Дезоксирибонуклеозидмонофосфаткиназа бактериофага Т5 (2. 7. 4. 13): выделение и свойства белка, идентификация и клонирование гена

ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Дезоксирибонуклеозидмонофосфаткиназа бактериофага Т5 (2. 7. 4. 13): выделение и свойства белка, идентификация и клонирование гена (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Организация ферментов биосинтеза дНТФ
  - 1. 1. 1. Биосинтез дНТФ в клетках E. coli, инфицированных бактериофагом Т
  - 1. 1. 2. дНТФ-синтезирующие комплексы (ДСК)
  - 1. 1. 3. Связь ДСК с репликационным аппаратом
  - 1. 1. 4. Организация ферментов биосинтеза дНТФ в других организмах
- 1. 2. Особенности физиологии бактериофага Т
  - 1. 2. 1. Общие черты бактериофага Т
  - 1. 2. 2. Особенности структуры ДНК
  - 1. 2. 3. FST-механизм транспорта ДНК в клетку
  - 1. 2. 4. Регуляция транскрипции генов
  - 1. 2. 5. Разрушение ДНК клетки-хозяина.'
  - 1. 2. 6. Ферменты биосинтеза дНТФ
  - 1. 2. 7. Степень изученности генома бактериофага
- 1. 3. Дезоксирибонуклеозидмонофосфаткиназа бактериофага Т
  - 1. 3. 1. Роль фермента в метаболизме
  - 1. 3. 2. Описание фермента и его свойства
  - 1. 3. 3. Пространственная структура нуклеозидмонофосфаткиназ
  - 1. 3. 4. Структурные основы субстратной специфичности
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
- 2. 1. Микробиологические методы
  - 2. 1. 1. Штаммы бактерий, бактериофаги, плазмиды и среды
  - 2. 1. 2. Получение бактериофага Т5 в высоком титре
  - 2. 1. 3. Получение биомассы клеток E. coli, инфицированных бактериофагом Т
- 2. 2. Аналитические методы
  - 2. 2. 1. Метод определения белка
  - 2. 2. 2. Электрофорез белков в ПААГ
  - 2. 2. 3. Определение N-концевой последовательности аминокислот
  - 2. 2. 4. Изоэлектрофокусирование
  - 2. 2. 5. Определение молекулярной массы дНМФ-киназы бактериофага Т
- 2. 3. Определение активности дНМФ-киназ
  - 2. 3. 1. Хроматографический метод. ф 2.3.2. Спектрофотометрический метод
  - 2. 3. 3. Тестирование активности методом тонкослойной хроматографии
- 2. 4. Методы очистки дНМФ-киназы бактериофага Т
  - 2. 4. 1. Приготовление клеточного экстракта
  - 2. 4. 2. Удаление нуклеиновых кислот
  - 2. 4. 3. Фракционирование сульфатом аммония
  - 2. 4. 4. Ионообменная хроматография
  - 2. 4. 5. Аффинная хроматография. t 2.5. Методы молекулярной биологии
  - 2. 5. 1. Выделение ДНК
  - 2. 5. 2. Гидролиз ДНК
  - 2. 5. 3. Лигирование фрагментов ДНК
  - 2. 5. 4. Полимеразная цепная реакция
  - 2. 5. 5. Определение первичной последовательности ДНК
  - 2. 5. 6. Праймеры
  - 2. 5. 7. Получение компетентных клеток и их трансформация. i 2.5.8. Скрининг рекомбинантных клонов
  - 2. 5. 9. Экспрессия рекомбинантных плазмид. ч 2.5.10. Гибридизация ДНК бактериофагов с зондом
- 2. 6. Компьютерные методы
  - 2. 6. 1. Анализ нуклеотидных последовательностей
  - 2. 6. 2. Анализ аминокислотных последовательностей
  - 2. 6. 3. Определение потенциальной пространственной структуры белка
- 2. 7. Методы биотехнологии. v 2.7.1. Иммобилизация дНМФ-киназы бактериофага Т
  - 2. 7. 2. Синтез дНТФ при помощи ИФП дНМФ-киназы бактериофага Т
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
- 3. 1. Выделение и очистка дНМФ-киназы бактериофага Т
  - 3. 1. 1. Очистка дНМФ-киназы
  - 3. 1. 2. Физико-химические свойства белка
  - 3. 1. 3. Определение N-концевой последовательности аминокислот
- 3. 2. Структурная организация фрагмента ранней области С генома бактериофага Т5 (13−19,5% генома)
  - 3. 2. 1. Определение и анализ нуклеотидной последовательности
  - 3. 2. 2. Локализация генов и открытых рамок считывания и анализ потенциальных функций их продуктов
  - 3. 2. 3. Потенциальные регуляторные элементы
  - 3. 2. 4. Клонирование гена lys и его экспрессия
  - 3. 2. 5. Идентификация продукта гена lys — лизоцима
- 3. 3. Функциональная характеристика гена dnk
  - 3. 3. 1. Клонирование гена dnk и его экспрессия в E. col
  - 3. 3. 2. Очистка рекомбинантной дНМФ-киназы и ее свойства
  - 3. 3. 3. Анализ потенциальной структуры фермента
  - 3. 3. 4. Ферментативный синтез дезоксирибоаденозин-а-тиотрифосфата (дАТФа8)
- 3. 4. Исследование широкоспецифичных киназ других бактериофагов
  - 3. 4. 1. Ген 52 бактериофага срС31: клонирование и экспрессия в E. col
  - 3. 4. 2. Ген 52 кодирует дНМФ-киназу широкой специфичности
  - 3. 4. 3. Бактериофаг Т4-типа RB49 также кодирует дНМФ-киназу
  - 3. 4. 4. Анализ строения фаговых киназ
ВЫВОДЫ

