Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Новый TRITHORAX-ассоциированный регуляторный элемент в промоторной области гена fork head в Drosophila melanogaster

Диссертация: Новый TRITHORAX-ассоциированный регуляторный элемент в промоторной области гена fork head в Drosophila melanogaster
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Иммунопреципитация хроматина. Обзор литературы1. 1. Гипотеза «гистонового кода"1. 1. 1. Ацетилирование. Генетические методы. 2. Установление транскрипционной памяти. Получение конструкции «mini-jkh «. Положение локального пика обогащения в фракции S/MAR совпадает с положением TRE гена Ubx. 2. Роль некодирующей РНК в функционировании PcG/TrxG-завиеимой системы регуляции активности генов 45 1.2.4… Читать ещё >

Новый TRITHORAX-ассоциированный регуляторный элемент в промоторной области гена fork head в Drosophila melanogaster (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • Список сокращений
  • 1. Обзор литературы
    • 1. 1. Гипотеза «гистонового кода»
      • 1. 1. 1. Ацетилирование
      • 1. 1. 2. Фосфорилирование
      • 1. 1. 3. Метилирование аргинина
      • 1. 1. 4. Метилирование лизина
      • 1. 1. 5. Убиквитинилирование
    • 1. 2. Поддержание тканеспецифической экспрессии генов белками групп триторакса и поликомба
      • 1. 2. 1. Функции и энзиматические активности белков групп поликомба и триторакса
        • 1. 2. 1. 1. Белки группы поликомба и их биохимические активности
        • 1. 2. 1. 2. Белки группы триторакса и их биохимические активности
      • 1. 2. 2. Регуляторные хромосомные элементы, посредством которых осуществляют свою функцию белки групп поликомба и триторакса
        • 1. 2. 2. 1. Особенности строения PRE/TRE
        • 1. 2. 2. 2. Установление транскрипционной памяти
        • 1. 2. 2. 3. Сохранение информации о транскрипционном статусе. Роль «гистонового кода» в этом процессе
        • 1. 2. 2. 4. Переключение транскрипционного статуса гомеотических генов
      • 1. 2. 3. Механизмы действия системы поддержания транскрипционной памяти 42 1.2.3.1. Распространение сигнала вдоль хроматина или выпетливание?

      1.2.3.2. Роль некодирующей РНК в функционировании PcG/TrxG-завиеимой системы регуляции активности генов 45 1.2.4. MLL-ассоциированная система поддержания тканеспецифической транскрипции генов млекопитающих

      1.2.4.1. Функции MLL — гомолога trx млекопитающих

      1.2.4.2. MLL1 и его связь с канцерогенезом 49 Постановка задачи

      2. Материалы и методы

      2.1. Материалы

      2.1.1. Используемое оборудование

      2.1.2. Реактивы

      2.1.3. Стоковые растворы.

      2.1.4. Антитела.

      2.1.5. Используемые ферменты

      2.1.6. Фирменные наборы реактивов

      2.1.7. Используемые в работе праймеры

      2.2. Методы

      2.2.1. Энзиматические реакции

      2.2.2. Стандартные методы

      2.2.3. Выделение ДНК плазмид методом щелочного лизиса.

      2.2.4. Выделение геномной ДНК из мух D. melanogaster

      2.2.5. Выделение слюнных желез из личинок D. melanogaster

      2.2.6. Формальдегидная сшивка

      2.2.7. Иммунопреципитация хроматина

      2.2.8. Лигирование ДНК с адаптерами

      2.2.9. Амплификация с праймерами к адаптерам

      2.2.10. «Перекрёстная» и гибридизация

      2.2.11. Саузерн блот-гибридизация

      2.2.12. ПЦР с радиоактивной меткой

      2.2.13. Молекулярное клонирование.

      2.2.14. Генетические методы

      2.2.15. Получение конструкции «mini-jkh «

      2.2.16. Определение положения конструкции в геноме методом инвертированного ПЦР

      2.2.17. Иммунное окрашивание политенных хромосом

      2.2.18. ПЦР в реальном времени

      2.2.19. Выделение S/MAR из слюнных желез личинок D. melanogaster

      3. Результаты исследований.

      3.1. Иммунопреципитационное картирование TRX-ассоциированных элементов хроматина в промоторной области гена jkh в клетках слюнных желёз D. melanogaster

      3.1.1. Выявление участков хроматина, непосредственно взаимодействующих с TRX

      3.1.2. Иммуннопреципитация с антителами к ASH1 и TRX выявляет схожие районы обогащения

      3.2. Исследование функциональной значимости гипотетических TRE in vivo при помощи трансгенных конструкций

      3.2.1. Трансгенной конструкции mini-jkh, включающей энхансер слюнных желёз, гипотетические TRE и район промотора, достаточно для связывания TRX in vivo

      3.2.2. Фрагмент FKH3−4 принципиально важен для связывания TRX in vivo

      3.2.3. Фрагмент FKH3−4 принципиально важен для поддержания высокого уровня транскрипции трансгенной РНК mini-jkh

      3.3. Анализ распределения модифицированных гистонов в промоторной области гена jkh

      3.4. Демонстрация колокализации TRE с элементами хроматина, ассоциированными со структурами ядерного скелета.

