, 42, 63, 124, 163, 188, 193) было показано, что индивидуальные локусы занимают автономную территорию в интерфазном ядре. Механизмы их позиционирования сложны и недостаточно исследованы, однако принято выделять ряд уровней пространственной организации хроматина. Выделены последовательности, предположительно вовлеченные в пространственную организацию на разных уровнях. В этой… Читать ещё >

Компьютерный анализ организации и изменчивости геномной ДНК на основе классификационных подходов (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • L ВВЕДЕНИЕ и. ОБЗОР литературы
  • 1. Изменчивость геномной ДНК на нуютеотидном уровне
    • 1. 1. Влияние локального контекста на мутабильноеть сайта
    • 1. 1. 2 Некоторые методы анализа мутационных спектров и оценки влияния контекста
  • 2. Изменчивость геномной ДНК на хромосомном уровне
    • 2. 1. Сложность характеристик генетической изменчивости на цитогенетическом уровне
      • 2. 1. 1. Соматический мутагенез и примеры его связи с нейроэндокринными и генетическими факторами
      • 2. 1. 2. Гетерогенность изменчивости отдельных хромосом и ее возможные причины
        • 2. 1. 2. 1. Примеры хромосома-специфичных мутационных событий
        • 2. 1. 2. 2. Отдельные морфологические характеристики хромосом и неравномерность мутационных событий
    • 2. 2. Модели для формализации хромосомной изменчивости
      • 2. 2. 1. Проверка гипотезы неслучайности расположения хромосом
      • 2. 2. 2. Модели, описывающие распределение хромосомных аберраций и взаимодействие с мутагенами
  • 3. Организации геномной ДНК
    • 3. 1. Уровни пространственной организации хроматина. 3.1.1 Ядерный матрикс
    • 3. 2. Некоторые молекулярные механизмы пространственной организации
      • 3. 2. 1. Специфические районы, обеспечивающие пространственную организацию
      • 3. 2. 2. Неспецифические районы, обеспечивающие пространственную организацию
        • 3. 2. 2. 1. Сайты прикрепления к ядерному матриксу
      • 3. 2. 3. Подходы к идентификации протяженных функциональных районов эукариот
        • 3. 2. 3. 1. Идентификация промоторных районов
        • 3. 2. 3. 2. Идентификация кодирующих районов
        • 3. 2. 3. 3. Идентификация S/MARs
  • 4. Предггаложемия о связи локализации локуса (хромосомного фрагмента) и его изменчивости
    • 4. 1. Изменчивость на нуклеотидном уровне
      • 4. 1. 1. Мутабильноеть в связи с локализацией сайта в участках ДНК, отличающихся по принадлежности к кодирующим/ некодирующим/ функциональным районам (контекст ДНК-района)
      • 4. 1. 2. Мутабильность сайтов в связи с локализацией в различных хромосомных бэндах
    • 4. 2. Изменчивость на хромосомном уровне
      • 4. 2. 1. Специфика вовлечения отдельных хромосом в мутационные события и особенности их расположения в пространстве интерфазного ядра
  • ИХ МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
  • 1. Источники экспериментальных данных, включенных в исследования и процедуры по преобразованию исходных данных в целях последующего анализа
    • 1. 1. Мутационные спектры
    • 1. 2. Мутационные спектры гена рЗЗ
    • 1. 3. Частоты гетеро логичных ассоциаций между хромосомами мыши в различных клеточных популяциях
    • 1. 4. Последовательности ДИК различных структурно-функциональных районов хромосом
  • IV. РЕЗУЛЬТАТЫ И обсуждение
  • 1. Разработка алгоритма для анализа сложности мутационного спектра и его зависимости от иуклеотидмого контекста
    • 1. 1. Статистическая модель экспериментов по получению мутационных спектров
    • 1. 2. Алгоритм разделения смеси биномиальных распределений
    • 1. 3. Тестирование алгоритма на смоделированных смесях биномиальных распределений
    • 1. 4. Результаты анализа мутационных спектров (тестирование на реальных биологических данных)
    • 1. 5. Анализ мутационных спектров
    • 1. 6. Обсуждение результатов тестирования и анализа мутационных спектров
    • 1. 7. Анализ мутационных спектров гена рЗЗ
      • 1. 7. 1. Роль гена рЗЗ в опухолевой прог рессии
      • 1. 7. 2. Обсуждение результатов анализа мутационных спектров гена р53 с помощью разработанного подхода
  • 2. Анализ сложности мутационного спектра хромосом
    • 2. 1. Анализ индивидуальной хромосомной мутационной «активности» по частотам участия в гетерологичпьгт межхромосомных ассоциациях по тину робертсоновских транслокаций
    • 2. 2. Различные факторы, влияющие на степень вовлеченности шщивидуальных хромосом в межхромосомные ассоциации
  • 3. Подходы дает вденшфикации некоторых структурно-ф^нкциошшьньп фрагментов хромосомной ДНК
    • 3. 1. Выбор простых нуклеотидиых мотивов, дифференцирующих исходные выборки
    • 3. 2. Анализ гомогенности/гетерогенности выборок Б/МАИб и ДНК СК и распределение частот встречаемости простых нуклеотидных мотивов во всех исходных выборках фрагментов хромосомной ДНК
    • 3. 3. Анализ сходства и различий между выборками фрагментов хромосомной ДНК
    • 3. 4. Апостериорная классификация выборок фрагментов хромосомной ДНК (8/'МАЕб, срДНК, ялДНК, ск1ДШС ек2ДНК, 5'флДНК, слДНК)
    • 3. 5. Программа СИгСЫв для классификации фрагментов ДНК, ассоциированных с различными элементами ядерного матрикса
    • 3. 6. Тестирование программы ОттСЛа^
    • 3. 7. Обсуждение результатов тестирования программы ОтгОазБ
      • 3. 7. 1. Гетерогенность разных выборок
      • 3. 7. 2. Сравнение эффективности разных подходов для идентификации й/МАЕз
      • 3. 7. 3. Возможная функциональная роль субъединичной организации альфоидной ДНК
  • 4. Пример использования программы СЬгОаия дом изучения структуры генома птсариог
    • 4. 1. Поиск дополнительных характеристик последовательностей 8/МАЕз и кластер р-глобиновых генов
    • 4. 2. Сравнение результатов компьютерного предсказания и экспериментально выявленных последовательностей 8/МАЯз в кластере р-глобиновых генов человека
    • 4. 3. Сравнение локализации и эволюционной консервативности в/МАИя в парах человек — галаго- человек — кролик- галаго — кролик
    • 4. 4. Обсуждение полученного результата о консервативной локализации З/МАЕя в кластере р-глобиновых генов у разных видов
    • 4. 5. Модель регуляции стадия специфичной экспресии шобиновых генов с помощью позиционирования относительно I, С1ч
  • ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Актуальность проблемы. Экспоненциальный рост информации о различных геномах привел к тому, что компьютерный анализ постепенно превратился из средства для систематизации и хранения информации в средство получения новой информации, то есть в отдельную область экспериментальных исследований. Принято считать, что наиболее важными в этом направлении являются вопросы функциональной разметки — компьютерной идентификации фрагментов ДНК, обладающих определенной функцией, которые в дальнейшем могут бьпъ исследованы и подтверждены экспериментально (88, 168). Не менее актуальным является исследование закономерностей изменчивости и эволюции генетических макромолекул.

Принципиальной сложностью применения математических моделей и компьютерного анализа для решения разнообразных экспериментальных и теоретических задач является, как правило, формальное (математическое) описание исходных данных и постановка задачи. В этой связи актуальной является разработка новых методов анализа, моделей и интерпретаций.

Нуклеотидная последовательность может интерпретироваться как функциональный/нефункциональный район, как фрагмент хромосомы и как часть генома — в зависимости от рассматриваемого уровня организации генетического материала. Традиционно для последовательностей ДНК изменчивость описывается в терминах нуклеотидных замен, делеций и вставок, для хромосом — хромосомных аберраций.

Ранее предполагалось, что нуклеотидные замены происходят с одинаковой частотой для разных фрагментов генома (140). Но экспериментальные данные показали, что уровень замен существенно различается между разными структурными генами, одними и теми же генами у представителей разных таксонов, в ядерных и митохондриальных геномах (11). Одной из выявленных закономерностей 4 нуклеотидных замен является влияние локального контекста на мутабильность сайта (81). Описаны некоторые закономерности изменчивости и на цитогенетическом уровне. Накопленные данные свидетельствуют о том, что как нуклеотидные замены, так и возникновение хромосомных аберраций — это процессы, являющиеся результатом суперпозиции множества факторов жизнедеятельности клетки. Разработка подходов, направленных на выявление отдельных факторов и их взаимосвязи является необходимым этапом для изучения молекулярных механизмов мутагенеза.

