Выживаемость патогенных бактерий в почвах: на примере Coxiella burnetii и амебо-резистентных бактерий
Диссертация
Теоретическая предпосылка настоящей работы — проблема сохранения в разных почвах патогенных микроорганизмов. Естественные почвы обычно обладают самоочищающей способностью (Мишустин и др., 1979). Она определяется комплексом почвенных свойств, препятствующих сохранению в почвах большинства возбудителей болезней. Однако современное техногенное воздействие на почву приводит к быстрому расширению… Читать ещё >
Список литературы
- Аринушкина Е.В. Руководство по химическому анализу почв. М.: Изд-во Моск. ун-та, 1972.
- Барбан П.С., Пшеничнов Р. А., Пантюхина А. Н., Ившина И. Б. Иммунофлуоресцентный анализ. Свердловск, 1988.
- Воронкевич И.В. Выживаемость фитопатогенных бактерий в природе. М., 1974.
- Друганова Л.П. Эпидемиология лихорадки Ку в ЦЧР. Дисс.. канд. мед. наук. М., 1985.
- Дубровский Ю.А., Шустрова Н. М., Кузнецов Г. Г. Ассоциации энтеробактерий и неферментирующих микроорганизмов зимних гнезд обыкновенных полевок и поверхности почвы в бесснежную половину года // Бюлл. МОИП, отд. биол. 1990. 95(4): 28−35.
- Звягинцев Д.Г. Почва и микроорганизмы. М.: Изд-во Моск. ун-та, 1987.
- Звягинцев Д.Г. Адсорбция микроорганизмов почвой и ее влияние на их жизнедеятельность. Дисс.. докт. биол. наук. М., 1970.
- Здродовский П.Ф. Ку-лихорадка. М., 1955.
- Здродовский П.Ф., Голиневич Е. М. Ку-лихорадка // Учение о риккетсиях и риккетсиозах. М.: Медгиз, 1972.
- Зубков М.Н. Неферментирующие бактерии. Acinetobacter spp.: таксономия и классификация, характеристика, клиническое значение, идентификация, антибиотикорезистентность // Инф. и антимикроб, терап. 2003, 2. Доступно на: http://www.consilium-medicum.com/
- Кайырманова Г. К., Шупшибаев К. К., Абишева К. К., Баубекова, А .С. Изучение взаимосвязи гидрофобности дрожжевых клеток с их сорбционной активностью в отношении различных носителей, 2004. Доступно на: http://www.kazsu.kz/articles/bio/23article.htm.
- Касьяненко A.M., Вернер О. М., Завирюха А. И., Синяк К. М. Характеристика почв в стационарно неблагополучных по сибирской язве пунктах // Журн. микробиол. 1984,1: 90−95.
- Классификация патогенных для человека микроорганизмов. Приложение 5.1. Безопасность работы с микроорганизмами I II групп патогенности. Госкомсанэпиднадзор России. М., 2003.
- Кравченко А.Т., Шишулина JI.M. Распространение возбудителей ботулизма и столбняка на территории СССР. М., 1970.
- Куделина Р.И. Фазовые варианты риккетсий Бернета и их значение для диагностики и профилактики лихорадки Ку. Дисс.. докт. мед. наук. М., 1970.
- Литвин В.Ю., Гинцбург A.JI., Пушкарева В. И., Романова Ю. М., Боев Б. В. Эпидемиологические аспекты экологии бактерий. М., 1997.
- Максименкова И.А., Карпачевский JI.O. Характеристика почв природного очага лептоспирозов, псевдотуберкулеза и кишечногого иерсиниоза//Почвоведение. 1985, 10: 107−115.
- Максименкова И.А., Литвин В. Ю. Влияние некоторых почвенных факторов на динамику численности псевдотуберкулезного микроба // Вопросы микробиол., патогенеза и лабораторной диагностики иерсиниозов. Новосибирск, 1985.
- Милановский Е.Ю., Шеин Е. В. Функциональная роль амфифильных компонентов гумусовых веществ в процессах гумусо-структурообразования и в генезисе почв // Почвоведение. 2002, 10: 1201−1213.
- Мишустин Е.Н., Перцовская М. И., Горбов В. А. Санитарная микробиология почвы. М., 1979.
- Найштейн С .Я., Тарков М. И., Меренюк Г. В., Тимченко Л. А. Актуальные вопросы гигиены почвы. Кишинев, 1975.
- Никульшин С.В., Онацкая Т. Г., Луканина Л. М. и др. Изучение ассоциаций почвенных амеб Hartmanella rhysodes с бактериями -возбудителями чумы и псевдотуберкулеза в эксперименте // Журн. микробиол. 1992, 9−10: 2−4.
