Квантово-химическое кластерное моделирование процесса взаимодействия сероводорода с компонентами поверхности биологической мембраны
Диссертация
А4. Жарких Л. И. Математическое моделирование процесса адсорбции сероводорода на углеводный компонент клеточной мембраны / Л. И. Жарких, Н. М. Алыков, К. П. Пащенко //Фундаментальные и прикладные проблемы современной химии в исследованиях молодых ученых: Материалы Международной науч. конф. 10−12 сентября 2006 г. — Астрахань: Издательский дом «Астраханский университет», — 2006. — С. 205−207… Читать ещё >
Список литературы
- Бейдер Р. Атомы в молекулах: Квантовая теория. — Пер. с англ. — М.: Мир, 2001. 532с., ил. — (Теоретические основы химии)
- Бурштейн К.Я. Квантово-химические расчеты в органической химии и молекулярной спектроскопии/ К. Я. Бурштейн, П. П. Шорыгин. — М.: Наука, 1989.- 104 с.
- Попл Дж.А. Квантово-химические модели. // УФН, 2002. — Т. 172, № 3. -С.349−356.
- Кон В. Электронная структура вещества волновые функции и функционалы плотности. // УФН, 2002. — Т. 172, № 3. — С.336−348.
- Апостолова Е.С. Квантово-химическое описание реакций / Апостолова Е. С., Михайлюк А. И., Цирельсон В. Г. М: РХТУ, 1999. — 61 с.
- Цирельсон В.Г. Квантовая химия молекулы / Цирельсон В. Г., Бобров М. Ф. М: РХТУ, 2000. — 110с.
- Заградник Р. Основы квантовой химии / Заградник Р., Полак Р. — М: Мир, 1979.
- Марелл Дж. Химическая связь / Марелл Дж., Кеттл С., Теддер Дж. — М: Мир, 1980.
- К.С. Краснов. Строение молекул и химическая связь. — М: Высшая школа, 1985.
- Минкин В.И. Теория строения молекул / Минкин В. И., Симкин Б. Я., Миняев P.M. (Серия «Учебники и учебные пособия»). — Ростов-на-Дону: Феникс, 1997 — 560 с.
- Степанов Н.Ф. Квантовая механика и квантовая химия. — М.: Мир, 2001.-519с.
- Эпштейн С. Вариационный метод в квантовой химии. — М.: Мир, 1977, 362 с.
- Кларк Т. Компьютерная химия. Пер. с англ. — М.: Мир, 1990. — 383 е., ил.
- Алыков Н.М. Метод молекулярных орбиталей в приближении Хюккеля. Астрахань: ЦНТИ, 1989 — 42 с.
- Алыков Н.М. Квантовохимическое моделирование реакций получения химически модифицированных кремнеземов / Алыков Н. М., Пащенко К. П. // Изв. вузов. Химия и хим. технология. 2003. — Т.46, № 6. — С.35 -39.
- Алыкова Т.В. Моделирование механизмов адсорбции ряда органических веществ на алюмосиликатах / Алыкова Т. В., Алыков Н. М., Пащенко К. П., Воронин И. И., Алыков H.H. // Изв. вузов. Химия и хим. технология. 2003. Т.46, № 6. — С.31 — 34.
- Соловьев М.Е. Компьютерная химия / Соловьев М. Е., Соловьев М. М. М.: СОЛОН — Пресс, 2005. — 536 с.
- Hehre W.J., Radom L., Schleyer v. R. P., Pople J.A. Ab Initio Molecular Orbital Theory. Wiley: N.Y., 1986.
- Stewart J.J.P. Optimization of Parameters for Semiempirical Methods / Stewart J. J.P. //J. Comput. Chem. 1989. -V. 10, № 2. P. 209−220.
- Эванз У.Г. Биологические мембраны. Методы. пер. с англ. / Эванз У. Г., Море Д. Д., О' Брайтман Э., Санделиус A.C. и др.- под ред. Дж. Б. Финделя, У. Г. Эванза. — М.: Мир, 1990. — 424 е., ил.
- Овчинников Ю.А. Биоорганическая химия. М.: Просвещение, 1987. -815с.: ил.
