В конце 1686 года было начато строительство специального здания для Академии. А. Ф. Малиновский указывал, что «чужеземец, вызванный из Греции для нотного писания иеродиакон Мелетий, дал ход делу общеполезному, отказав по смерти своей обоим братьям Лихудиям на построение каменного здания для академии две тысячи рублей». Уже в 1687 году братья Лихуды переместились со своими учениками в двухэтажные палаты, выстроенные возле Заиконоспасского монастыря. Этот год и принято считать годом открытия Академии. Одним из семи первых учеников был Фёдор Поликарпов.
В 1701 году Петр I придал школе статус государственной академии.
В первое время преподавание в академии носило схоластический характер. Преподавали грамматику, пиитику, риторику, логику и физику на латинском и греческом языках, но первостепенное значение уделялось изучению греческого языка и культуры. Прохождение курса тогда было рассчитано на 12 лет. Обучение было разделено на 8 классов или, как в то время говорили, на 8 «школ», которые включали в себя 4 низших класса: «фара», «инфирма», «грамматика», «синтаксима», два средних: «пиитика» и «риторика», два высших: «философия» и «богословие». Обучение велось круглый год.
После преобразований, проведенных Палладием Роговским в духе просветителя Стефана Яворского, в Академии стали изучать латинский язык, современные европейские языки, философию.
В низших классах шло обучение славянскому и латинскому языкам, арифметике, истории, географии, катехизису. По истечении четырёх лет ученики свободно читали и писали по-латыни. В средних классах они продолжали учить латинский язык, чтобы через два года говорить на нём, и осваивали стихосложение, литературное сочинение, красноречие и богословие. Отдельный предмет в Академии составляла поэзия.
Многие учащиеся не доучивались до старших классов, а уходили с первого же года обучения в другие школы — математические, инженерные, медицинские, так как хорошо владели иностранными языками. Учеников из бедных слоев населения отсылали за границу, чтобы «учитися языкам турецкому, арабскому и персидскому» и для «наук литературных», которые изучали во Франции. Академия стала известна в Европе, а не только в России. С 1721 года в ней стали обучаться иностранцы, которые были приравнены к русским учащимся.
В начале своего существования Академия находилась в совместном государственном и церковном управлении (как многие классические европейские университеты того времени) и готовила, главным образом, переводчиков, работников типографий (справщиков), священнослужителей, высших государственных руководителей и дипломатов, преподавателей и профессоров, причем не только для России, но и для других славянских стран.
В 1814 году Славяно-греко-латинская академия была закрыта.