      3.4.1. Положение локального пика фракции S/MAR обогащения в расширенной промоторной области нега Jkh совпадает с положением выявленного TRE генаJkh

      3.4.2. Положение локального пика обогащения в фракции S/MAR совпадает с положением TRE гена Ubx

      4. Обсуждение результатов.

      5. Выводы

Недавние исследования на дрозофиле и млекопитающих убедительно продемонстрировали, что продукты двух групп генов, позитивные регуляторы группы триторакса (trxG) ипегативные регуляторы группы поликомба (PcG), являются ключевыми компонентамизапрограммированного в геноме механизма поддержания дифференцированного состоянияклеток (Ringrose et al, 2007; Schwartz et al, 2007). Эти белки предотвращают изменениятранскрипционной программы, характерной для данного типа клеток, через взаимодействиесо специфическими регуляторными цис-элементами, называемыми PRE/TRE («Polycomb/trithoraxresponse elements»). Предполагается, что наличие PRE/TRE характерно для оченьмногих, если не всех, регуляторных генов, связанных с процессом дифферен-цировки. Этиэлементы отвечают за поддержание экспрессиониого статуса конкретного гена-мишени, хотяиногда они могут находиться достаточно далеко от его промоторной области. Изучениепринципиальных особенностей самих PRE^RE, деталей механизма их узнаваниябелковыми комплексами и последующего распространения специфического воздействия наэкспрессию гена является крайне актуальной задачей для ученых, работающих в самыхразличных областях биологии и медицины: от изучения структуры и функционированиягенома, исследования механизмов поддержания плюрипотентности стволовых клеток иклеточной дифференцировки до выявления причин различных нарушений, ведущих к серьезным заболеваниям, таким как, например, раковые заболевания. Об актуальности даннойтематики говорит также заметное увеличение в последние годы количества публикаций, посвященных этой проблеме, PcG/TrxG-зависимая система регуляции активности гомеотических генов являетсяочень консервативной в процессе эволюции. Практически для всех генов PcG и TrxGдрозофилы существуют гомологичные гены у млекопитающих, мутации в которых либокритичны для развития организма, либо напрямую ассоциированы с возникновением рака. Поэтому изучение функционирования белков PcG и TrxG, как гомологов системы10поддержания транскрипционной памяти млекопитающих, помимо фундаментального, можетиметь ещё и прикладное значение. Предполагается, что TRE и PRE в данном гене в значительной степени колокализуются и функционируют взаимоисключающе, в зависимости от типа клетки. Однако, приболее тонком картировании было показано, что эти элементы не идентичны. Так, в дистальной промоторной области гена Ubx дрозофилы удалось разделить последовательности субэлементов, необходимых для формирования TRE, от расположенных по-соседству субэлементов PRE (ГИИЬ et al, 1999). Подобные работы с акцентом на исследование именноTRE довольно редки, несмотря на их актуальность. Таким образом, ввиду недостаткаинформации, трудно вьивить общие черты TRE и, соответсвенно, лучше понять принципыих функционирования, которые до сих пор остаются невыясненными. С целью более точнолокализовать и охарактеризовать ещё один новый TRE и была предпринята данная работа.

4. ВЫВОДЫ.

1. Проведено иммуннопреципитационное картирование TRX-ассоциированных регулятор-ных элементов в промоторной области гена fork head длиной 8.7 т.п.н. в клетках слюнных желёз третьей личиночной стадии D. melanogaster, по результатам которого выявлены один мажорный и один менее выраженный районы потенциального связывания с белком TRX.

2. В экспериментах in vivo на трансгенных линиях мух показано, что только один из выявленных элементов, обогащавшийся в значительно большей степени, принципиально важен как для связывания белка TRX на политениых хромосомах, так и для транскрипции «mini-fkh» РНК в составе конструкции в секреторных клетках слюнных желез личинки дрозофилы.

3. Показано значительное обогащение промоторной области гена fkh модифицированными гистонами НЗК4шеЗ и ацетилированными гистонами в случае активного состояния гена в клетках слюнных желёз личинки дрозофилы, и отсутствие подобного обогащения в случае репрессированного состояния гена в клетках культуры S2. Показано преимущественное обогащение данными модифицированными гистонами района TRE и некоторое обогащение НЗК4шеЗ в районе промотора в клетках слюнных желёз.