- Morre DJ., Gripshover В., Boss W.L., Tuite P.J. Annals of the Phytochemistry Society of Europe. Clarendon Press: Oxford, 1984. — Vol. 64.-p.247.
- Larsson C. Modern Methods of Plant Analysis, New Series. Linskins H.F., Jackson J.F. (eds.) Springer-Verlag: Berlin/Heidelberg, 1985. — Vol. 1. -p. 85.
- Morre D.J., Lern N.W., Sandelius A.S. Structure, Function and Metabolism of Plant Lipids. Siegenthaler P. S., Eichenberger W. (eds.) — Elsevier Science: Amsterdam, 1984. — p. 325.
- Bowles D.J., Quail P.H., Morre D.J., Hartman G.C. Plant Organelles. Methodological Surveys Biochemistry. Reid E. (ed.) — Ellis Horwood: Chichester, 1979. — Vol. 9. — p. 207.
- Morre D.J., Yunghans W.V., Vigil E.L., Keenan T.W. Methodological Developments in Biochemistry. Subcellular Studies. Reid E. (ed.) -Longman: London, 1974. — Vol. 4. — p. 195.
- Leigh R.A., Branton D., Marty F. Plant Organelles, Methodological Surveys Biochemistry. Reid E. (ed.) — Ellis Horwood: Chichester, 1979. — p. 69.
- Wagner C.R. In: Isolation of Membranes and Organelles from Plant Cells. -Hall J.L., Moore A.L. (eds.) Academic Press: New York / London, 1983. -p. 83.
- Matile P. The Lytic Compartment of Plant Cells. Springer-Verlag: Vienna/ New York, 1975.
- Moore A.L., Proudlove M.O. Isolation of Membranes and Orga-nelles from Plant Cells. Hall J.L., Moore A.L. (eds.) — Academic Press: New York / London, 1983.-p. 153.
- Jackson J.F., Moore A.L. Plant Organelles, Methodological Surveys Biochemistry. Reid E. (ed.) — Ellis Horwood: Chichester, 1979. — Vol 9, p. 35.
- Lord J.M. Isolation of Membranes and Orga-nelles from Plant Cells. — Hall J.L., Moore A.L. (eds.) Academic Press: New York / London, 1983. — p. 119.
- Douce R., Joyard J. Methods in Chloroplast Molecular Biology. Edelman M., Hallick R., Chua H.H., (eds.) — Elsevier: Amsterdam, New York, 1982. -p. 239.
- Бриттон Г. Биохимия природных пигментов / Г. Бриттон. Пер. с англ. — М.: Мир, 1986.-422с.
- Гринштейн Дж. Химия аминокислот и пептидов / Гринштейн Дж., Виниц M. М.: Мир, 1965. — гл. 6.
- Тимашев С.Ф. Физикохимия мембранных процессов. М.: Химия, 1988.-238с.
- Хубер Р. Перенос энергии в биологических структурах / Р. Хубер. М.: Мир Знание, 1990.-48с.
- Алыкова Т.В. Расчеты моделей адсорбционных комплексов молекул ароматических соединений с активными центрами поверхности кремнезема и алюмосиликатов / Алыкова Т. В., Пащенко К. П. // Изв. вузов. Химия и хим. технология, 2004. -Т.47, № 2. С. 114−118.
- Берсукер И.Б. Электронное строение и свойства координационных соединений: Введение в теорию. Л.: Химия, 1986. — 288с.
- Бете Г. Квантовая механика.-М.: Мир, 1965.-336с.
- Гиллеспи Р. Геометрия молекул. М.: Мир, 1975. — 278с.
- Гиллеспи Р. Модель отталкивания электронных пар валентной оболочки и строение молекул / Гиллеспи Р., Харгиттаи И. М.: Мир, 1992.-296с.
- Губанов В.А. Полуэмпирические методы молекулярных орбиталей в квантовой химии / Губанов В. А., Жуков В. П., Литинский А. О. М.: Наука, 1976.-219с.
- Дмитриев И.С. Молекулы без химических связей. JL: Химия, 1980. -160с.
- Дмитриев И.С. Электрон глазами химика. JL: Химия, 1983. — 232с.