В серии работ (32, 42, 63, 124, 163, 188, 193) было показано, что индивидуальные локусы занимают автономную территорию в интерфазном ядре. Механизмы их позиционирования сложны и недостаточно исследованы, однако принято выделять ряд уровней пространственной организации хроматина. Выделены последовательности, предположительно вовлеченные в пространственную организацию на разных уровнях. В этой связи принципиальным является выяснение вопроса о сходстве и различиях этих последовательностей и создание инструмента компьютерной идентификации таких районов. Также можно предполагать, что позиционирование локуса (хромосомного фрагмента) — (1) линейное вдоль хромосомы, (2) относительное — между индивидуальными хромосомами, (3) радиальное — по отношению к ядерной периферииявляется одним из факторов, влияющих на возникновение и фиксацию мутационных повреждений.

Цели и задачи исследования. Целью настоящей работы являлась разработка подходов к формализации изменчивости на нуклеотидном и хромосомном уровнях организации генетического материала, к анализу факторов ее гетерогенности и идентификации районов, предположительно вовлеченных в пространственную организацию хроматина, а также апробация разработанных подходов на реальных биологических данных.

В рамках работы были поставлены следующие задачи:

— разработать модель, описывающую распределение нуклеотидных замен для мутационных спектров, с учетом разной частоты возникновения замен в позициях спектра;

— на основе разработанного подхода выполнить анализ мутационных спектров: спонтанных и индуцированных мутаций в lacl гене E. coliвозникающих в опухолях различного гистогенеза в экзонах гена р53- цитогенетических аномалий у мышей с участием цешромсрных районов и выделить факторы, влияющие на частоты мутационных событий;

— подобрать спектр простых нуклеотидных мотивов, дифференцирующих последовательности, вовлеченные в пространственную организацию хроматина (участвующие в ассоциациях с различными цитологическими/ядерными субструктурами). На основе полученных данных разработать метод компьютерной идентификации соответствующих последовательностей;

— изучить эффективность метода путем сравнения точности предсказания с ранее разработанными подходами, а также на основе анализа новых данных — классификации теломерных и центромерных последовательностей и изучении локализации последовательностей S/MARs в кластере? глобиновых генов у разных видов.

Научная новизна и практическая ценность. В результате выполненных исследований предложен и протестирован новый подход для изучения спектров нуклеотидных замен. Показана множественность факторов, влияющих на возникновение замен. Впервые проведено исследование распределения горячих точек в мутационных спектрах гена р53, полученных из опухолей различного гистогенеза in vivo и in vitro. Показана связь распределения горячих точек с условиями клеточного роста. Впервые проведен сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей фрагментов хромосомной ДНК, предположительно участвующих в пространственной организации хроматина. Предложен и протестирован подход компьютерной идентификации таких последовательностей, с использованием которого выявлена определенная консервативность локализации последовательностей S/MARs в кластере? глобиновых генов у разных видов. Полученные данные позволили предложить дополнительную характеристику последовательностей S/MARs: консервативность локализации в связи с ортологичными генами, и модель регуляции стадия-специфичной экспрессии? глобиновых генов.

13 результате выполненных исследований разработаны следующие программные продукты: программа CLUSTERM, для анализа спектра нуклеотидных замен. CLUSTERM доступна на серверах flp://flp.bionet.nsc.ru/pub/biolopY/dbms, http ://www. itba. mi. спг. it/ webmutationпрограмма ChrClass, для классификации фрагментов ДНК с точки зрения принадлежности к различным последовательностям, участвующим в пространственной организации хромосомной ДНК (доступна у авторов).

Апробации работы. Результаты работы были представлены на следующих международных конференциях: Третья международная конференция по Интеллектуальным системам для молекулярной биологии (Англия, 1995) — Международной конференции «ДНК технологии животных» (Киев, Украина, 1997) — седьмой весенней школе в Иерусалиме, но геномным исследованиям (Иерусалим, Израиль, 1998) — Международном рабочем совещании по компьютерной биологии (Москва, Россия, 1998) — первой Международной конференции по биоинформатике регуляции и структуры генома (Новосибирск, Россия, 1998). По теме диссертации опубликовано 10 работ (одна в печати).

В литературе к настоящему времени накоплен ряд результатов экспериментальных исследований закономерностей мутационных событий на нуклеотидном и хромосомном уровнях генетической изменчивости. Ниже более подробно представлены некоторые примеры.

Выводы.

1. Предложен новый подход для компьютерного анализа мутационных спектров в нуклеотидных последовательностях, позволяющий выявлять статистически однородные классы мутационных событий, характеризующихся сходством в частотах встречаемости. Программа CLUSTERM, реализующая предложенный подход, доступна на сервере Института цитологии и генетики СО РАН (flp.bionet.nsc.ru/pub/biology/dbms).

2. С использованием разработанного подхода проведен компьютерный анализ мутационных спектров гена р53 человека. Выявлены классы мутационных событий с разными вероятностям и мутаций.

3. Показано, что присутствие «горячих точек» в мутационных спектрах гена р53 связано с типом опухоли и со специфическими особенностями пролиферации кле шк (in vivo и in vitro).

4. Разработан компьютерный метод, позволяющий предсказывать принадлежность фрагмента ДНК к одному из классов последовательностей: ассоциированных с различными хромосомными/ядерными субструктурами (ламина, сердцевины розеткоподобных структур, синаптонемальный комплекс) и S/MARs.

5. Используя разработанный метод проведена классификация различных субъединиц альфоидной ДНК человека по их сходству с различными классами последовательностей: ассоциированных с ядерной ламиной, сердцевинами розеткоподобных структур, синаптонемальным комплексом и S/MARs. Выявлены особенности классификации различных субъединиц.

6. Обнаружено присутствие позиционно-консервативных районов ассоциированных с ядерным матриксом (S/MARs) в кластере глобиновых генов трех видов млекопитающих (человек, галаго, кролик). Предложена модель их участия в регуляции экспрессии глобиновых генов на разных стадиях развития.

заключение

.

На всех уровнях организации генетического материма (нуклеотидные последовательности, хромосомы), существует комплексное взаимодействие факторов, влияющих на изменчивость данного уровня. Их выявление, поиски взаимосвязи и анализ степени влияния не представляется возможным без введения формализации описания изменчивости. Применение моделей смеси распределений, методов многомерного статистического анализа позволяет адекватно формализовать реальные биологические данные и получать новую информацию относительно закономерностей генетической изменчивости.

Целью выполненных исследований являлась разработка подходов к формализации изменчивости на нуклеотидном и хромосомном уровнях организации генетического материала, к анализу факторов ее гетерогенности и идентификации районов, предположительно вовлеченных в пространственную организацию хроматина, а также апробация разработанных подходов на реальных биологических данных. Эти подходы были разработаны и применены для решения конкретных биологических задач: (1) анализа мутационных спектров нуклеотидных замен в разных генах- (2) анализа мутационных спектров хромосомных аберраций по типу робертеоновских транслокаций- (3) сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей фрагментов хромосомной ДНК выделенных из различных ядерных субструктур («цитологических» структур) и последовательностей З/МАК^- (4) классификации теломерных и центромерных последовательностей и изучения локализации последовательностей Б/МАЛа в кластере [3-глобиновых генов у разных видов.

Для всех проанализированных мутационных спектров мы получили разделение по крайней мере на два класса, с разной вероятностью встречаемости мутаций. Таким образом вероятность замены варьирует по длине последовательности и обусловлена комплексным взаимодействием различных факторов. Один из классов обязательно содержал горячую точку, возникновение которой в ряде примеров коррелировало с наличием локального контекста. К настоящему времени известно множество мутационных спектров. Только для части из них существует информация о механизмах возникновения мутаций. Предложенный подход может предоставить детальный анализ спектров, для выявления корреляций между горячими точками мутагенеза и факторами контекста.