4. Продемонстрировано на примере известного ранее TRE из гена Ubx и описанного в данной работе нового TRE из гена fkh, что TRE в активном гене может колокализоваться с хромосомными элементами, ассоциированными со структурами ядерного скелета.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Agalioti, Т., Chen, G., Thanos D. (2002). Deciphering the transcriptional histone acetylation code for a human gene. Cell 111, 381−92.
  2. Bae, E., Calhoun, С., V., Levine, M., Lewis, В., E., Drewell A., R. (2002). Characterization of the intergenic RNA profile at abdominal-A and Abdominal-B in the Drosophila bithorax complex. Proc Natl Acad Sci USA 99,16 847−52.
  3. Bantignies, F., Goodman, H., R., Smolik M., S. (2000). Functional interaction between the coactivator Drosophila CREB-binding protein and ASH1, a member of the trithorax group of chromatin modifiers. Mol Cell Biol 20,9317−30.
  4. Bantignies, F., Grimaud, C., Lavrov, S., Gabut, M., Cavalli G. (2003). Inheritance of Polycomb-dependent chromosomal interactions in Drosophila. Genes Dev 17,2406−20.
  5. Beisel, C., Buness, A., Roustan-Espinosa, M., I., Koch, В., Schmitt, S. et al. (2007). Comparing active and repressed expression states of genes controlled by the Polycomb/Trithorax group proteins. Proc Natl Acad Sci USA 104,16 615−20.
  6. Beisel, C., Imhof, A., Greene, J., Kremmer, E. and Sauer, F. (2002). Histone methylation by the Drosophila epigenetic transcriptional regulator Ashl. Nature 419, 857−62.
  7. Berger L., S. (2002). Histone modifications in transcriptional regulation. Curr Opin Genet Dev 12,142−8.
  8. Bhaumik, R., S., Green R., M. (2001). SAGA is an essential in vivo target of the yeast acidic activator Gal4p. Genes Dev 15,1935−45.
  9. Birkc, M., Schreiner, S., Garcia-Cuellar, P., M., Mahr, K., Titgemeyer, F. et al. (2002). The MT domain of the proto-oncoprotein MLL binds to CpG-containing DNA and discriminates against methylation. Nucleic Acids Res 30,958−65.
  10. Bloyer, S., Cavalli, G., Brock, W., H., Dura M., J. (2003). Identification and characterization of polyhomeotic PREs and TREs. Dev Biol 261,426−42.
  11. Breiling, A., Bonte, E., Ferrari, S., Becker, В., P., Paro R. (1999). The Drosophila polycomb protein interacts with nucleosomal core particles In vitro via its repression domain. Mol Cell Bio, 19,8451−60.
  12. Breiling, A., Sessa, L., Orlando V. (2007). Biology of polycomb and trithorax group proteins. Inl Rev Cytol 258, 83−136.
  13. Breiling, A., Turner, M., В., Bianchi, E., M., Orlando V. (2001). General transcription factors bind promoters repressed by Polycomb group proteins. Nature 412,651−5.
  14. Brickman, M., J., Adam, M., Ptashne M. (1999). Interactions between an HMG-1 protein and members of the Rel family. Proc Natl Acad Sci USA 96,10 679−83.
  15. Brock, W., H., Lohuizen, v. M. (2001). The Polycomb group-no longer an exclusive club? Curr Opin Genet Dev 11,175−81.
  16. Brotherton, Т., Zenk, D., Kahanic, S., Reneker J. (1991). Avian nuclear matrix proteins bind very tightly to cellular DNA of the beta-globin gene enhancer in a tissue-specific fashion. Biochemistry 30, 5845−50.
  17. Brown, E., C., Howe, L., Sousa, K., Alley, C., S., Carrozza, J., M. et al. (2001). Recruitment of HAT complexes by direct activator interactions with the ATM-related Tral subunit. Science 292,2333−7.
  18. Brown, L., J., Fritsch, C., Mueller, J., Kassis A., J. (2003). The Drosophila pho-like gene encodes a YY1-related DNA binding protein that is redundant with pleiohomeotic in homeotic gene silencing. Development 130,285−94.
  19. Brown, L., J., Mucci, D., Whiteley, M., Dirksen, L., M., Kassis A., J. (1998). The Drosophila Polycomb group gene pleiohomeotic encodes a DNA binding protein with homology to the transcription factor YY1. Mol Cell 1,1057−64.
  20. Buchenau, P., Hodgson, J., Strutt, H., Arndt-Jovin J., D. (1998). The distribution of polycomb-group proteins during cell division and development in Drosophila embryos: impact on models for silencing. J Cell Biol 141,469−81.
  21. Canaani, E., Nakamura, Т., Rozovskaia, Т., Smith, Т., S., Mori, T. et al. (2004). ALL-1/MLL1, a homologue of Drosophila TRITHORAX, modifies chromatin and is directly involved in infant acute leukaemia. Br J Cancer 90,756−60.