- Дункен X. Квантовая химия адсорбции на поверхности твердых тел / Дункен X., Лыгин В. М.: Мир, 1980. — 288с.
- Дьюар М. Теория молекулярных орбиталей в органической химии. -М.: Мир, 1972.-594с.
- Жидомиров Г. М. Прикладная квантовая химия. Расчеты реакционной способности и механизмов химических реакций / Жидомиров Г. М., Багатурьянц A.A., Абронин И. А. М.: Химия, 1979. — 296с.
- Мембраны. Ионные каналы / Под ред. Ю. А. Чизмаджева. М.: Мир, 1981.
- Hjelmeland L.M., Chrambach A. Methods in Enzymology Jakoby W.B. (ed.) — Academic Press: New York and London, 1984. — Vol. 104. — p.305.
- Reynolds J.A. Lipid Protein Interactions / Jost P.C., Griffith O.H. (eds.) -Wiley: New York, 1982. — Vol. 2 — p. 193.
- Makerjee P., Mysels K. J. (1971). Critical Micelle Concentration in Aqueous Surfactant Systems (National Bureau of Standards, NSRDS-NBS 36. Natl, Bur. Stds.). — Washington DC, 1971.
- Miller J.N. Standards in Fluorescence Spectrometry. Ckapman and Hall, London, 1981.
- Barber J. Interactions in Energy Transfer Biomembranes / Papa-georgiou G. C., Barber J., Papa S. (eds.), Plenum Press, London, 1986. p. 15.
- Ashley C.C. Detection and Measurement of Free Ca2+ in Cells / Ashley
- C.C., Campbell A.K. Elsevier/North Holland, Amsterdam, 1979.
- Hames B.D. Gel Electrophoresis of Proteins A Practical Approach / Hames B.D. (ed.) — IRL Press: Oxford and Washington, 1981. — p. 1.
- Pilz I. Physical Principles and Techniques of Protein Chemistry / Part C, Leach S.J. (ed.)-Academic Press: New York and London, 1973. p. 141.
- Amey R. L., Chapman D. Biomembrane Structure and Function. Chapman
- D. (ed.) Verlag Chemie: Weinheim, 1984.-p.199.
- Axelrod D. (1985). In: Spectroscopy and the Dynamics of Molecular Biological Systems. Bayley P. M, Dale R. E. (eds.) — Academic Press, New York, 1985-p. 163.
- Карапетьянц M.X. Строение вещества / Карапетьянц M.X., Дракин С.И.- M.: Высшая школа, 1978. 304с.
- Маррел Дж. Химическая связь / Маррел Дж., Кеттл С., Теддер Дж. -М.: Мир, 1980.-386с.
- Минкин В.И. Квантовая химия органических соединений. Механизмы реакций / Минкин В. И., Симкин Б. Я., Миняев P.M. М.: Химия, 1986.- 248с.
- Новосадов Б.К. Методы решения уравнений квантовой химии: Основы теории молекулярных орбиталей. М.: Наука, 1988. — 184с.
- Полуэмпирические методы расчета электронной структуры. В 2-х томах / Под ред. Дж. Сигала. М.: Мир, 1980.
- Хигаси К. Квантовая органическая химия / Хигаси К., Баба X., Рембаум А. -М.: Мир, 1967.-380с.
- К. Эберт. Компьютеры. Применение в химии / К. Эберт, X Эдерер. -М.: Мир.- 1988.-416 с.
- Жидомиров Г. М. Кластерное приближение в квантово-химических исследованиях хемосорбции и поверхностных структур / Жидомиров Г. М., Михейкин И. Д. // Итоги науки. Строение молекул и хим. связь. 1984.- T. 9.-С.1 -21.
- Немухин A.B. Компьютерное моделирование в химии // Соровский Образовательный Журнал. 1996. — № 6. — С.58 — 64.
- Витковская Н.М. Метод молекулярных орбиталей: Основные идеи и важные следствия // Соровский Образовательный Журнал. 1998. -№ 6. -С.48−52.
- Martell А. E., Calvin M., Chemistry of Metal Chelate Compounds. -Prentice-Hall: New York, 1962.