- Онищенко Г. Г., Монисов А. А., Гульченко Л. П., Федоров Ю. М. Заболеваемость зооантропонозными и природноочаговымиинфекциями и меры по их профилактике // Журн. микробиол. 1999, (4): 14−18.
- Орлов Д.С. Гумусовые кислоты почв и общая теория гумификации. М, 1990.
- Пиковская Р.И., Рцхиладзе С. И., Гелашвили М. Г. К вопросу о самоочищающих свойствах основных типов почв Грузинской ССР.-Гигиена и санитария, 1956, № 1.
- Проблемы коксиеллеза на рубеже третьего тысячелетия. НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, 2002. Доступно на: http:// www. pasteur. socspb. ru/ news/publication/2002/04/05/events9442/
- Пушкарева В.И. Патогенные бактерии в почвенных и водных сообществах (экспериментально-экологическое исследование). Автореф. дисс.. докт. биол. наук. М., 1994.
- Пушкарева В.И. Экспериментальная оценка взаимодействия Yersinia pestis с почвенными инфузориями и возможности длительного сохранения бактерий в цистах простейших // Журн. микробиол. 2003, 4: 40−44.
- Романова Ю.М. Некультивируемое состояние у патогенных бактерий на модели Salmonella typhimurium: феномен и генетический контроль. Автореф. дисс. докт. биол. наук. М., 1997.
- Сидоренко С.В., Резван С. П., Стерхова Г. А., Грудинина С. А. Госпитальные инфекции, вызванные Pseudomonas aeruginosa. Распространение и клиническое значение антибиотикорезистентности // Антибиотики и химиотерапия. 1999, 3: 25−34.
- Сомов Г. П., Литвин В. Ю. Сапрофитизм и паразитизм патогенных бактерий. Новосибирск: Наука, 1988.
- Тарасевич И.В. Коксиеллез (лихорадка Ку). Частная эпидемиология. Т.2. М., 2002.
- Терских В.И. Сапронозы. (О болезнях людей и животных, вызываемых микробами, способными размножаться вне организма во внешней среде, являющейся для них местом обитания) // Журн. микробиол. 1958. (8): 118−122.
- Федотов Г. Н., Добровольский Г. В., Путляев В. И., Гаршев А. В., Иванов В. К., Пахомов Е. И. Гелевые структуры в почвах // Почвоведение. 2006, 7: 824−835
- Федотов Г. Н., Путляев В. И., Гаршев А. В., Иванов В. К., Пахомов Е. И., Баранчиков А. Е. Органо-минеральные гели почв и оценка возможности получения подобных структур диспергационными методами // Доклады по экологическому почвоведению. 2006, 1: 116.
- Шеин Е.В., Милановский Е. Ю. Роль и значение органического вещества в образовании и устойчивости почвенных агрегатов // Почвоведение. 2003,1: 53−61.
- Шустрова Н.М., Дубровский Ю. А. Природные резервуары условно-патогенных бактерий // Потенциально патогенные бактерии в природе. М., 1991−6. С. 30−42.
- Abd Н, Weintraub A, Sandstrom G (2005) Intracellular survival and replication of Vibrio cholerae 0139 in aquatic free-living amoebae. Environ Microbiol 7: 1003−1008.
- Adekambi T, Reynaud-Gaubert M, Greub G, Gevaudan MJ, La Scola B, Raoult D, Drancourt M (2004) Amoebal coculture of «Mycobacterium massiliense» sp. nov. from the sputum of a patient with hemoptoic pneumonia. J Clin Microbiol 42: 5493−5501.
- Adeleke AA et al. (2001) Legionella drozanskii sp. nov., Legionella rowbothamii sp. nov. and Legionella fallonii sp. nov.: three unusual new Legionella species. Int J Syst Evol Microbiol 51: 1151−1160.
- Arricau-Bouvery N, Rodolakis A (2005) Is Q fever an emerging or re-emerging zoonosis? Vet. Res. 36: 327−349.
- Barker J & Brown MRW (1994) Trojan horses of the microbial world: protozoa and the survival of bacterial pathogens in the environment. Microbiology 140: 1253−1259.
- Beier S, Witzel KP, Marxsen J (2005) Bacterial community composition in Central European running waters examined by TGGE and sequence analysis of 16S rDNA. Unpublished.
- Birtles RJ, Rowbotham TJ, Michel R, Pitcher DG, La Scola B, Alexiou-Daniel S, Raoult D (2000) 'Candidatus Odyssella thessalonicensis' gen. nov., sp. nov., an obligate intracellular parasite of Acanthamoeba species. IntJ Syst Evol Microbiol 50:63−72.