  22. Cao, R., Wang, L., Wang, H., Xia, L., Erdjument-Bromage, H. et al. (2002). Role of histone H3 lysine 27 methylation in Polycomb-group silencing. Science 298,1039−43.
  23. Cao, R., Zhang Y. (2004). The functions of E (Z)/EZH2-mediated methylation of lysine 27 in histone H3. Curr Opin Genet Dev 14,155−64.
  24. , G., Paro R. (1999). Epigenetic inheritance of active chromatin after removal of the main transactivator. Science 286,955−8.
  25. Chan, S., C., RastcIIi, L., Pirrotta V. (1994). A Polycomb response element in the Ubx gene that determines an epigenetically inherited state of repression. Embo J13,2553−64.
  26. Chernov, P., I., Akopov, В., S., Nikolaev G., L. (2004). Structure and function of nuclear matrix associated regions (S/MARs). BioorgKhim 30,3−14.
  27. Conaway, C., R., Brower, S., C., Conaway W., J. (2002). Emerging roles of ubiquitin in transcription regulation. Science 296,1254−8.
  28. Czermin, В., Melfi, R., McCabe, D., Seitz, V., Imhof, A. et al. (2002). Drosophila enhancer of Zeste/ESC complexes have a histone H3 methyltransferase activity that marks chromosomal Polycomb sites. Cell 111, 185−96.
  29. , J., Cavalli G. (2004). Chromatin inheritance upon Zeste-mediated Brahma recruitment at a minimal cellular memory module. Embo J 23, 857−68.
  30. Dejardin, J., Rappailles, A., Cuvier, O., Grimaud, C., Decoville, M. et al. (2005). Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1. Nature 434,533−8.
  31. Dou, Y., Gorovsky A., M. (2002). Regulation of transcription by HI phosphorylation in Tetrahymena is position independent and requires clustered sites. Proc Natl Acad Sci USA 99, 6142−6.
  32. Dover, J., Schneider, J., Tawiah-Boateng, A., M., Wood, A., Dean, K. et al. (2002). Methylation of histone H3 by COMPASS requires ubiquitination of histone H2B by Rad6. J Biol Chem 277,28 368−71.
  33. Drewell, A., R., Bae, E., Burr, J., Lewis В., E. (2002). Transcription defines the embryonic domains of cis-regulatory activity at the Drosophila bithorax complex. Proc Natl Acad Sci USA 99, 16 853−8.
  34. Dura, M., J., Brock, W., H., Santamaria P. (1985). Polyhomeotic: a gene of Drosophila melanogaster required for correct expression of segmental identity. Mol Gen Genet 198,213−20.
  35. Ernst, P., Fisher, K., J., Avery, W., Wade, S., Foy, D. et al. (2004). Definitive hematopoiesis requires the mixed-lineage leukemia gene. Dev Cell 6,437−43.
  36. Fauvarque, О., M., Dura M., J. (1993). polyhomeotic regulatory sequences induce developmental regulator-dependent variegation and targeted P-element insertions in Drosophila. Genes Dev 7,1508−20.
  37. А., С. (1998). Secondary leukemias induced by topoisomerase-targeted drugs. Biochim BiophysActa 1400,233−55.
  38. Felix, A., C., Lange, J., В., Chessells M., J. (2000). Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia: Challenges and Controversies in 2000. Hematology (Am Soc Hematol Educ Program), 285−302.
  39. Ficz, G., Heintzmann, R., Arndt-Jovin J., D. (2005). Polycomb group protein complexes exchange rapidly in living Drosophila. Development 132,3963−76.
  40. Fischle, W., Wang, Y., Allis D., C. (2003a). Binary switches and modification cassettes in histone biology and beyond. Nature 425,475−9.
  41. Fischle, W., Wang, Y., Jacobs, A., S., Kim, Y., Allis, D., C. et al. (2003b). Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains. Genes Dev 17,1870−81.
  42. Fischle, W., Wang, Y., Jacobs, S. A., Kim, Y., Allis, C. D. and Khorasanizadeh, S. (2003c). Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb andHPl chromodomains. Genes Dev 17,1870−81.
  43. Fitzgerald, P., D., Bender W. (2001). Polycomb group repression reduces DNA accessibility. Mol Cell Biol 21,6585−97.
  44. Francis, J., N., Kingston E., R. (2001). Mechanisms of transcriptional memory. Nat Rev Mol Cell Biol 2,409−21.
  45. Franke, A., DeCamillis, M., Zink, D., Cheng, N., Brock, W., H. et al. (1992). Polycomb and polyhomeotic are constituents of a multimeric protein complex in chromatin of Drosophila melanogaster. Embo J11,2941−50.
  46. Furuyama, Т., Banerjee, R., Breen, R., Т., Harte J., P. (2004). SIR2 is required for polycomb silencing and is associated with an E (Z) histone methyltransferase complex. Curr Biol 14,181 221.