Нуклеиновые кислоты — ДНК и РНК — являются незаменимыми компонентами живой клетки, выполняя функцию хранения, передачи и реализации генетической информации. Нарушение структуры и биосинтеза нуклеиновых кислот лежит в основе многих заболеваний наследственной и вирусной этиологии. Предшественники нуклеиновых кислот, нуклеозидтрифосфаты, как соединения, обладающие макроэргическими связями, помимо функции предшественников нуклеиновых кислот, играют большую роль в процессах синтеза и распада белков, липидов и углеводов, являются кофакторами целого ряда ферментов. Поддержание нормальных концентраций и соотношения дНТФ в клетках является одним из важных показателей гомеостаза. В связи с этим большое значение в биологии и медицине имеет исследование метаболизма предшественников нуклеиновых кислот.

Фосфорилирование дезоксирибонуклеозидмонофосфатов до соответствующих дифосфатов является одним из ключевых этапов синтеза предшественников ДНКдезоксирибонуклеозидтрифосфатов — в клетках прои эукариот. Эти реакции в живых клетках катализируют ферменты класса трансфераз — нуклеозидмонофосфаткиназы (НМФ-киназы), в качестве донора фосфорила использующие АТФ или дАТФ. дНМФ+(д)АТФ о дНДФ+(д)АДФ Бактерии, дрожжи и высшие эукариоты, как правило, индуцируют по крайней мере четыре нуклеозидмонофосфаткиназы, специфичные к азотистому основанию субстрата.

Инфекция Escherichia coli колифагом сопровождается активной репликацией фаговой ДНК. При этом количество вновь синтезированной ДНК превышает количество ДНК клетки-хозяина примерно в 4,5 раза (Crawford, 1959). Т-четные бактериофаги (Т2,Т4, Т6) используют для синтеза своей ДНК пул нуклеотидов клетки хозяина, и только часть их синтезируется de novo. Тем не менее, для обеспечения потребности в трифосфатах эти фаги индуцируют дезоксирибонуклеозидмонофосфаткиназы (КФ 2.7.4.12), катализирующие фосфорилирование трех из четырех дезоксирибонуклеозидмонофосфатов, входящих в ДНК этих фагов (дТМФ, дГМФ, гм-дЦМФ).