Использование разработанного подхода для анализа мутационных спектров гена р53 позволило получить новую информацию о специфике возникновения горячих точек в гене р53, возникающих в разных тканях и разных типах опухолей. К настоящему времени для некоторых типов опухолей показано, что мутационные спектры р53 в них различны. Тем не менее, до сих пор ие был выполнен сравнительный анализ распределения мутационных событий, но 5−8 экзонам гена р53 (наиболее значимым для его супрессорной функции), присутствия «горячих точек» мутагенеза в мутационных спектрах опухолей различного гистогенеза, их сохранения при роете опухоли в условиях in vivo и in vitro. Выполненные исследования показали: (1) присутствие горячих точек, типичных для спектра конститутивных мутаций гена р53 в семьях с повышенной предрасположенностью к развитию опухолей, среди соматических мутаций опухолей разного гистогенеза- (2) их исчезновение в разных типах опухолей и появления новых среди солидных опухолей в условиях in vivo- (3) почти полное отсутствие горячих точек среди лимфом и клеточных линий в условиях in vitro. Полученные данные позволяют предполагать, что одним из ведущих факторов контроля распределения горячих точек 5−8 экзопов гена р53 являются особенности условий о тбора клеточных клонов в связи с их пролиферацией in vivo и in vitro, в солидных опухолях определенного гистогенеза. Полученные данные свидетельствуют, что мутационные спектры гена р53 в опухолях связаны с особенностями условий клеточной пролиферации.

Анализ спектра «горячих» хромосом на разных стадиях спонтанной пеопластической эволюции эмбриональных фибробластов мышей разных линий показал: каждая из проанализированных 28 популяций обладает собственным набором хромосом с повышенной активностью участия в межхромосомных ассоциациях по типу робертсоновских транслокаций (ИВ). В минимально трансформированных и промежуточных по опухолеродности клеточных популяциях в группу «горячих» хромосом попадаютв основном, наименьшие по размеру хромосомы — 17, 18 и 19- на максимальной стадии опухолеродности практически утрачиваются межхромосомные отличия по активности вовлечения в межхромосомные ассоциации.

Можно предполагать, что именно позиционирование локуса (хромосомного фрагмента) на разных уровнях пространственной организации — (1) линейное вдлоль хромосомы, (2) относительное — между индивидуальными хромосомами, (3) радиальное — но отношению к ядерной периферии — является одним из факторов, влияющим на возникновение, фиксацию и репарацию мутационных нореждений. Выделены некоторые последовательности, вовлеченные в пространственную организацию на разных уровнях. Вопросы о сходстве и различиях этих последовательностей, принципиальные для понимания молекулярных механизмов пространственной организации, ранее не обсуждались. В данной работе был проведен сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей фрагментов хромосомной ДНК выделенных из различных ядерных субструктур («цитологических» структур) и последовательностей 8/МАК^. Показано, что: (1) последовательности ассоциированные с ядерной ламиной, с синаптонемальным комплексом, с сердцевинами розетко-подобных структур, последовательности У/МАИв — различаются по частотам простых нуклеотидных мотивов- (2) последовательности в/МАКя не полностью описываются набором общепринятых характеристик- (3) на основе частот встречаемости простых нуклеотидных мотивов возможна компьютерная идентификация по крайней мерс последовательностей S/MARs (об этом свидетельствует классификация как S/MARs в программе ChrClass экспериментально выявленных последовательностей S/MARs) — (4) точность предсказания ChrClass и MarFinder — 78% и 25% свидетельствуетв пользу обоснованности выбора дополнительных характеристик для описания потенциальной ассоциации фрагментов ДНК с разными элементами ядерного матрикса. Ряд примеров анализа альфоидной ДНК показал, что различные субъединицы предположительно ассоциированы с различными хромосомными/ядерными субструктурами, что может быть связано с участием центромерных районах в разных процессах при прохождении клеточного цикла.

Разработанный нами подход был использован для изучения локализации последовательностей S/MARs в кластере? глобиновых генов у разных видов. Показано присутствие позиционно консервативных S/MARs в кластере глобиновых генов у разных видов «функциональных» филогенетических отпечатков. Консервативные S/MARs фланкируют LCR и гены, экспрессирующиеся на разных стадиях развития. Как следствие, при получении противоречивых данных экспериментального и компьютерного анализа о локализации S/MARs их можно уточнить используя филогенетический анализ.

Предложена модель регуляции стадия-специфичной экспрессии глобиновых генов, на основе позиционирования промоторных районов относительно LCR с помощью S/MARs, которая косвенно подтверждается экспериментальными данными (экспериментальное выявление «слабого» S/MARs на фланге у-глобина в эритроидных клетках К562, экспрессирующих только фетальный гемоглобин).

Предложенные подходы являются законченными программными продуктами с использованием которых может быть исследован значительно более широкий спектр биологических проблем.