  47. Grimaud, C., Bantignies, F., Pal-Bhadra, M., Ghana, P., Bhadra, U. Cavalli, G. (2006). RNAi components are required for nuclear clustering of Polycomb group response elements. Cell 124,957−71.
  48. Hassan, A. H., Neely, К. E. and Workman, J. L. (2001). Histone acetyltransferase complexes stabilize swi/snf binding to promoter nucleosomes. Cell 104,817−27.
  49. Hcnikoff, S., Furuyama, Т., Ahmad K. (2004). Histone variants, nucleosome assembly and epigenetic inheritance. Trends Genet 20, 320−6.
  50. Hess L., J. (2004). MLL: a histone methyltransferase disrupted in leukemia. Trends Mol Med 10, 500−7.
  51. Horard, В., Tatout, С., Poux, S., Pirrotta V. (2000). Structure of a polycomb response elemen and in vitro binding of polycomb group complexes containing GAGA factor. Mol Cell Biol 20, 3187−97.
  52. Hsich, J., J., Cheng, H., E., Korsmeyer J., S. (2003a). Taspasel: a threonine aspartase required for cleavage of MLL and proper HOX gene expression. Cell 115,293−303.
  53. Hsieh, J., J., Ernst, P., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Korsmeyer J., S. (2003b). Proteolytic cleavage of MLL generates a complex of N- and C-terminal fragments that confers protein stability and subnuclear localization. Mol Cell Biol 23,186−94.
  54. Hsu, Y., J., Sun, W., Z., Li, X., Reuben, M., Tatchell, K. et al. (2000). Mitotic phosphorylation of histone H3 is governed by Ipll/aurora kinase and Glc7/PPl phosphatase in budding yeast and nematodes. Cell 102,279−91.
  55. Iizuka, M., Smith M., M. (2003). Functional consequences of histone modifications. Curr Opin Genet Dev 13,154−60.
  56. Ingham, P. W., and Whittle, R. (1980). Trithorax: A new homeotic mutation of Drosophila melanogaster causing transformations of abdominal and thoracic imaginal segments. Putative role during embryogenesis. Mol Gen. Genet. 179,607−614
  57. T. (2006). The epigenetic magic ofhistone lysine methylation. Febs J213,3121−35.
  58. Jenuwein, Т., Allis D., C. (2001). Translating the histone code. Science 293,1074−80.
  59. , G. (1985). A group of genes controlling the spatial expression of the bithorax complex in Drosophila. Nature 316,153−155
  60. , G., Т., Schwartz, В., Y., Dellino, I., G., Pirrotta V. (2006). Polycomb complexes and the propagation of the methylation mark at the Drosophila ubx gene. J Biol Chem 281,29 064−75.
  61. Kal, J., A., Mahmoudi, Т., Zak, В., N., Verrijzer P., C. (2000). The Drosophila brahma complex is an essential coactivator for the trithorax group protein zeste. Genes Dev 14,1058−71.
  62. Katsani, R., K., Arredondo, J., J., Kal, J., A., Verrijzer P., C. (2001). A homeotic mutation in the trithorax SET domain impedes histone binding. Genes Dev 15,2197−202.
  63. Kennison A., J. (1995). The Polycomb and trithorax group proteins of Drosophila: trans-regulators of homeotic gene function. Annu Rev Genet 29,289−303.
  64. Kennison, A., J., Tamkun W., J. (1988). Dosage-dependent modifiers of polycomb and antennapedia mutations in Drosophila. Proc Natl Acad Sci USA85,8136−40.
  65. Ketel, S., C., Andersen, F., E., Vargas, L., M, Suh, J., Strome, S. et al. (2005). Subunit contributions to histone methyltransferase activities of fly and worm polycomb group complexes Mol Cell Biol 25,6857−68.
  66. S. (2004). The nucleosome: from genomic organization to genomic regulation. Cell 116,259−72.
  67. King, F., I., Emmons, В., R., Francis, J., N., Wild, В., Muller, J. et al. (2005). Analysis of a polycomb group protein defines regions that link repressive activity on nucleosomal templates to in vivo function. Mol Cell Biol 25,6578−91.
  68. Klymenko, Т., Papp, В., Fischle, W., Kocher, Т., Schelder, M. et al. (2006). A Polycomb group protein complex with sequence-specific DNA-binding and selective methyl-lysine-binding activities. Genes Dev 20,1110−22.
  69. Krajewski, A., W., Nakamura, Т., Mazo, A., Canaani E. (2005). A motif within SET-domain proteins binds single-stranded nucleic acids and transcribed and supercoiled DNAs and can interfere with assembly of nucleosomes. Mol Cell Biol 25,1891−9.
  70. Krebs, E., J., Fry, J., C., Samuels, L., M., Peterson L., C. (2000). Global role for chromatin remodeling enzymes in mitotic gene expression. Cell 102,587−98.
  71. Kuzin, В., Tillib, S., Sedkov, Y., Mizrokhi, L., Mazo A. (1994). The Drosophila trithorax gene encodes a chromosomal protein and directly regulates the region-specific homeotic gene fork head. Genes Dev 8,2478−90.