Бактериофаг Т5 также кодирует дезоксирибонуклеозидмонофосфаткиназу (КФ 2.7.4.13), продукт гена dnk. Однако, в отличие от Т-четных фагов, бактериофаг Т5 использует для быстрой репликации своей ДНК только дезоксирибонуклеозидтрифосфаты, синтезированные de novo. Цитозин в ДНК фага не гидроксиметилированвероятно, поэтому киназа бактериофага Т5 фосфорилирует все четьфе монофосфата, соответствующие каноническим основаниям ДНК. дНМФ-киназа бактериофага Т5 пока является единственным ферментом группы нуклеозидмонофосфаткиназ, обладающим такой широкой субстратной специфичностью.

Этот фермент представляет интерес для исследования механизмов биосинтеза предшественников ДНК в инфицированных бактериофагом клетках, регуляции этого процесса в зависимости от клеточных нужд и роли в нем фаговых и клеточных белков. Изучение структуры и функций ферментов, участвующих в биосинтезе предшественников ДНК, в том числе дНМФ-киназы бактериофага Т5, способно дать информацию, необходимую для понимания их биологической роли. Кроме того, широкая специфичность фермента бактериофага Т5 — потенциальный источник знаний о молекулярных основах взаимодействия белок-субстрат, ключ к пониманию структурных основ специфичности киназ. Особое значение приобретает исследование широкоспецифичной киназы бактериофага Т5 в связи с потенциальным использованием такого фермента в технологии энзиматического синтеза дезоксирибонуклеозидтрифосфатов, которые в настоящее время широко используются в научных исследованиях и в медицине.

Целью настоящей работы явилось структурно-функциональное и генетическое исследование дНМФ-киназы бактериофага Т5, а также выявление новых дНМФ-киназ широкой специфичности.

К моменту начала работы данный фермент был частично очищен (Bessman et all, 1964), что позволило авторам определить ряд его биохимических свойств — относительную скорость реакции, субстратную специфичность, константы Михаэлиса для различных субстратов и константы ингибирования. При этом невысокая степень очистки не позволила авторам определить молекулярную массу фермента и его удельную активность. Кроме того, отсутствовали данные о первичной структуре гена. Ранее неоднократно предпринимались попытки «шотган» -клонирования фрагментов генома бактериофага Т5, но они не дали результата применительно к ранней области генома, в которой находится ген dnk.

Исходя из имеющихся данных, для достижения выбранной цели были поставлены следующие задачи:

1) Выделить и очистить до гомогенного состояния дНМФ-киназу бактериофага Т5 из инфицированной фагом биомассы E. coli, определить молекулярную массу белка, изучить физико-химические свойства фермента.

2) Секвенировать область генома бактериофага Т5, содержащую ген dnk, кодирующий фермент, и идентифицировать ген, пользуясь данными о ферменте.

3) Клонировать ген dnk и экспрессировать его в E. coli, разработать простой способ очистки целевого белка из клеток штамма-продуцента с высоким выходом.

4) Провести анализ компьютерных баз данных на основании полученной информации о структуре киназ с целью поиска гомологичных ферментов из других источников.

В настоящей работе впервые описан процесс очистки дНМФ-киназы бактериофага Т5 до гомогенного состояния из инфицированной фагом биомассы E. coli и определены ее ранее неизвестные физико-химические свойства — молекулярная масса, изоэлектрическая точка, температурная стабильность, — а также аминокислотная последовательность N-конца белка. Выполнены секвенирование фрагмента области С генома бактериофага, содержащего ген dnk, и его описание (включающее открытые рамки считывания, потенциальные промоторы и терминаторы транскрипции). Ген dnk идентифицирован и клонирован в плазмиду с эффективным промотором. Рекомбинантная дНМФ-киназа бактериофага Т5 очищена из клеток штамма-продуцента с высоким выходом двумя альтернативными способами. На основании полученной информации о первичной структуре дНМФ-киназы Т5 сделано предположение о возможной пространственной структуре белка. В рамках исследования фаговых дНМФ-киназ выделен и клонирован ген новой дезоксирибонуклеозидмонофосфаткиназы широкой специфичности, кодируемой бактериофагом фС31.

ВЫВОДЫ.

1. Дезоксирибонуклеозидмонофосфаткиназа (дНМФ-киназа) бактериофага Т5 (КФ 2.7.4.13) впервые очищена до гомогенного состояния из клеток E. coli, инфицированных бактериофагом Т5, с выходом 55,6% и степенью очистки 1190.