- Brown MRW & Barker J (1999) Unexplored reservoirs of pathogenic bacteria: protozoa and biofilms. Trends Microbiol 7: 46−50.
- CDC. Available from: http://www.cdc.gov/agent/agentlist.asp.
- Crawford RL (2005) Microbial diversity and its relationship to planetary protection. Appl Environ Microbiol 71: 4163−4168.
- Cutler SJ, Paiba GA, Howells J, Morgan KL (2002) Q fever a forgotten disease? Lancet Infect Dis. 2: 717−718.
- Dasch GA, Weiss E (2000) Coxiella burnetii as a Bioterrorist Agent. //Topley and Wilson’s Microbiology and Microbiological Infections, New York, p. 78−87.
- Daoud Z, Cocozaki A, Hakime N (2006) Antimicrobial susceptibility patterns of Haemophilus influenzae and Streptococcus pneumoniae isolates in a Beirut general university hospital between 2000 and 2004. Clin Microbiol Infect 12: 86−90.
- Davis GE, Cox HR (1938) A filter passing infections agent isolated from ticks. Isolation from Dermacentor Andersoni, reactions in animals and filtrations experiments. Pub Health Rep 53: 2259−2261.
- Derrick EH (1937) Q-fever a new entity. Clinical features, diagnosis and laboratory investigation. Med J Aust 2: 281−299.
- Derrick EH (1939) Rickettsia burneti. The cause of a Q-fever. Med J Aust 1: 14.
- Drancourt M, Roux V, Fournier PE, Raoult D (2004) rpoB gene sequence-based identification of aerobic gram-positive cocci of the genera
- Streptococcus, Enterococcus, Gemella, Abiotrophia, and Granulicatella. J Clin Microbiol 42: 497−504.
- Dworkin MS, Ma X, Golash RG (2002) Fear of bioterrorism and implications for public health preparedness. Available from: http:// www.cdc.gov/ncidod/EID/vol9no4/02−0593.htm.
- Fenner L, Richet H, Raoult D, Papazian L, Martin C, La Scola В (2006) Are clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa more virulent than hospital environmental isolates in amebal co-culture test? Crit Care Med 34: 823−828.
- Garcia MM & McKay KA (1970) Pathogenic microorganisms in soil: an old problem in a new perspective. Can J Comp Med 34: 105−110.
- Greub G & Raoult D (2003) Rhodobacter massiliensis sp. nov., a new amoebae-resistant species isolated from the nose of a patient. Res Microbiol 154: 631−635.
- Greub G & Raoult D (2004) Microorganisms resistant to free-living amoebae. Clin Microbiol Rev 17: 413−433.
- Greub G, La Scola B, Raoult D (2004) Amoebae-resisting bacteria isolated from human nasal swabs by amoebal coculture. Emerg Infect Dis 10: 470−477.
- Haas W, Kaushal D, Sublett J, Obert C, Tuomanen EI (2005) Vancomycin stress response in a sensitive and a tolerant strain of Streptococcus pneumoniae. J Bacterid 187: 8205−8210.
- Harakeh S, Yassine H, El-Fadel M (2006) Antimicrobial-resistance of Streptococcus pneumoniae isolated from the Lebanese environment. Mar Environ Res 62: 181−193.
- Janssen PH (2006) Identifying the dominant soil bacterial taxa in libraries of 16S rRNA and 16S rRNA genes. Appl Environ Microbiol 72: 17 191 728.
- Juni E (1984) Bergey’s manual of systematic bacteriology// Eds. N.R.Krieg, J.G.Holt. Baltimore: Willam& Willcins Co. 9th ed., V. l: 303−307.
- Koide M, Arakaki N, Saito A (2001) Distribution of Legionella longbeachae and other legionellae in Japanese potting soils. Infect Chemother 7: 224−227.
- La Scola В, Raoult D (2001) Survival of Coxiella burnetii within free-living amoeba Acanthamoeba castellanii. Clin Microbiol Infect 7: 75−79.
- La Scola B, Michel G, Raoult D (1997) Use of amplification and sequencing of the 16S rRNA gene to diagnose Mycoplasma pneumoniae osteomyelitis in a patient with hypogammaglobulinemia. Clin Infect Dis 24: 1161−1163.
- La Scola B, Barrassi L, Raoult D (2000) Isolation of new fastidious alpha. Proteobacteria and Afipia felis from hospital water supplies by direct plating and amoebal co-culture procedures. FEMS Microbiol Ecol 34: 129−137.
- La Scola B, Barrassi L, Raoult D (2004) A novel alpha-Proteobacterium, Nordella oligomobilis gen. nov., sp. nov., isolated by using amoebal co-cultures. Res Microbiol 155: 47−51.