  72. Lanzuolo, C., Roure, V., Dekker, J., Bantignies, F., Orlando V. (2007). Polycomb response elements mediate the formation of chromosome higher-order structures in the bithorax complex. Nat Cell Biol 9,1167−74.
  73. Lcbedeva, A., L., Tillib V., S. (2003). Trithorax protein, a global factor for maintenance of tissue specific gene activation in Drosophila melanogaster, is associated with the nuclear matrix. Genetito 39, 250−8.
  74. Lee, G., M., Villa, R., Trojer, P., Norman, J., Yan, P., K. et al. (2007). Demethylation of H3K27 regulates polycomb recruitment and H2A ubiquitination. Science 318,447−50.
  75. Lee, N., Maurange, C., Ringrose, L., Paro R. (2005). Suppression of Polycomb group proteins by JNK signalling induces transdetermination in Drosophila imaginal discs. Nature 438,234−7.
  76. Levine, S., S., Weiss, A., Erdjument-Bromage, H., Shao, Z., Tempst, P. et al. (2002). The core of the polycomb repressive complex is compositionally and functionally conserved in flies and humans. Mol Cell Biol 22,6070−8.
  77. Levy-Wilson, В., Fortier C. (1989). The limits of the DNase I-sensitive domain of the human apolipoprotein В gene coincide with the locations of chromosomal anchorage loops and define the 5' and 3' boundaries of the gene. J Biol Chem 264,21 196−204.
  78. Lewis В., E. (1978). A gene complex controlling segmentation in Drosophila. Nature 276,56 570.
  79. Lo, S., W., Duggan, L., Emre, C., N., Belotserkovskya, R., Lane, S., W. et al. (2001). Snfl~a histone kinase that works in concert with the histone acetyltransferase Gcn5 to regulate transcription. Science 293,1142−6.
  80. Luger, K., Mader, A. W., Richmond, R. K., Sargent, D. F. and Richmond, T. J. (1997). Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution. Nature 389,251−60.
  81. Mohd-Sarip, A., Cleard, F., Mishra, K., R., Karch, F., Verrijzer P., C. (2005). Synergistic recognition of an epigenetic DNA element by Pleiohomeotic and a Polycomb core complex. Genes Dev 19,1755−60.
  82. Mohd-Sarip, A., Knaap, v. d., A., J., Wyman, C., Kanaar, R., Schedl, P. et al. (2006). Architecture of a polycomb nucleoprotein complex. Mol Cell 24,91−100.
  83. Muller, J., Hart, M., C., Francis, J., N., Vargas, L., M., Scngupta, A. et al. (2002). Histone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex. Cell 111, 197 208.
  84. Muller, M., Hagstrom, K., Gyurkovics, H., Pirrotta, V., Schedl P. (1999). The mcp element from the Drosophila melanogaster bithorax complex mediates long-distance regulatory interactions. Genetics 153,1333−56.
  85. Nakamura, Т., Mori, Т., Tada, S., Krajewski, W., Rozovskaia, T. et al. (2002). ALL-1 is a histone methyltransferase that assembles a supercomplex of proteins involved in transcriptional regulation. Mol Cell 10,1119−28.
  86. Negre, N., Hcnnetin, J., Sun, V., L., Lavrov, S., Bellis, M. et al. (2006). Chromosomal distribution of PcG proteins during Drosophila development. PLoS Biol 4, el70.
  87. Nekrasov, M., Klymenko, Т., Fraterman, S., Papp, В., Oktaba, K. et al. (2007). Pcl-PRC2 is needed to generate high levels of H3-K27 trimethylation at Polycomb target genes. EmboJld, 4078−88.
  88. Ng, H., H., Xu, M., R., Zhang, Y., Struhl K. (2002). Ubiquitination of histone H2B by Rad6 is required for efficient Dot 1-mediated methylation of histone H3 lysine 79. J Biol Chem 277, 34 655−7.
  89. Nielsen, R., P., Nietlispach, D., Mott, R., H., Callaghan, J., Bannister, A. et al. (2002). Structure of the HP1 chromodomain bound to histone H3 methylated at lysine 9. Nature 416, 103−7.
  90. Nowak, J., S., Corces G., V. (2000). Phosphorylation of histone H3 correlates with transcriptionally active loci. Genes Dev 14,3003−13.
  91. V. (2000). Mapping chromosomal proteins in vivo by formaldehyde-crosslinked-chromatin immunoprecipitation. Trends Biochem Sci 25, 99−104.
  92. V. (2003). Polycomb, epigenomes, and control of cell identity. Cell 112, 599−606.
  93. Orlando, V., Jane, P., E., Chinvvalla, V., Harte, J., P., Paro R. (1998). Binding of trithorax and Polycomb proteins to the bithorax complex: dynamic changes during early Drosophila embryogenesis. Embo J17,5141−50.
  94. Orlando, V., Strutt, H., Paro R. (1997). Analysis of chromatin structure by in vivo formaldehyde cross-linking. Methods 11,205−14.