Показать весь текст

Список литературы

  1. , W. Т., Scopek T.R. Statistical test for the comparison of samples from mutational spectra.// J. Mol. Biol. 1987. V. 194. P. 391−396.
  2. Agard D.A., Sedat J.W. Threedimensional architecture of a polytene nucleus.//Nature. 1983. V. 302. P.676−681.
  3. Amati В., Gasser S.M. Drosophila scaffold-attached regions bind nuclear scaffolds and can function as ARS elements in both budding and fission yeasts.//Moll. Cell. Biol. 1990. V. 10. P. 5442−5454.
  4. Amrolia P.J., Gabbard W., Cunningham J.M., Jane S.M. Maximal activity of an erythroid-specific enhancer requires the presence of specific protein binding sites in linked promoters.// J. Biol. Chem. 1998. V. 273. P. 13 593−13 598.
  5. Amundson S.A., Fen Xia, Wolfson K., Liber ILL. Different cytotoxic and mutagenic responses induced by x-rays in two human lymphoblastoid cell lines derived from a single donor.// Mut.Res. 1993. V. 286. P.233−241.
  6. Andersson H.C. The spontaneous frequency of chromosomal aberrations and sister-chromatid exchanges in cultured peripheral lymphocytes of a single blood donor sampled more than 200 times.// MutRes. 1993. V. 286. P. 281−292.
  7. Aota S., Ikemura T. Diversity in G + С content at the third position of codons in vertebrate genes and its cause.// Nucleic Acids Res. 1986. V. 14. P. 6345−55.
  8. Antonarakis S.E. Haemophilia A: database of nucleotide substitutions, deletions, insertions and rearrangements of the factor VIII gene.// Nucleic Acids Res. 1991. V. 19. P. 4821−4833.
  9. Avise J.C. Molecular Markers, natural history and evolution.// Chapman&IIall Inc., New York-London. 1994. 511 p.
  10. Avivi L., Feldman M. Arrangement of chromosomes in interphase nucleus of plants.// Human Genet. 1980. V. 55. P. 259−281.
  11. Avramova Z., Bennetzen J.L. Isolation of matrices from maize leaf nuclei: identification of a matrix-binding site adjacent to the Adlil gene.// Plant. Mol. Biol. 1993. V. 22. P. 1135−1142.
  12. Bailey T.L., Elkan C. The value of prior knowledge in discovering motifs with MEME.// In: Proceedings Third International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (Rawlings, C., Clark, D.,
  13. Altaian, R., Hunter, L., Lengauer, T. & Wodak, S., eds). 1995. P. 21−29. Mcnlo Park: AAAI Press.
  14. Bebenek K., Abbotts J., Roberts J., Wilson S.H., Kunkel T.A. Specificity and mechanism of error-prone replication by human immunodeficiency virus-1 reverse transcriptase.// J. Biol. Chem. 1989. V. 264. P. 1 694 816 956.
  15. Д.В. Структура тс лом ер эукариот.// Генетика. 1993. Т. 29. N. 3. С. 373−387.
  16. Begnini R., Palombo I7., Dogliotti Е. Multivariate statistical analysis of mutational spectra of alkylating agents. // Mutation Res. 1992. V. 267. P. 77−88.
  17. Bennett M.D. Towards a general midel for spatial law and ordez in nuclear and karyotypic architecture. // In: Chromosomes Today. 1984. V. 8. P. 191−202.
  18. Benzer S. On the topology of the genetic line structure.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1961. V. 47. P. 403−415.
  19. R. //In: The cell nucleus. Busch H., ed. N. Y.: Acad. Press, 1979. V. 7. P. 413−456.
  20. Berezney R., Colfey D.S. Identification of a nuclear protein matrix.// Biochem. Biophys. Res. Commun. 1974. V. 60. P. 1410−1417.
  21. Berezney R., Coffey D.S. Nuclear matrix: isolation and characterization of a fi-amework structure from rat liver nuclei. // J.Cell. Biol. 1977. V. 73. P. 616 637.
  22. Bernardi G., Bernardi G. Codon usage and genome composition.// J Mol Evol. 1985. V. 22. P. 363−5.
  23. Beroud C., Soussi T. p53 gene mutation: software and database.// Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 200−204.
  24. Billia F., De Boni U. Localization of centromeric satellite and telomeric DNA sequences in dorsal root ganglion neurons, in vitro.// J. Cell Science. 1991.V. 100. P. 219−226.
  25. Blasquez C., Sperry A.O., Cockerill P.N., Garrard W.T. Protein: DNA interaction at chromosomal loop attachment sites.// Genome. 1989. V. 31. P. 503−509.
  26. Bogdanova A.N., Raziti S.V., Vassetzky Y.S. Nuclcar matrix-associated DNA fragments enhance autonomous replication of plasmids in chicken cells.//Biochemy. 1995. V. 77. P. 880−887.
  27. Bode J., Kohwi Y., Dickinson L., Joh Т., Klehr D., Mielke C., Kohwi-Shigematsu T. Biological significance of unwiding capability of nuclear-matrix associated DNA. // Science. 1992. V. 255. P. 195−197.
  28. Bode J., Maas K. Chromatin domain surrounding the human interferon-B gene as defined by scaffold attached regions. // Biochemistry. 1988. V. 27. P. 4706−4711
  29. Bodnar J.W. A domain model for eukaryotic DNA organization: a molecular basis for cell differentiation and chromosome evolution. // J. Theor. Biol. 1988. V. 132. P. 479−507.
  30. Bonifer С., Yaimoutsos N., Krueger G., Grosveld F., Sippcl A.E. Dissection of the locus control function located on the chicken lysozyme domain in transgenic mice.//Nucl. Acids Res. 1994. V. 22. P. 4202−4210.
  31. Borden J., Manuelidis L. Movements of the X chromosome in epilepsy.//
  32. Science. 1988. V. 242. P. 1687−1691.
  33. Boulikas T. Evolutionary consequences of nonrandom damage and repair of chromatin domains.//! Mol. Evol. 1992. V. 35. P. 156−180.
  34. Boulikas T. Homeotic protein binding sites, origins of replication, and nuclear matrix anchorage sites share the ATTA and ATTTA motifs.// J. Cell Biochem. 1992. V. 50. P. 111−123.
  35. Boulikas T. Nature of DNA sequences at the attachment regions of genes to the nuclear matrix.// J. Cell. Biochem. 1993. V. 52. P. 14−22.
  36. Boulikas T. Chromatin domain and prediction of MARs sequences.// Internal. Rev. Cytology. 1995. V. 162A. P. 279−388.
  37. Bowman K.O., Kastenbaum M.A., Sheton L.R. Fitting multi-parameter distribution to sister chromatid exchange data.// Mut. Res. 1996. V. 358. P. 15−24.
  38. Boyd J., Pienta K.J., Getzenberg R.H., Coffey D.S., Biuret J.C. Preneoplastic alterations in nuclear morphology that accompany loss of tumor suppressor phenotype.// J.Natl.Cancer hist. 1991. V. 83. P. 862−866.
  39. Branda R.F., Sullivan L.M., O’Neill J.P., Falta M.T., Nicklas J.A., Measurement of HPRT mutant frequencies in T-lymphocytes from healthy human populationsV/Mutat Res .1993. V. 285. P. 267−79.
  40. Breyne P., Vanmontagu M., Depicker Chcysen G. Characterization of a plant scaffold attachment region in a DNA fragment that normalizes transgene expression in tobacco. // Plant Cell. 1992. V. 4. P. 463−471.
  41. Breyne P., Van Montagu M., Gheyseu G. The role of scaffold attachment regions in the structural and functional organization of plant chromatin. // Transgenic Res. 1994. V. 3. P. 195−202.
  42. В.Я., Носиков B.B., Брага Э. А., Маршак Т. Л., Краванов А. А., Корочкин Л. И., Садыкова М. К. Пространственная организация рибосомпых генов в интерфазном ядре. //ДАН СССР. 1985. т. 185. с.455−458.
  43. Bums, P. A., Gordon, A. J. Е., Glickman, В. W. Influence of neighbouring base sequence on N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine mutagenesis in the lacl gene of Escherichia coli. //J. Mol. Biol. 1987. V. 194. P. 385−390.
  44. , Q. & Riebolt, J. Reconnaissance de melange de densite et classification. Un algoritlime d’apprentissage probabiliste: ralgorithme SEM.// Rapports de Recerche de 1'INRIA. 1984. Centre de Rocqucncort.
  45. Chaly N., Brown D.L. The prometaphase configuration and cliromosome order in early mitosis.// J. Cell Science. 1988. V. 91. P. 325−335.
  46. Chang E., Slightom J. Isolation and nucleotide sequence analysis of the b-type globin pseudogene from human, gorilla and chimpanzee.// J. Mol. Biol. 1984. V. 180. P. 767−784.
  47. Chebotarev AN, Telegin LIU, Derzhavets EM Cytogenetic effect of cyclophosphamide in a culture of human lymphocytes following its activation in the bodies of mice.//Gcnetika. 1976. V. 12. P. 151−157
  48. Chen A.M., Lucas J.N., Hill F.S., Brenner D.J., Sachs R.K. Chromosome aberrations produced by ionizing radiation: Monte Carlo simulations and cliromosome painting data.// Comput. Appl. Biosci. 1995. V. 11. P. 389 397.