- Nakamoto К., McCarthy P. I., Spectroscopy and Structure of Metal Chelate Compounds. Wiley: New York, 1968.
- Brill A. S., Martin R. В., Williams R. J. P., in B. Pullman (ed.), Electronic Aspects of Biochemistry. Academic Press: New York, 1964. — p.519.
- Rossotti F, J. C., in J. Lewis, R. G. Wilkins (eds.). Modern Coordination Chemistry, Interscience. New York, 1960. — p.57.
- Nakamoto K., Infra-Red Spectra of Inorganic and Coordination Compounds, 2nd edn. Wiley-Interscience: New York, 1970. — p.222.
- Tomita A,. Hirai H., Makishima S., Hemmerich P. in J. Peisach, P. Aisen, W. E. Blumberg (eds.). The Biochemistry of Copper. Academic Press: New York, 1966.-p. 15.
- Kotani M., Morimoto H., in A. Ehrenberg, B. G. Malmstrom, T. Vanngard (eds.). Magnetic Resonance in Biological Systems. Pergamon Press, New York, 1967.-p.135.
- Sheard В., Bradbury E. M., in J. A. V. Butler, D. Noble (eds.). Progress in Biophysics and Molecular Biology. Pergamon Press: New York, 1970. -p. 189.
- Cohn M., in A. Ehrenberg, B. G. Malmstrom, T. Vanngard (eds.). Magnetic Resonance in Biological Systems. Pergamon Press: New York, 1967. -p.101.
- Palmer G., Brintzinger H., in M. Klingenberg, Т. E. King (eds.). Treatise on Electron and Coupled Energy Transfer in Biological Systems. — 1970.
- Dennard A E., Williams R. I. P. Transition Metal Chemistry. Series Advances. — Marcel Dekker: New York, 1966. — Vol. 2. — p. 115.
- Ambler R. P., in S. P. Colowick, N. 0. Kaplan (eds.). Methods in Enzymolo-gy. — Academic Press: New York, 1967. — Vol. 11. -p.436.
- Дженкс В. Катализ в химии и энзимологии. М.: Мир, 1972.
- Lumry R., in P. D. Boyer, H. Lardy, K. Myrback (eds.). The Enzymes, 2nd edn. Academic Press: New York, 1959. — Vol. 1. — p. 157.
- Jencks W. P., in N. O. Kaplan, E. P. Kennedy (eds.). Current Aspects of Biochemical Energetics. Academic Press: New York, 1966. — p. 273.
- Полуэмпирические методы расчета электронной стуктуры. — (Под ред. Дж. Сегала). М.: Мир, 1980. — 698с.
- Волькенштейн М.В., Ельяшевич М. А., Степанов Б. И. Колебания молекул.-М., 1949.
- Fogarasi G., Pulay P. Vibrational Spectra and Structure / Ed. J.R. Durig. Elsevier: Amsterdam, 1985. 14. — P. 125.
- Grigorenko B.L., Moskovsky A.A., Nemukhin A.V. // J. Chem. Phys., 1999. 111.-P.4442.
- Grigorenko B.L., Moskovsky A.A., Nemukhin A.V. // J. Molec. Struct. (Theochem), 2000. 498. — P.47.
- Богдан T.B., Грановский А. А., Немухин A.B. // Вестн. Моск. ун-та. — Сер. 2. Химия, 2000. — 41. — С.98.
- Moskovsky А.А., Grigorenko B.L., Granovsky A.A., Nemukhin A.V. // Russ. J. Phys. Chem., 2000. 74. — P.228.
- Moskovsky A.A., Nemukhin A.V. // J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999. 39. -P.370.
- Шабатина A.B., Немухин A.B. // Вестн. Моск. ун-та. — Сер. 2. — Химия, 2000.-41.-С.160.
- Nemukhin A.V., Granovsky A.A., Firsov D.A. // Mendeleev Comm., 1999. -№ 6.-Р.215.
- Немухин А.В., Тогонидзе В. В., Ковба В. М., Орлов Р. Ю. // Журн. структурн. химии, 1998. 39. — С.460.