2. Изучены физико-химические и каталитические свойства дНМФ-киназы бактериофага Т5. Молекулярная масса белка составляет 29,14 ± 3,03 кДа, оптимум рН работы фермента лежит в области 7,0—7,5. Определены удельная активность фермента и 20 аминокислот N-конца белка.

3. Установлена первичная структура фрагмента ранней области С генома бактериофага ¦ Т5 длиной 7736 п.н., содержащая кодирующий дНМФ-киназу ген dnk.

В секвенированном непрерывном фрагменте обнаружены 16 открытых рамок считывания, в том числе гены холина, лизоцима, тиоредоксина, протеинфосфатазы.

4. Ген dnk, кодирующий дНМФ-киназу, клонирован в E. coli и экспрессирован. Рекомбинантный белок очищен до гомогенного состояния двумя альтернативными способами. На основе имеющихся данных об аминокислотной последовательности сделаны предположения о пространственной структуре белка.

5. Показана практическая возможность использования иммобилизованного препарата j дНМФ-киназы бактериофага Т5 в технологии фосфорилирования четырех канонических дезоксирибонуклеозидмонофосфатов, а также дАМФаБ.

6. Установлено, что ген 52 бактериофага срСЗ 1 стрептомицетов кодирует дНМФ-киназу широкой специфичности, катализирующую фосфорилирование дАМФ, дТМФ, дЦМФ идГМФ.

С чувством глубокой признательности выражаю благодарность руководителям моей работы за помощь в работе и преподанные уроки. Искренне благодарна сотруднику ФИБХ РАН Зинченко Дмитрию Валерьевичу, бывшему сотруднику ИБ РАН Колесникову Игорю Валентиновичу, сотруднику ИБК РАН Фунтикову Вячеславу Алексеевичу за помощь в организации и проведении некоторых экспериментов. Большое спасибо Ксензенко Владимиру Николаевичу за помощь, полезные советы и обсуждение моей работы. Благодарю сотрудника ИБФМ РАН Шляпникова Михаила Григорьевича и сотрудника ИБХ РАН Каюшина Алексея Львовича за синтез олигонуклеотидов. Сердечно благодарна всем настоящим и бывшим сотрудникам Группы технологии синтеза нуклеиновых кислот и их компонентов ФИБХ РАН за помощь в работе и чуткое отношение.