  49. Chen J., Thilly W.G. Mutational spectra vary with exposure conditions: benzoa. pyrene in human cells.// Mut. Research. 1996. V. 357. P. 209−217.
  50. Choi I.Y., Chung I.K., Muller M.T. Eukariotic topoisomerase II DNA cleavagc is independent of duplex DNA conformation. // Biochem. Biophys. Acta. 1995, V. 1264. P. 209−14.
  51. Christova R., Bach I., Galcheva-Gargova Z. Sequences of DNA fragments contacting the nuclear lamina in vivo. I I DNA Cell Biology. 1992. V. 11. P. 627−636.
  52. Claverie J.M., Sauvaget I., Bougueleret L. K-tuple frequencies analysis: from exon/intron discrimination to T-cell epitope mapping.// Methods in Enzymology. 1990. V. 183. P. 237−251.
  53. Cliet J., Melcion C., Cordier A. Lack of predictivity of bone marrow micronucleus test versus testis micronucleus test: comparison with four carcinogens.// Mut.Res. 1993. V. 292. P. 105−111.
  54. Coller H.A., Thilly W.G. Development and applications of mutational spectra thecnology.// EnvironSci. Thecnol. 1994. V. 28. P. 479- 487.
  55. Cockerill P.N., Garrard W.T. Chromosomal loop anchorage sites appear to be evolutionarily conserved.// FEBS Lett. 1986. V. 204. P. 5−7.
  56. Comings D. Arrangement of chromatin in the nucleus.// Human Genet. 1980. V. 53. P. 131−143.
  57. Cook P.R. and Brazell J.A. Conformational constraints in nuclear DNA. // J. Cell Sci. 1976. V. 22. P. 287−302.
  58. Coulondre, C., Miller, J.H., Farabaugh, P.J., Gilbert, W. Molecular basis of base substitution hotspots in Escherichia coli. .//Nature. 1978. V. 274, P. 775−780.
  59. Cowell J.K. A photographic representation of the variability in the G-banded structure of the chromosomes in the mouse karyotype // Chromosoma. 1984. V. 89. P. 294−320.
  60. Craig J.M., Boyle S., Perry P., Bickmore W. A. Scaffold attachments within the human genome.// J. Cell Sci. 1997. V. 110. P. 2673−2682.
  61. De Boni U. Chromatin motions in inteiphase nuclei, its modulation and itspotential role in gene expression.// Anticancer Res. 1988. V. 8. P. 885−898.
  62. Dedonyte V., Domza B., Lazutca J.R., Lekevicius R.K. Sister chromatid exchanges and lymphocyte hyperdiploidy in womwen with a history of reproductive wastage.//Hereditas. 1991. V. 114. P.277−279.
  63. De Lange T. Human telomeres are attached to the nuclear matrix.// EMBO J. 1992. V. 11. P. 717−724.
  64. Demeke T., Larochc A., Gaudet D.A. A DNA marker for the Bt-10 common bunt resistance gene in wheat.//Genome. 1996. V. 39. P. 51 -55.
  65. Dempster A.P. Laird N.M., Rubin, D.B. Maximum likelihood from incomplete data via the EM algorithm.// Journal of the Royal Statistical Society. 1977. V. 39. P. 1−38.
  66. Dulout F.N. Adriamycin-induced centric fusions in mouse chromosomes: in vivo and in vitro analysis.// Genetica.- 1984. V. 64. P.71−176.
  67. Dulbeeco R. Cancer progression: the ultimate challenge.// Int. J. Cancer. 1989. Suppl. 4. P. 6−9.
  68. Elnitski L, Miller W., Hardison R. Conserved E boxes function as part of the enhancer in hypersensitive site 2 of the b-globin locus control region.// J. of Biol. Chem. 1997. V. 272. P. 369−378.
  69. Engel J.D. Developmental regulation of human b-globin gene transcription: a switch of loyalities.// Trends Genet. 1993. V. 9. P. 304−309.
  70. Fernandez M.A., Baron B., Prigent M., Toledo F., Buttin G., Debatisse Matrix attachment regions and transcription units in a polygenic mammalian locus overlapping two isochores.// M. J. Cell Biochem. 1997. V. 67. N. 4. 541−551.
  71. Ferro W., Ecken J.C.J. Studies on mutagen sensitive strains of Drosophila melanogaster. XI. Survival (dominant lethality) alter x-irradiation and relation to recessive lethales and translocations.// Mut.Res. 1993. V. 285. P.313−325.
  72. Fickett J.W., Guigo, R. Estimation of protein coding density in a corpus of DNA sequence data.// Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 2837−2844.
  73. Fickett J.W. and Tung C.-S. Assessment of protein coding measures.// Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. P. 6441−6450.
  74. Fitch D., Bailey W., Tagle D., Goodman M., Sieu L., Sliglitom J. Duplication of the globin gene mediated by LI long interspersed repetitive elements in an early ancestor of simian primates.// Proc.Natl.Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. P. 7396−7400.
  75. Fortuna M.B., Dewey M. J., Furmanski P. Cell fusion in tumor development and progression: occurrence of cell fusion in primary metliylcholanthrene-inducedtumorigenesis.// Int.J.Cancer.- 1989. V.44. P. 731−737
  76. Foster P.L., Eisenstadt E., Caims J. Random components in mutagenesis.// Nature. 1982. V. 299. P. 365−367.
  77. Fraser P., Pruzina S., Antoniou M., Grosveld F. Each hypersensitive sites of the human b-globin locus control region confers a different developmental pattern of expression on the globin genes.// Genes Dev. 1993. V. 7. P. 106 113.
  78. Funabiki IT, Hagan I., Satoru U., Yatiagida M. Cell cycle-dependent specific positioning and cluctering of centromeres and telomeres in fission yeast.//J.Cell Biology. 1993. V. 121. P.961−976.
  79. Gasser S. M, Laemmli U.K. Cohabitation of scaffold binding regions with upstream/enhancer elements of three developmentally regulated genes of D. melanogaster. il Embo J. 1986. V. 5. P. 511−518
  80. Gasser S.M., Laemmli U.K. A glimpse at chromosomal order.// Trends Genet. 1987. V. 3. P. 16−22.
  81. Gasser S.M., Amati B.B., Cardenas M.T., Hoffman J.F. Studies on scaffold attachment sites and their relation to genome function. // Intern. Rev. Cytology. 1989. V. 119. P. 57−96.
  82. Gaulden M.E. Marternal age effect: the enigma of Down syndrome and other trisomic conditions.//Mut.Res. 1992. V. 296. P.69−88.
  83. M.C. Компьютерный анализ и предсказание функциональных особенностей последовательностей ДИК. Автореферат док юрской диссертации. 1998. Ин-т белка РАН, Пущино. С. 39.
  84. Gerber П., Iiagman М., Seipel К., Georgiev О., West М., Litingtung L., Schaffher W., Coeden J. RNA polymerasell C-terminal domain required for enhancer-driven transcription.// Nature. 1995. V. 374. P. 660−662.
  85. Glazko G.V., Rogozin I.B., Latkin E.I. Subclass approach for mutational spectrum analysis.// Proc. Third Int.Conf.on Intelligent Systems for Molecular Biology, AAAI Press, Oxford, UK. 1995. P.309−313.
  86. T.T. Подходы к анализу взаимного расположения хромосом в клетках костного мозга мышей. // Цитология. 1988. т. 30. N 7. с.
  87. Т.Т., Лавровский В. А. Кариотипическая изменчивость эмбриональных фибробластов мышей двух генотипов в процессе спонтанной неопластической трансформации. // Цитология. 1990. т. 32. N2. С.171−180.
  88. Т.Т., Лавровский В. А. Спонтанная анеунлоидия эмбриональных фибробластов мышей линий СЗН/Не и СВА/Са, возникающая в процессе их неопластической эволюции.// Цитолог ия. 1991. т. 33. N4. С.95−103.
  89. Т.Т., Лавровский В. А., Кондрахин Ю. В. Фенотшшческая и хромосомная изменчивость эмбриональных фибробластов мышей разных линий в процессе спонтанной нсопластической эволюции.// Экспериментальная онкология. 1991. т. 13. N. 4. С. 29−35.
  90. Т.Т. Независимая изменчивость различных кариотшшческих характеристик в процессе спонтанной неопластической эволюции эмбриональных фибробластов мышей.// Цитология. 1993. т. 35. N.1. С.82−88.
  91. Т.Т., Винничук Д. Т., Созинов А. А. Гематологический химеризм у близнецов крупного рогатого скота // Цитология и. енетика.-1992.-т. 26, N. 5. с. 6−11.
  92. М.В. Организация ДНК в лишенных гистонов ядрах сперматоцитов крысы. // Молекуляр. биология. 1987. Т. 21. С. 12 481 257.
  93. Глазков М.В.Структургго-функциональная организация ДНК в интерфазном ядре. Структурный аспект. // Мол. Биол. 1988. Т. 22. С. 1630.
  94. М.В. Организация транскрипционно-неактивных районов интерфазных хромосом. //Докл. АН СССР. 1990. Т. 312. С. 978−980.
  95. М.В., Полтараус А. Б., Лебедева И. А. Нуклеотидньге последовательности ДНК, выделенные из сердцевин розетко-подобных структур (элементарггых хромомер) интерфазных хромосом мыши. // Генетика. 1994. Т. 30. С. 1146−1154.