- Шабатина А.В., Немухин А. В. // Вестн. Моск. ун-та. Сер. 2. — Химия, 1999.-40.-С.147.
- Новаковская Ю.В., Степанов Н. Ф. // ЖФХ, 2000. 74. — С.71.
- Ozhegova N.V., Nemukhin A.V., Shabatina T.I., Sergeev G.B. //Mendeleev Comm., 1998. -№ 6. -P.218.
- Поликарпов E.B., Шабатина Т. И., Сергеев Г. Б., Немухин А. В. // Вестн. Моск. ун-та. Сер.2. — Химия, 2000. — 41. — С.283.
- Shabatina T.I., Vovk E.V., Ozhegova N.V., Morosov Y.N., Nemukhin A.V., Sergeev G.B. // Materials Science and Engineering, 1999. 8−9. — P. 53.
- Sergeev G.B., Shabatina T.I., Solov’ev V.N., Nemukhin A.V. // Spectrochimica Acta, Part A, 2000. 56. — P.2527.
- Шайтан K.B., Немухин A.B., Фирсов Д. А., Богдан Т. В., Тополь И. А. // Молек. биол. 1997. — 31. — С. 108.
- Немухин А.В. // ЖФХ. 1995. — 69. — С.889.
- Nemukhin A. V, Weinhold F. // J. Chem. Phys. 1992. — 97. — P. 1095.
- Nemukhin A.V., Weinhold F. //J. Chem. Phys. 1993. — 98. — P. 1329.
- Немухин А. В, Колесников И. М, Винокуров В. А. // ЖФХ. 1996. — 70. -С.285.
- Nemukhin A. V, Kolesnikov I. M, Vinokurov V.A. // Mendeleev Comm. -1994.-№ 4.-P. 144.
- Beregovaya I. V, Schchegoleva L.N. // Chem. Phys. Lett. 2001. — 348. -P.501.
- Gauss J, Stanton J.F. //J. Phys. Chem. A. -2000. 104. — P.2865.
- Panchenko Yu.N.// J. Mol. Struct. -2001, — 567.568. P.217.
- Panchenko Yu. N, De Mare G. R, Stepanov N.F. // Russ. J. Phys.Chem. -2000. 74. — Suppl. 2. — P.245.
- Kochikov I. V, Tarasov Yu. I, Spiridonov V. P, Kuramshina G. M, Saakjan A. S, Yagola A.G. // J. Mol. Struct. 2000. — 550.551. — P.429.
- Panchenko Yu. N, De Mare G. R, Aroca R, Bock Ch.W. // Struct Chem. -2000.-11.-P.121.
- Panchenko Yu. N, Vander Auwera J, Moussaoui Ya, De Магё G.R. // Struct Chem. 2003. — 14. — P.337.
- Bataev V.A., Dolgov E.K., Abramenkov A.V., Pupyshev V.l., Godunov I.A. // Intern. J. Quant. Chem. 2002. — 88. — P.414.
- Годунов И.А., Батаев B.A., Яковлев H.H., Пупышев В. И. // ЖФХ.2002.-76.-С.1912.
- Долгов Е.К., Батаев В. А., Годунов И. А. // ЖФХ. 2000. — 74. — С.94.
- Nemukhin A.V. Grigorenko B.L., Topol I.A., Burt S.K. // J. Phys. Chem. В. -2003.- 107.-P.2958.
- Nemukhin A.V., Grigorenko B.L., Topol I.A., Burt S, K. //J. Comp. Chem.2003.-24.-P.1410.
- Волькенштейн M.B. Колебания молекул / Волькенштейн M.В., Грибов Л. А., Ельяшевич М. А., Степанов Б. И. М.: Наука, 1972. — 700с.
- Ельяшевич М.А. Атомная и молекулярная спектроскопия. М.: ГИФМЛ, 1962.-891с.
- Вильсон Е., Дешиус Дж., Кросс П. Теория колебательных спектров молекул. М.: ИЛ, 1960. — 354с.
- Маянц Л.С. Теория и расчет колебаний молекул. М.: Изд. АН СССР, 1960.-526с.
- Герцберг Г. Колебательные и вращательные спектры многоатомных молекул. М.: ИЛ, 1949. — 647с.