  95. , G., Reinberg D. (2002). A unified theory of gene expression. Cell 108,439−51.
  96. , В., Muller J. (2006). Histone trimethylation and the maintenance of transcriptional ON and OFF states by trxG and PcG proteins. Genes Dev 20, 2041−54.
  97. Peterson, L., C., Workman L., J. (2000). Promoter targeting and chromatin remodeling by the SWI/SNF complex. Curr Opin Genet Dev 10,187−92.
  98. Petruk, S., Sedkov, Y., Brock, W., H., Mazo A. (2007a). A model for initiation of mosaic HOX gene expression patterns by non-coding RNAs in early embryos. RNA Biol 4,1−6.
  99. Petruk, S., Sedkov, Y., Smith, S., Tillib, S., Kraevski, V. et al. (2001). Trithorax and dCBP acting in a complex to maintain expression of a homeotic gene. Science 294,1331−4.
  100. Petruk, S., Sedkov, Y., Brock, H. W. and Mazo, A. (2007b). A model for initiation of mosaic HOX gene expression patterns by non-coding RNAs in early embryos. RNA Biol 4,1−6.
  101. Pham, D., A., Sauer F. (2000). Ubiquitin-activating/conjugating activity of TAFII250, a mediator of activation of gene expression in Drosophila. Science 289,2357−60.
  102. Polo, E., S., Almouzni G. (2006). Chromatin assembly: a basic recipe with various flavours. Curr Opin Genet Dev 16,104−11.
  103. Poux, S., McCabe, D., Pirrotta V. (2001a). Recruitment of components of Polycomb Group chromatin complexes in Drosophila. Development 128,75−85.
  104. Poux, S., Melfi, R., Pirrotta V. (2001b). Establishment of Polycomb silencing requires a transient interaction between PC and ESC. Genes Dev 15,2509−14.
  105. Rank, G., Prestel, M. and Paro, R. (2002). Transcription through intergenic chromosomal memory elements of the Drosophila bithorax complex correlates with an epigenetic switch. Mol Cell Biol 22, 8026−34.
  106. Rappailles, A., Decoville, M., Locker D. (2005). DSP1, a Drosophila HMG protein, is involved in spatiotemporal expression of the homoeotic gene Sex combs reduced. Biol Cell 97,779−85.
  107. Rastelli, L., Chan, S., C., Pirrotta V. (1993). Related chromosome binding sites for zeste, suppressors of zeste and Polycomb group proteins in Drosophila and their dependence on Enhancer of zeste function. EmboJ 12,1513−22.
  108. Richards, J., E., Elgin C., S. (2002). Epigenetic codes for heterochromatin formation and silencing: rounding up the usual suspects. Cell 108,489−500.
  109. Ringrose, L., Ehret, H., Paro R. (2004). Distinct contributions of histone H3 lysine 9 and 27 methylation to locus-specific stability of polycomb complexes. Mol Cell 16,641−53.
  110. , L., Paro R. (2007). Polycomb/Trithorax response elements and epigenetic memory of cell identity. Development 134,223−32.
  111. Ringrose, L., Rehmsmeier, M., Dura, M., J., Paro R. (2003). Genome-wide prediction of Polycomb/Trithorax response elements in Drosophila melanogaster. Dev Cell 5,759−71.
  112. Robzyk, K., Recht, J., Osley A., M. (2000). Rad6-dependent ubiquitination of histone H2B in yeast. Science 287,501−4.
  113. Rozovskaia, Т., Tillib, S., Smith, S., Sedkov, Y., Rozenblatt-Rosen, O. ct al. (1999). Trithora: and ASH1 interact directly and associate with the trithorax group-responsive bxd region of the Ultrabithorax promoter. Mol Cell Biol 19,6441−7.
  114. Sanchez-Eisner, Т., Gou, D., Kremmer, E., Sauer F. (2006). Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ashl to Ultrabithorax. Science 311,1118−23.
  115. Sarcinella, E., Zuzarte, C., P., Lau, N., P., Draker, R., Cheung P. (2007). Monoubiquitylation of H2A. Z distinguishes its association with euchromatin or facultative heterochromatin. Mol Cell Biol 27,6457−68.
  116. Saurin, J., A., Shao, Z., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Kingston E., R. (2001). A Drosophila Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins. Nature 412,655−60.
  117. Schichman, A., S., Caligiuri, A., M., Gu, Y., Strout, P., M., Canaani, E. et al. (1994). ALL-1 partial duplication in acute leukemia. Proc Natl Acad Sci USA 91,6236−9.
  118. Schmitt, S., Prestel, M., Paro R. (2005). Intergenic transcription through a polycomb group response element counteracts silencing. Genes Dev 19, 697−708.
  119. Schwartz, В., Y., Kahn, G., Т., Nix, A., D., Li, Y., X., Bourgon, R. et al. (2006). Genome-wide analysis of Polycomb targets in Drosophila melanogaster. Nat Genet 38,700−5.