  96. М. В.Петельно-доменная организация генов хромосом эукариот.// Мол. Биол. 1995. Т. 29. С. 965−982.
  97. М.В. Границы структурно-функционшгьных доменов хромосом эукариот.// Генетика. 1998. Т. 34. N 5.
  98. И.Л., Золотарев В. М., Васильева С. Ф. Пространственное расположение хромосом в ядрах соматических клеток. Гомологичные хромосомы морсих свинок и домашних свиней.// Цитология. 1977. Т. 19. N. 8. С. 855−863.
  99. Goodman М., Koop B.F., Czelusniak J., Weiss M.L., Dlightom J.L. The h-globin gene: its long evolutionary history in the b-globin gene family of mammals.//J. Mol. Biol. 1984. V. ?80. P. 803−823.
  100. Gordon A.J.E., Burns P.A., Glickman B.W. N-Methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine induced DNA sequence alteration: non-random components in alkylation mutagenesis.// Mutation Res. 1990. V. 233. P. 95−103.
  101. Gordon A.J.E., Burns P.A., Glickman B.W. N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidinc-induced mutation in a RecA strain of Escherichia coli. //Mutation Res. 1988b. V. 201. P. 219−228.
  102. Hahnfeldt P., Hlatky L.R. A Monte Carlo/Markov chain model for the association of data for chromosome aberrations and formation of micronuclei.// Radiat Res. 1994. V. 138. P. 239−245.
  103. Hainaut P., Hernandez T., Robinson A. IARC database of p53 gene mutations in human tumors and cell lines: updated compilation, revised formats and new visualisation tools.//Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. N. 1. P. 205−213.
  104. Harris S., Barrie P. A, Weiss M.L., Jeffreys A.J. The primate Ybl-gene: an ancient bl-globin pseudogene.// J. Mol. Biol. 1984. V. 180. P. 785−801.
  105. Hascombe O., Whyatt D., Fraser P., Yannoutsos N., Greaves D., Dillon N., Grosveld F. Importance of globin gene order for correct developmental expression.// Gene and Devel. 1991. V. 5. N. 8. P. 1387−1394.
  106. Hecht F., Bixehman H. A, Cannizzaro L. A, Hecht B.K., Ramesh H.R., Lynch H.T., Fusaro R.M. Chromosome instability is found in hereditar}' malignant melanoma which is linked to Rh in Ip36.2-p34.// Cytogenet. Cell Genet. 1989. V. 51. P.1012.
  107. Henderson L., Fedyk J., Windebaiik S., Smith M. Induction of micronuclei in rat bone marrow and peripheral blood following acute and subchronic administration of azathioprine.// Mut.Res. 1993. V. 291. P.79−85.
  108. Ilolmberg K., Fait S., Johansson A, Lambert B. Clonal chromosome aberrations and genomic instability in X-irradiated human T-lymphocyte cultures.//Mut.Res. 1993 V. 286. P. 124−130.
  109. Honda T., Sadamori N., Iton M., Kusumi O. Clonal fibroblastic cell lines established from a heavily exposed atomic bomb survivor.// Mut.Res. 1993. V. 291. P. 125−133.
  110. Hauser J., Levine AS., K. Dixon K. Unique pattern of point mutations arising after gene transfer into mammalian cells. // The EMBO J. 1987. V. 6. P. 63−67.
  111. Hirsch B., Vacek P.M., Albertini R.J. Measurement of HPRT mutant frequencies in T-lymphocytes from healthy human populations.// Mut.Res. 1993. V. 285. P.267−279. '
  112. Holmquist G.P. Evolution of chromosome bands: molecular ecology of noncoding DNA //J Mol Evol. 1989. V. 28. P. 469−486.
  113. Horsfall M. J., Gordon AJ.E., Burns P.A., Zielenska M., van der Vliet, G.M.E., Glickman B.W. Mutational specificity of alkylating agents and the influence of DNA repair.// Envirom. Mol. Mutagen. 1990. V. 15. P. 107 122.
  114. Horsfall M. J., Glickman, B.W. Mutation site specificity of N-nitroso N-methyl-N-alpha-acetoxybcnzyl-amine: a model derivative of an esophageal carcinogen.//Carcinogenesis. 1989. V. 9. P. 1529−1532.
  115. Iiorsfall M.J., Glickman, B.W. Mutational specificities of environmental carcinogens in lacl gene of Escherichia coli. I. The direct-acting analogue N-nifroso-N-meUiyl-N-alpha-acetoxymethylamine.//Carcinogenesis. 1989. V. 10. P. 817−822.
  116. Hsu T.C., Cooper J.E.K., Brinkley B.R. Arrangement of centromeres in mouse cells. // Chromosoma. 1971.V. 34. N1. P. 73−78.
  117. Htun H., Dahlberg J.E. Single strands, triple strands, and kinks in H-DNA. //Science. 1988. V. 241. P. 1791−1796.
  118. Hutchinson F., Donnelan Jr, J.E. A general database for DNA sequence changes induced by mutagenesis of several bacterial and mammalian genes.// Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 172−176.
  119. Iakovenko KN, Sapacheva VA Statistical analysis of the elimination ofchromosome-type aberrations and the fate of the aberrant cells.// Genetika1984. V. 20. P. 144−154.
  120. Ikemura T, Aota S. Global variation in G+C content along vertebrate genome DNA. Possible correlation with chromosome band structures.// J Mol Biol. 1988. V. 203. P. 1−13.
  121. H.H. Иммунологическая элиминация цитогенетически аберрантных клеток индуцированных инфекционными факторами.// Генетика. 1988. т. 24. С. 156−162.
  122. Jarman A.P., Higgs D.R. Nuclear scaffold attachment sites in the human globin gene complexes.// EMBO J. 1988. V. 7. P. 3337−3344.
  123. Jeggo P. A., Tesmer J., Chen D.J. Genetic analysis of ionizing radiation sensitive mutations of cultured mammalian cell lines.// Mut.Rcs. 1991. V. 254. P. 125−133.
  124. Joseph-Lerener N., Fejgin M., Ben-Nun J., Legum C., Amiel A. The correlation between the frequency of sister-chromatid exchange and human reproductive hormones.// Mut.Res. 1993. V. 300. P. 247−252.
  125. Kalendo G.S., Andrushkevich V.V., Tyrsina E.G., Kakpakova E.S. Radio-induced cell fusion and its possible role in cell population survival. // ln: Workshop on Intercellular Communication.-Pushchino, Moscow region, Russia, August-September 1994. -p.54.
  126. Kama В. The action of N-Methil-N-nitrosourea on noil-established human cell lines in vitro. Non-random distribution of chromatid aberration in diploid and Down’s cells. // Mut. res. 1977. V. 42. P. 401−413.
  127. Karess R.E., Glover D.M. A gene required for proper mitotic segregation in Drosophila. //J. Cell Biol. 1989. V. 109. P.2951−2961.
  128. Kaufman S.H., Coffey D.S., Shaper J.H. Consideration in the isolation of rat liver nuclear matrix, nuclear envelope and pore complex lamina// Exp. Cell Res. 1981. V. 132. P. 105−123.
  129. Klein G. Multistep evolution of B-cell-derived tumors in humans and rodents//Gene. 1993. V.135. P.189−196.
  130. Kimura M. Population genetics, molecular evolution and the neutral theory.// The University of Chicago Press, Chicago and London- ed.N.Takahata. 1994. 686 p.
  131. Kipling D., Wilson H.E., Mitchell A.R. Mouse centromere mapping using oligonucleotide probes that detect valiants of the minor satellite.// Chromosoma. 1994. V. 103. P.46−55.
  132. Kodama S., Komatsu K., Okumura V., Oshimura M. Suppression of X-ray-induccd chromosome aberrations in ataxia telangiectasia cells by introduction of a normal human chromosome 11.// Mut.Res.-1992. V. 293. P.31−37.
  133. Kondrakhin Y.V., Kel A.E., Kolchanov N.A., Romashchenko A.G., Milanesi L. Eukaryotic promoter recognition by binding sites for transcription factors.// Comput Appl Biosci. 1995. V. 11. P. 477−88.
  134. Koop B. Human and rodent DNA sequence comparison: a mosaic model of genomic evolution.// TIG. 1995. V. 11. N 9. P. 367−371.
  135. Ю.В., Лильп И. Г. Мутабильность соматических клеток мьтщей разных линий. Сообщение II. // Цитология и генетика.-1978. т. 12. С. 134−136.
  136. Kunkel Т. A., Alexander P. S. The base substitution fidelity of eukaryotic DNA polymerases. Mi sparing frequencies, site preferences, insertion preferences, and base substitution by dislocation.// J. Biol. Chem. 1986. V. 261. P. 160−166.
  137. Lambert I.B., Chin T.A. Bryant D.W., Gordon A.J.E., Glickman B.W., McCalla D.R. The mutational specificity of 2-(2-furyl)-3-(5-nitro-2-furyl)-acrylamide (AF2) in the lacl gene of Escherichia coli.// Carcinogenesis. 1991. V. 12. P. 29−34.
  138. Laemmli U.K., Kas Е., Poljak L., Adachi Y. Scaffold-associated regions: cis-acting determinants of chromatin structural loops and functional domains.// Curr. Opin. Genetics Development. 1992. V. 2. P. 275−285.