Показать весь текст

Список литературы

Забаровский, Е.Р.(2001). Альтернативные подходы к картированию и секвенированию генома. Мол биол 35:224−234.
Калиман, А.В., Крутилина, А.И., Крюков, В.М. (1987). Структура двух промоторов и терминатора транскрипции из области ранних генов Д10-Д15 бактериофага Т5. Мол Генет Микробиол Вирусол 10:14−19.
Краев А.С. (1988). Простая система клонирования в фаге М13 и секвенирования ДНК с терминаторами. Мол Биол 22:1164−1197.
Aduma, P.J., Gupta, S.V., Stuart, A.L., Tourigny, G. (1991). Deoxyribonucleoside triphosphate pools of herpes simplex virus infected cells: the influence of selective antiherpes agents and the role of the deaminase pathway. Biochem Cell Biol 69:409−414.
Angus, S.P., Wheeler, L.J., Ranmal, S.A., Zhang, X., Markey, M.P., Mathews, C.K., Knudsen, E.S. (2002). Retinoblastoma tumor suppressor targets dNTP metabolism to regulate DNA replication. J Biol Chem 277:44 376−44 384.
Bebenek, K., Roberts, J.D., Kunkel, T.A. (1992). The effects of dNTP pool imbalances on frameshift fidelity during DNA replication. J Biol Chem 267:3589−3596.
Bello L.J., Bessman M.J. (1963). The enzymology of virus-infected bacteria IV. Purification and properties of the deoxynucleotide kinase induced by bacteriophage T2. J Biol Chem 238:17 771 787.
Bello, L.J., Bessman, M.J. (1963). The enzymology of virus-infected bacteria.V.
Phosphorylation of hydroxymethyldeoxycytidine diphosphate and deoxythymidine diphosphatein normal and bacteriophage-infected E.coli. Biochim Biophys Acta 72:647−650.
Berget, S.M., Mozer, T.J., Warner, H.R. (1976). Early events after infection of Escherichia coliby bacteriophage T5. II. Control of the bacteriophage-induced 5'-nucleotidase activity. J Virol18:71−79.
Berget, S.M., Warner, H.R., McCorquodale, D.J. (1974). Isolation and partial characterization of bacteriophage T5 mutants deficient in the ability to induce deoxynucleoside monophosphate kinase. J Virol 14:78−85.
Bessman, M.J. (1963). Deoxynucleoside monophosphate kinases, in «Methods in Enzymology,» vol. VI, pp. 166−177, Academic Press, New York and London.
Brunei F., Thi V.H., Pilaete M.F., Davison J. (1983). Transcription regulatory elements in the late region of bacteriophage T5 DNA. Nucleic Acid Res 11:7649−7658.
Brush, G.S., Bessman, M.J. (1993). Chemical modification of bacteriophage T4 deoxynucleotide kinase. Evidence of a single catalytic region. J Biol Chem 268:1603−1609.
Chen, M.X., McPartlin, A.E., Brown, L., Chen, Y.H., Barker, H.M., Cohen, P.T.(1994). A novel human protein serine/threonine phosphatase, which possesses four tetratricopeptide repeat motifs and localizes to the nucleus. EMBO J 13:4278−4290.
Cook, K.S., Seasholtz, A.F. (1982). Identification of some bacteriophage T4 prereplicative proteins on two-dimensional gel patterns. J Virol 42:767−772.
Corpet F. (1988). Multiple sequence alignment with hierarchical clustering. Nucleic Acids Res 16:10 881−10 890.
Cory, J.G., Carter, G.L. (1985). Drug action on ribonucleotide reductase. Adv Enzyme Regul 24:385−401.
Crawford L.V. (1959). Nucleic acid methabolism in Escherichia coli infected with phage T5. Virology 7:359−374.
Decker, K., Krauel, V., Meesmann, A., Heller, K.J. (1994). Lytic conversion of Escherichia coli by bacteriophage T5: blocking of the FhuA receptor protein by a lipoprotein expressed early during infection. Mol Microbiol 12:321−332.
Desai S.M., Vaughan J., Weiss S.B. (1986). Identification and location of nine T5 bacteriophagetRNA genes by DNA sequence analysis. Nucleic Acid Res 14:4197−4120.
Desplats, C., Dez, C., Tetart, F., Eleaume, H., Krisch, H.M. (2002) Snapshot of the genome ofthe pseudo-T-even bacteriophage RB49. J Bacteriol 184 (10), 2789−2804.
Dreusicke, D., Karplus, P. A., Schulz, G. E. (1988). Refined structure porcine cytosolicadenylate kinase at 2.1 A resolution. J Mol Biol 199:359−371.