- La Scola B, Mezi L, Weiller PJ, Raoult D (2001) Isolation of Legionella anisa using an amoebic coculture procedure. J Clin Microbiol 39: 365 366.
- La Scola B, Boyadjiev I, Greub G, Khamis A, Martin C, Raoult D (2003) Amoeba-resisting bacteria and ventilator-associated pneumonia. Emerg Infect Dis 7: 815−821.
- La Scola В, Birtles RJ, Greub G, Harrison TJ, Ratcliff RM, Raoult D (2004) Legionella drancourtii sp. nov., a strictly intracellular amoebal pathogen. Int J Syst Evol Microbiol 54: 699−703.
- La Scola B, Audic S, Robert C, Jungang L, Lamballerie de X, Drancourt M, Birtles R, Claverie JM, Raoult D (2003) A giant virus in amoebae. Science 29: 2033.
- Landers P, Kerr KG, Rowbotham TJ, Tipper JL, Keig PM, Ingham E, Denton M (2000) Survival and growth of Burkholderia cepacia within the free-living amoeba Acanthamoeba polyphaga. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 19:121−123.
- Li X, Zhang D, Chen F, Ma J, Dong Y, Zhang L (2004) Klebsiella singaporensis sp. nov., a novel isomaltulose-producing bacterium. Int J Syst Evol Microbiol 54: 2131−2136.
- Martinez J, Martinez L, Rosenblueth M, Silva J, Martinez-Romero E (2004) How are gene sequence analyses modifying bacterial taxonomy? The case of Klebsiella. Int Microbiol 7: 261−268.
- Maurin M, Raoult D (1999) Q fever. Clin Microbiol Rev 10: 518−553.
- McCaul TF (1991) The developmental cycle of Coxiella burnetii// J.C. Williams, H.A. Thompson H.A. Q fever: the biology of Coxiella burnetii. CRC Press, p. 223−258.
- Molmeret M, Horn M, Wagner M, Santic M, Kwaik YA (2005) Amoebae as training grounds for intracellular bacterial pathogens. Appl Environ Microbiol 71: 20−28.
- Pettenkofer M. Boden und Grundwasser in ihrer Beziehungen zur Cholera und Typhus. Zeitschrift fur Biologie, V, Heft. 2. Munchen, 1869.
- Rehacek J., Tarasevich I.V. Acari-borne Rickettsiae & Rickettsioses in Eurasia. Bratislava, 1988.
- Rosenblueth M, Martinez L, Silva J, Martinez-Romero E (2004) Klebsiella variicola, a novel species with clinical and plant-associated isolates. Syst Appl Microbiol 27: 27−35.
- Simpson JM, Santo Domingo JW, Reasoner DJ (2004) Assessment of equine fecal contamination: the search for alternative bacterial source-tracking targets. FEMS Microbiol Ecol 47: 65−75.
- Snelling WJ, Moore JE, McKenna JP, Lecky DM, Dooley JSG (2006) Bacterial-protozoa interactions- an update on the role these phenomena play towards human illness. Microbes and Infection 8: 578−587.
- Stackebrandt E & Ebers J (2006) Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standarts. Microbiology today 10: 846−849.
- Stackebrandt E & Goebel BM (1994) Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int J Syst Evol Microbiol 44: 846−849.
- Steele TW, Moore CV, Sangster N (1990) Distribution of Legionella longbeachae serogroup 1 and other legionellae in potting soils in Australia. Appl Environ Microbiol 56: 2984−2988.
- Thornsberry C, Ogilvie PT, Holley HP, Sahm DF (1999) Survey of susceptibilities of Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Moraxella catarrhalis. Antimicrob Agents Chemother 11: 2612−2623.
- Tissot-Dupont H, Amadei M-A, Nezri M, Raoult D (2004) Wind in November, Q fever in December. EID 7: 1264−1269.
- Todar’s Online Textbook of Bacteriology (TOTB). Available at: http://textbookofbacteriology.net.
- Waksman SA & Woodruff HB (1940) Survival of bacteria added to soil and resultant modification of the soil population. Soil Sci., 50: 421−427.
- Wang X & Ahearn DG (1997) Effect of bacteria on survival and growth of Acanthamoeba castellanii. Curr Microbiol 34: 212−215.
- Williams MM, Domingo JW, Meckes MC, Kelty CA, Rochon HS (2004) Phylogenetic diversity of drinking water bacteria in a distribution system simulator. Appl. Microbiol. 96: 954−964.
- Zhang R, Zeng R, Zhao J, Lin N (2003) 16S rDNA diversity of bacteria in penguin droppings sediments from Ardley Island, Antarctica. Unpublished.