  139. Lawrence C.B., Solovyev V.V. Assignment of position-specific error probability to primary DNA sequence date.// Nucleic Acids Res. 12 994. V. 22. P. 1272−1280.
  140. Lawrence C.E., Reiily, A.A. An expectation maximization (EM) algorithm for the identification and characterization of common sites in unaligned biopolymer sequences.// Proteins: structure, function and genetics. V. 7. P. 41−51.
  141. Legault J, Tremblay A Preferential localization of DNA damage induced by depurination and bleomycin in a plasmid containing a scaffold-associated region. // Biochcm Cell Biol. 1997. V.75. N4. P. 369−375.
  142. Leitch A.R., Mosgoller W., Schwarzacher Т., Bennet M.D., Heslop-Iiarrison J.S. Genomic in situ hybridization to sectioned nuclei shows chromosome domains in grass hybrids.// .T.Cell Science. V. 95. P. 335−341.
  143. Li S., Meistrich M.Z., Brock W.A., Hsu T.C., Kuo M.T. Isolation and preliminary characterization of the synaptonemal complex from rat pachytene spermatocytes.// Exp. Cell Res. 1983. V. 144. P. 63−72.
  144. Luderus M.E., van Steensel В., Chong L., Sibon O.C., Cremers F.F., de Lange T. Structure, subnuclear distribution and nuclear matrix association of the mammalian telomeric complex.// J. Cell. Biol. 1996. V. 135. N. 4. P. 867−81.
  145. C.E. Закономерности кариотипической эволюции клеток в культуре.// Цитология. 1996. Т. 38. с. 787−815.
  146. Manuelidis L. Individual interphase chromosome domains revealed by in situ hybridization.// Human Genet. 1985. V. 71. P.288−293.
  147. Mayr В., Schleger W. Association patterns in cattle chromosomes.// .T.Heredity. 1982. V. 73. P. 468−470.
  148. Margot J.B., Demers G.W., Hardison R.C.J. Complete nucleotide sequence of the rabbit b-like globin gene cluster: analysis of inter genie sequences and comparison with the human b-like globin gene cluster.// Mol. Biol. 1989. V. 205. P. 15−40.
  149. Marshall W.F., Dernburg A.F., Harmon В., Agard D., Sedat J.W. Mol. Biol. Cell. 1996. V. 7. P. 825−842.// Specific Interactions of chromatin withthe nuclear envelope: position determination within the nucleus in Drosophila melanogaster.
  150. Marshall W.F., Fung J.C., Sedat J.W. Deconstructing the nucleus: global architecture from local interactions.// Curr. Opinion Gen.&Devel. 1997. V. 7. P. 259−263.
  151. Martellu A., Campart G.B., Benvenuto F., Fresu A.M. Comparison of micronucleus formation in mouse bone marrow and spleen.//Mut.Res. 1993. V. 292. P.63−67.
  152. McKniglit R.A., Shamay A., Sankaran L., Wail R.J., Iienningliausen L. Matrix-attachment regions can impart position-independent regulation of a tissue-specific genes in transgenic mice.// PNAS. 1992. V. 89. P. 69 436 947.
  153. McNamara P.T., Bolshoy A., Trifonov E.N., Harrington R.E. Sequence-dependent kinks induced in curved DNA. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1990. V. 8. P. 529−538.
  154. Koop B. Human and rodent DNA sequence comparison: a mosaic model of genomic evolution.// TIG. 1995. V. 11. N9. P. 367−371.
  155. Milanezi L., Rogozin IB Prediction of human gene structure.// In: Guide to Human Gene Computing, 2nd ed. (ed. M.J. Bishop). Academic Press. Cambrige. 1998. p. 215−259.
  156. Miller K. Sister-chromatid exchange in human B- and T-lymphocytes exposed to bleomycin, cyclophosphamide and ethyl methanesulfonate.// MutRes. 1991. V. 247. P. 175−182.
  157. Miller K., Muller W., Winkler L. et a! Mitotic disturbance associated with mosaic aneuploidies.// Hum.Genet. 1990. V. 84. P.361−364.
  158. Mori N., Okumoto M., Morimoto J. Genetic analysis of suseptibility to radiation-induced apoptosis of thymocytes in mice.// Int. J. radiatBiol. 1992. V. 62. N2. P. 153−159.
  159. Moroi Y, Hartman M, Nakane D. K, Tau E.M. Distribution of kinetochore (centromere) antigen in mammalian cell nuclei.// J. Cell. Biol. 1981. V. 90. P. 254−9.
  160. Mosgoller W., Leitch A.R., Brown J.K.M., Heslop-Harrison J.S. Chromosome arrangements in human fibroblasts at mitosis.// um. Genet. 1991. V. 88. P. 27−33.
  161. Nagae V., Miyamoto IT, Suzuki Y., Shimizu H. Effect of estrogen on induction of micronuclei by mutagenic in male mice.// Mut.Res. 1991. V. 263. P.21−26.
  162. Nagele R., Freeman T., McMorrow L., Lee Iisin-yi Precise spatial positioning of chromosomes during prometaphase: evidence for chromosome order.//Science. 1995. V.270. N5243. P.1831−1835.
  163. Nicolson G.L. Tumor cell instability, diversification and progression to the metastatic phenotype: from oncogene to oncofetal expression. // Cancer Res. 1987. V. 47. P.1473−1487.
  164. Nikolaev, L., Tsevegiyn, T., Akopov, S., Ashworth, L. and Sverdlov, E., Construction of a chromosome specific library of human MARs andmapping of matrix attachment regions on human chromosome 19.1 I Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 1330−1336.
  165. Nishi Y., Hasegawa M.M. Genetic variations in baseline and ultraviolet light induced sister chromatid exchanges in peritoneal lymphocytes among different mouse strains//Mut.Res. 1993. V. 286. P.145−154.
  166. Nci M., Takezaki N. Estimation of genetic distances and phylogenetic trees from DNA analysis.// In: Proc.5th World Congress on Genetic Applied to livestock Production. Ontario. Canada. 1994. V. 21. P.405−412.
  167. Ohno S. Linkage group conservation and the notion of 24 primordial vertebrate linkage groups.// Chromosoma today. 1984. V. 8. P.268−279.
  168. Oiler A.R., Thilly W.G. Mutational spectra in human B-cells. Spontaneous, oxygen and hydrogen peroxid-induced mutation at the hprt gene.// J.Mol.Biol. 1992. V. 228. P.812−826.
  169. Orkin S.H. Regulation of globin gene expression in erythroid cells.// Eur.J. Biochem. 1995. V. 231. P. 271−281.
  170. Ottaggio L., Bonatti S., Cavaieri Z., Abbondandolo A. Chromosomes bearing amplified genes are a preferential target of chemical inducing chromosome breakage and aneuploidy.// Mut.Res. 1993. V. 301. P.149−155.
  171. Pandita T.K., Gregoirc V., Dhingra K., Hitlelman W.N. Effect of chromosome size on aberration levels caused by gamma radiation as detected by fluorescense in situ hybridization.// Cytogenet. Cell Genet. 1994. V. 67. P.94−101.
  172. Parada R. Jaszcezak K. A cytogenetic study of cows from a highly industrial or an agricultural region.// Mut.Res. 1993. V. 300. P.259−263.
  173. Pincheria J., Gallo C., Bravo M., Navarrete M.H., Lopez-Salez J.F. G2 repair and aging: influence of donor age oil chromosomal aberrations in human lymphocytes.//MutRes. 1993. V. 295. P.55−62.
  174. Park P., De Boni U. Spatial rearrangement and enhanced clustering of kinetochores in interphase nuclei of dorsal root ganglion neurons in vitro: association with nucleolar fusion.// Experimential Cell Research. 1992. V. 203. P. 222−229.
  175. Paulson J.R. and Laemmli U. K, The structure of histone-deplcted metaphase chromosomes. //Cell. 1977. V. 12. P. 817−828.
  176. Pearlman R.E., Tsao N., Moens P.B. Synaptonemal complexes from DNase-treated rat pachytene chromosomes contain (GT)n and LINE/SINE sequences. //Genetics. 1992. V. 130. P. 865−872.
  177. Piegorsch W. W., Bailer A.J. Statistical approaches for analyzing mutational spectra: some recommendations for categorical data.// Genetics. 1994. V. 136. P. 403−416.
  178. Powell D., Cran D.G., Jennings C., Jones R. Spatial organization ofrepetitive DNA sequences in the bovine sperm nucleus.// J. Cell Science. 1990.1. V. 97. P. 185−191.
  179. Prestridge D.A. Predicting Polall promoter sequences using transcription factor binding sites. II J.Mol.Biol. 1995. V. 249. P. 923−932.
  180. Prosser J., Frommer M., Paul C., Vincent P.C. Sequence relationships of three human satellite DNAs.// J. Mol. Biol. 1986. V. 187. P. 145−155.
  181. Rabl C. Uber Zellteilung.// Morph.Jb. 1885. V. 10. P. 214−330.
  182. Rawlins D.J., Snaw P.J. Three-dimentional organization of chromosomesof C-repis capillaris by optical tomography.// J. Cell Science. 1988. V. 91. P.401.414.