Duckworth, D.H., Bessman, M.J. (1967). The enzymology virus-infected bacteria. X. A biochemical-genetic study of the deoxynucleotide kinase induced by wild-type and amber mutants of phage T4. J Biol Chem 242:2877−2885.
Fricke, J., J. Neuhard, R. A. Kelln, S. Pedersen. (1995). The cmk gene encoding cytidine monophosphate kinase is located in the rpsA operon and is required for normal replication rate in Escherichia coll J Bacteriol 177:517−523.
Fukami-Kobayashi, K., Nosaka, M., Nakazawa, A., Go, M. (1996). Ancient divergence of long and short isoforms of adenylate kinase: molecular evolution of the nucleoside monophosphate kinase family. FEBS Lett 385:214−220.
Furukawa, H., Kuroiwa, Т., Mizushima, S. (1983). DNA injection during bacteriophage T4infection of Escherichia coli. J Bacteriol 154:938−945.
Gan, Z.R. (1991). Yeast thioredoxin genes. J Biol Chem 266:1692−1696.
Gentz, R., Bujard, H. (1985). Promoters recognized by Escherichia coli RNA polymeraseselected by function: highly efficient promoters from bacteriophage T5. J Bacteriol 164:70−77.
Goelz, S. E., Cronan, J. E. (1982). Adenylate kinase of Escherichia coli: evidence for afunctional interaction in phospholipid synthesis. Biochemistry 21:189−195.
Greenberg, G.R., He, P., Hilfinger, J., Tseng, M.-J. (1994). Deoxyribonucleoside triphosphatesynthesis and phage T4 DNA replication. In: Molecular Biology of Bacteriophage Т4/ ed. in chif
J.D.Karam- ed., J.W.Drake, K.N.Kreuzer, G. Mosig, D.H.Hall, F.E.Eiserling, L.W.Black,
E.K.Spicer, E. Kutter, K. Carlson, E.S.Miller. ASM press, Washington, DC, p. 14−27.
Griffig, J., Koob, R., Blakley, R.L. (1989). Mechanisms of inhibition of DNA synthesis by 2chlorodeoxyadenosine in human lymphoblastic cells. Cancer Res 49:6923−6928.
Griffith, J.P., Kim, J.L., Kim, E.E., Sintchak, M.D., Thomson, J.A., Fitzgibbon, M.J., Fleming,
M.A., Caron, P.R., Hsiao, K., Navia, M.A.(1995). X-ray structure of calcineurin inhibited by theimmunophilin-immunosuppressant FKBP12-FK506 complex. Cell 82:507−522.
Hendricks, S.P., and Mathews, C.K. (1997). Regulation of T4 phage aerobic ribonucleotidereductase. J Biol Chem 272:2861−2865.
Hendrix, R.W., Smith, M. С. M., Bums, R.N., Ford, M. E., Hatfull, G. F. (1999). Evolutionary relationships among diverse bacteriophages and prophages: All the world’s a phage. Proc Natl Acad Sci USA 96:2192−2197.
Heusterspreute, M., Ha-Thi, V., Tournis-Gamble, S., Davison, J. (1987). The first-step transfer-DNA injection-stop signal of bacteriophage T5. Gene 52:155−164.
Johnston, J.V., Nichols, B.P., Donelson, J.E. (1977). Distribution of «minor» nicks in bacteriophage T5 DNA. J Virol 22:510−519.
Kalasauskaite, E.V., Kadisaite, D.L., Daugelavicius, R.J., Grinius, L.L., Jasaitis, A.A. (1983). Studies on energy supply for genetic processes. Requirement for membrane potential in Escherichia coli infection by phage T4. Eur J Biochem 130:123−130.
Kaliman, A.V. (1996). Identification of the bacteriophage T5 dUTPase by protein sequence comparisons. DNA Seq 6:347−355.
Kaliman, A.V., Kryukov, V.M., Bayev, A.A. (1988). The nucleotide sequence of the region ofbacteriophage T5 early genes D10-D15. Nucleic Acids Res 16:10 353−10 354.
Kaneko, S., Miyazaki, Y., Yasuda, Т., Shishido, K. (1998). Cloning, sequence analysis andexpression of the basidiomycete Lentinus edodes gene uckl, encoding UMP-CMP kinase, thehomologue of Saccharomyces cerevisae URA6 gene. Gene 211:259−266.
Keweloh, H.W., Bakker, E.P. (1984). Increased permeability and subsequent resealing of thehost cell membrane early after infection of Escherichia coli with bacteriophage Tl. J Bacteriol160:354−359.
Knopf, K., Bujard, H. (1975). Structure and function of the genome of coliphage T5. Transcription in vitro of the «nicked» and «nick-free» T5+ DNA. Eur J Biochem 53:371−385.
Maltouf, F.A., Labedan, B. (1983). Host cell metabolic energy is not required for injection of bacteriophage T5 DNA. J Bacteriol 153:124−133.