  120. Schwartz, В., Y., Pirrotta V. (2007). Polycomb silencing mechanisms and the management of genomic programmes. Nat Rev Genet 8,9−22.
  121. Shao, Z., Raible, F., Mollaaghababa, R., Guyon, R., J., Wu, Т., С. et al. (1999). Stabilization of chromatin structure by PRC1, a Polycomb complex. Cell 98,37−46.
  122. Shi, Y., Lan, F., Matson, C., Mulligan, P., Whetstine, R., J. et al. (2004). Histone demethylation mediated by the nuclear amine oxidase homolog LSD1. Cell 119,941−53.
  123. , J., С., Pirrotta V. (1997). Chromatin insulator elements block the silencing of a target gene by the Drosophila polycomb response element (PRE) but allow trans interactions between PREs on different chromosomes. Genetics 147,209−21.
  124. Simon, A., J., Tamkun W", J. (2002). Programming off and on states in chromatin: mechanism: of Polycomb and trithorax group complexes. Curr Opin Genet Dev 12, 210−8.
  125. , D., В., Allis D., C. (2000). The language of covalent histone modifications. Nature 403, 41−5.
  126. G. (1983). Role of the esc+ gene product in ensuring the selective expression of segment-specific homeotic genes in Drosophila. J Embryol Exp Morphol 76,297−331.
  127. , H., Paro R. (1997). The polycomb group protein complex of Drosophila melanogaster has different compositions at different target genes. Mol Cell Biol 17,6773−83.
  128. Sun, W., Z., Allis D., C. (2002). Ubiquitination of histone H2B regulates H3 methylation and gene silencing in yeast. Nature 418,104−8.
  129. Thiagalingam, S., Cheng, К. H., Lee, H. J., Mineva, N., Thiagalingam, A. and Ponte, J. F. (2003). Histone deacetylases: unique players in shaping the epigenetic histone code. Ann N Y AcadSci 983, 84−100.
  130. Tie, F., Furuyama, Т., Prasad-Sinha, J., Jane, E., Harte J., P. (2001). The Drosophila Polycomb Group proteins ESC and E (Z) are present in a complex containing the histone-binding protein p55 and the histone deacetylase RPD3. Development 128,275−86.
  131. Tripoulas N., LeJcunesse D., Gildea J., Shearn A. (1996). The Drosophila ashl gene product, which is localized at specific sites on polytene chromosomes, contains a SET domain and PHD finger. Genetics 143,913−928
  132. Turner M., B. (2000). Histone acetylation and an epigenetic code. Bioessays 22, 836−45.
  133. M., В. (2002). Cellular memory and the histone code. Cell 111, 285−91.
  134. Voncken, W., J., Schweizer, D., Aagaard, L., Sattler, L., Jantsch, F., M. et al. (1999). Chromatin-association of the Polycomb group protein BMI1 is cell cycle-regulated and correlate with its phosphorylation status. J Cell Sci 112 (Pt 24), 4627−39.
  135. Wang, H" Huang, Q., Z., Xia, L., Feng, Q., Erdjument-Bromage, H. et al. (2001). Methylation of histone H4 at arginine 3 facilitating transcriptional activation by nuclear hormone receptor. Science 293, 853−7.
  136. Wang, H., Wang, L., Erdjument-Bromage, H., Vidal, M., Tempst, P. et al. (2004). Role of histone H2A ubiquitination in Polycomb silencing. Nature 431,873−8.
  137. Wu, Т., С., Howe M. (1995). A genetic analysis of the Suppressor 2 of zeste complex of Drosophila melanogaster. Genetics 140,139−81.
  138. Yano, Т., Nakamura, Т., Blechman, J., Sorio, C., Dang, V., C. et al. (1997). Nuclear punctate distribution of ALL-1 is conferred by distinct elements at the N terminus of the protein. Proc Natl Acad Sci USA 94,7286−91.
  139. Yu, D., В., Hess, L., J., Horning, E., S., Brown, A., G., Korsmeyer J., S. (1995). Altered Hox expression and segmental identity in Mil-mutant mice. Nature 378, 505−8.
  140. , Y., Reinberg D. (2001). Transcription regulation by histone methylation: interplay between different covalent modifications of the core histone tails. Genes Dev 15,2343−60.
  141. Zhou, В., Bagri, A., Bcckendorf K., S. (2001). Salivary gland determination in Drosophila: a salivary-specific, fork head enhancer integrates spatial pattern and allows fork head autoregulation. Dev Biol 237,54−67.
  142. , D., Paro R. (1995). Drosophila Polycomb-group regulated chromatin inhibits the accessibility of a trans-activator to its target DNA. Embo J14,5660−71.
  143. E. (1999). Sectorial gene repression in the control of development. Gene 238,263 76.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!