  183. Ray F. A, Meyne J., Kraemer P.M. S V40 T antigen induced chromosomal changes reflect a process that is both clastogcnic and aneuploidogenie and is ongoing throughout neoplastic progression of human fibroblasts.// Mut.Res. 1992. V. 284. P. 265−273.
  184. Rattner J.B., Lin C.C. Centromere organization in chromosomes of the mouse.// Chromosoma. 1985. V. 92. P. 325−329.
  185. Ricoul M., Dutrillaux B.D. Variations of chromosome radiation sensitivity in fetal and adult mice during gestation.// MutRes. 1991.-V. 250. P.331−335.
  186. Rodin S.N., Rodin A.S. Strand asymmetry of CpG transitions as indicator of G1 phase-dependent origin of multiple tumorigenic p53 mutations in stem cells.// PNAS. 1998. V. 95. P. 11 927−11 932.
  187. Rogozin I.B., Kolchanov, N.A. Somatic hypennutagenesis in immunoglobulin genes. II. Influence of neighbouring base sequences on mutagenesis.// Biochim. Biophys. Acta. 1992. V. 1171. P. 11−18.
  188. Rogozin I. B., Sredneva N.E., Kolchanov N. A Intelligent system of mutational analysis.// In: Modelling and Computer Methods in Molecular Biology and Genetics. 1992. (Ratner, V.A. & Kolchanov, N.A. eds) pp. 6372. New York: Nova Science.
  189. Rogozin I.B., Sredneva N.E., Kolchanov, N.A. Somatic hypermutagenesis in immunoglobulin genes. III. Somatic mutations in the chicken light chain locus.//Biochim. Biophys. Acta. 1996. V. 1306. P. 171−178.
  190. Rubin A.L., Yao A., Rubin II. Relation of spontaneous transformation in cell culture to adaptive growth and clonal heterogcnity // Proc. Natl. Acad. Sci. 1990. V. 87. N1. P. 482−486.
  191. Rutherford T., Nienhuis A.W. Human globin gene promoter sequences are sufficient for specific expression of a hybrid gene transfected into tissue culture cells.// Mol. Cell. Biol. 1987. V. 7. P. 398−402.
  192. Sachs R.K., Brenner D.J., Chen A.M., Hahnfeld P., Hlatky L.R. Intra-arm and interarm chromosome intrachanges: tools for probing the geometry and dynamics of chromatin.// Radiation Research. 1997. V. 148. P. 330−340.
  193. Sachs RK, Yates BL, Tarver J, Morgan WF Modelling the formation of polycentric chromosome aberrations.// Int J Radiat Biol. 1992. V. 62. P. 449−460.
  194. Santner T.J., Duffy D.E. The statistical analysis of discrete data.// New York: Springer-Verlag. 1989.
  195. Sato S., Takizawa H., Inui N. Mouse strain differences in induction of micronuclei by base analogues and nucleosides.// Mut.Res.-1993. V. 301. P. 45−49.
  196. Sbrana J., Di Sibio A., Lomi A, C-mitosis and numerical chromosome aberration analyses in human lymphocytes: 10 known or suspected spindle poisons.//Mut.Res. 1993. V. 287. P. 57−70.
  197. Schaaper, R.M. Mechanisms of mutagenesis in the Escherichia coli mutator mutD5: Role of DNA mismatch repair.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V. 85. P. 8126−8130.
  198. Schubeler D., Mielke C., Maass K., Bode J. Matrix-attachment region act upon transcription in a context-dependent manner.// Biochemistry 1996. V. 35. P. 11.160−11 169.
  199. Seabright M. A rapid banding theehnique for human chromosomes.// Lancett. 1971. V. 2. P. 970−972.
  200. Sedlacek Z., Kodet R., Proustka A., Goetz P. A database of germline p53 mutations in cancer-prone families.//Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. N1. P. 214−215.
  201. Shadley J.D., Dai G. Evidence that the adaptive responce of human lymphocytes to ionizing radiation acts on lethal damage in nonaberrant cells.// MuLResearch. 1993. V. 301. P. 171−176.
  202. Shoeman RL, Traub P. The in vitro DNA-binding properties of purified nuclear lamin proteins and vimentin. // J. Biol. Chem. 1990. V. 265. P. 9055−61.
  203. Shlezinger, M. I. On the spontaneous image recognition.// Reading automates. Kiev: Naychnaia Misl' (in Russian). 1968.
  204. Singh G.B., Jeffrey A.K., Krawetz S.A. Mathematical model to predict regions of chromatin attachment to the nuclear matrix.// Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 1419−1425.
  205. Spilzner J.R., Chung I.K., Muller M.T. Eukariotic topoisomerase II preferentially cleaves altrenating purine-pyrimidine repeats.// Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. P. 1−11.
  206. Stormo G. D., Schneider T.D., Gold, L. Quantitative analysis of the relationship between nucleotide sequence and functional activity.// Nucleic Acids Res. 1986. V. 14. P. 6661−6679.
  207. Staden R. Method for calculating the probabilities of finding patterns in sequences.// Comput. Applic. Biosci. 1989. V. 5. P. 89−96.
  208. Straum T., Raabe O.G., Walsh K.J., Wiley L.M. Inherited effects from irradiated mouse immature oocytes detected in aggregation embrio chimeras.// MutRes. 1993. V. 287. P. 243−251.
  209. Strissel P.L., Espinosa R. Ill, Rowley J.D., Swift II. Scaffold attachment regions in centromere-associated DNA.// Chromosoma. 1996. V. 105 N2. P. 122−33.
  210. Sun J., Hendzel M.J., Davie J.R. Nuclear matrix proteins bind very tightly to specific regions of the chicken histone H5 gene.// Biochem. Cell Biol. 1992. V. 70. P. 822−829.
  211. Topal M. D., Eadie J.S., Conrad, M. O^-methylguanine mutation and repair is nonuniform.//J. Biol. Chem.1986. V. 261. P. 9879−9885.
  212. Tuan D., Solomon W., London I., Lee D. An erythroid-specific, developmental-stage-independent enhancer far upstream of the human b-like globin genes.// PNAS. 1989. V. 86. P. 2554−2556.
  213. Venna R.S., Thomas S., Coleman M., Silver R.T. Spatial relationship ofchromosomes 9 and 22 at metaphase in patients with chronic myelogenousleukemia (CML).//Int.J.Cancer. 1988. V. 41. P. 829−831.
  214. Vogt P. Potential genetic functions of tandem repeated DNA sequence blocks in the human genome are based on a highly conserved «chromatin folding code».// Hum. Genet. 1990. V. 84. P. 301−336.
  215. Vogt P. Code domains in tandem repetitive DNA sequence structures.// Chromosoma. 1992. V. 101. P. 585−589.
  216. Walker J. A., Boreham D.R., Unrau P., Duncan A.M. Chromosome content and ultrastmcture of radiation-induced micronuclei.// Mutagenesis. 1996. V. 11. P. 419−424.
  217. Walter W. R., Singh G. B., Krawetz S.A. MARs mission update.// Biochem. Biophys. Res. Com. 1998. V. 242. P. 419−422.
  218. WarcLAJ., Olive P.L., Buit ATI., Rosin M.P. A sensitivity to oxidative stress is linked to chromosome 11 but is not due a difference in single strand DNA breakage or repair.// Mut.Res. 1993. V. 294. P.299−308.
  219. Waye J.S., W il lard H.F. Human satellite DNA: genomic organization and sequence definition of a class of highly repetitive tandem DNA.// PNAS. 1989. V. 86. P. 6250−6254.
  220. Wijgerde M., Grosveld F., Fraser P. Transcription complex stability and chromatin dynamics in vivo.//Nature. 1995. V. 377. N. 6546. P. 209−213.
  221. Willard H.F. Waye J.S. Hierarchical order in chromosome-specific human alpha satellite DNA// Trends Genet. 1987. V. 3. P. 192−198.
  222. Williams J.G.K., Kubelik A.R., Levak K.J., Rafalski J.A., Tingcy S.V. DNA polymorphism amplification by arbitrary primers are primers are useful as genetic markers.// Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. P. 65 316 535.
  223. Wolf G., Quednau H.-D. The arrangement of Pisum chromosomes in interphase.//Genome. 1988. V. 30. P. 712−722.
  224. Wood R.D., Skopek. T.R., Hutchinson F. Changes in DNA base sequence induced by targeted mutagenesis of lambda phage by ultraviolet light.// J. Mol. Biol. 1984. V. 173. P. 273−291.
  225. Wu R.C., Schonthal ATI. Activation of p53-p21wafl pathway in response to disruption of cell-matrix interactions.// J.Biol.Chem. 1997. V. 272. N46. P. 29 091−29 098.
  226. Wuttke K., Streffer C., Muller W.-U. Radiation induced micronuclei in subpopulations of human lymphocytes.// Mut.Res. 1993. V. 286. P. 181−188.
  227. Zhang S. Centromere spreading and out-of-phase chromatid separation in Burkitt’s lymphoma and nasopharyngeal carcinoma.// Cancer Genet.Cytogenet. 1986. V. 23. P. 211−217.
  228. Zhang J., Nei M. Evolution of Antennapedia-class homeobox genes.// Genetics. 1996. V.142. P.259−303.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!