Mathews, C.K. (1991). Metabolite channeling in deoxyribonucleotide and DNA biosynthesis. J Theor Biol 152:25−28.
Mathews, C.K., Moen, L.K., Wang, Y., Sargent, R.G. (1988). Intracellular organization of DNA precursor biosynthesis enzymes. TIBS 13:394−397.
Mathews, C.K., Sinha, N.K. (1982). Are DNA precursors concentrated at replication sites? Proc Natl Acad Sci USA 79:302−306.
Mathews, C.K., Slabaugh, M.B. (1986). Eucariotic DNA metabolism. Are deoxyribonucleotides channeled to replication sites? Exp Cell Res 162:285−295.
Maurizi, M.R., Clark, W.P., Kim, S.H., Gottesman, S. (1990). Clp P represents a unique family of serine proteases. J Biol Chem 265:12 546−12 552.
McCorquodale, D.J., Shaw, A.R., Shaw, P.K., Chinnadurai, G. (1976). Pre-early polypeptides of bacteriophages T5 and BF23. J Virol 22:480−488.
McCorquodale D.J., Warner H.R. (1988). Bacteriophage T5 and related phages. In: Bacteriophages, p.439−475.
McGaughey, K.M., Wheeler, L.J., Moore, J.T., Maley, G.F., Maley, F., Mathews, C.K. (1996). Protein-protein interaction involving T4 phage-coded deoxycytidylate deaminase and thymidylate synthase. J Biol Chem 271:23 037−23 042.
Mozer, T.J., Thompson, R.B., Berget, S.M., Warner, H.R. (1977). Isolation and characterization of a bacteriophage T5 mutant deficient in deoxynucleoside 5'-monophosphatase activity. J Virol 24:642−650.
Moyer, R.W., Rothe, C.T. (1977). Role of the T5 gene D15 nuclease in the generation of nicked bacteriophage T5 DNA. J Virol 24:177−193.
Muller, C. W., Schulz, G. E. (1992). Structure of the complex between adenylate kinase from Escherichia coli and the inhibitor Ap5 A refined at 1.9 A resolution. A model for a catalytic transition state. J Mol Biol 224:159−177.
Nichols, B.P., Donelson, J.E. (1977). Mapping and cloning of Eco Rl-fragments of bacteriophage T5+ DNA. Nucleic Acids Res 4:3715−3726.
Okajima, Т., Goto, S., Tanizawa, K., Tagaya, M., Fukui, Т., Shimofuruya, H., Suzuki, J. (1995). Cloning, sequencing, and expression in Escherichia coli of cDNA encoding porcine brain UMP-CMP kinase. Biochem. J. 117:980−986.
Okajima, Т., Fukamizo, Т., Goto, S., Fukui, Т., Tanizawa, K. (1998). Exchange of nucleoside monophosphate-binding domains in adenylate kinase and UMP/CMP kinase. J Biochem (Tokyo) 124:359−367.
Oldmixon, E., Braun, V. (1978). Changes in fluorescence of 8-anilino-l-naphthalene sulfonate after bacteriophage T5 infection of Escherichia coli. Initial fluorescence rise coincides with onset of rubidium efflux. Biochim Biophys Acta 506:111−118.
Oliver, F.J., Collins, M.K., Lopez R., A. (1996). dNTP pools imbalance as a signal to initiate apoptosis. Experientia 52:995−1000.
Ostermann, N., Segura-Pena, D., Meiei-, C., Veit, Т., Monneijahn, C., Konrad, M., Lavie, A.2003). Structures of human thymidylate kinase in complex with prodrugs: implications for thestructure-based design of novel compounds. Biochemistry 42:2568−2577.
Pieroni, L., Bouille, P., Auclair, C., Guillosson, J.J., Nafziger, J. (1999). Early steps ofreplication of moloney murine leukemia virus in resting lymphocytes. Virology 262:408−415.
Pinedo, H.M., Peters, G.F. (1988). Fluorouracil: biochemistry and pharmacology. J Clin Oncol6:1653−1664.
Ponta, H., Altendorf, K.H., Schweiger, M., Kaufmann, H.M., Yeh, P.M.L., Herrlich, P. (1976). E. coli membranes become permeable to ions following T7-virus-infection. Mol Gen Genet 149:145−150.
Reddy, G.P., Mathews, C.K. (1978). Functional compartmentation of DNA precursors in T4 phage-infected bacteria. J Biol Chem 253:3461−3467.
Rhoades, M. (1982). New physical map of bacteriophage T5 DNA. J Virol 43:566−570. Rhoades, M. (1986). Interruption-deficient mutants of bacteriophage T5: analysis of single-site mutants. J Virol 59:203−209.
Rikhter, V.A., Rabinov, I.V., Kuznetsov, S.A., Pavlii, T.B., Skoblov, I.u.S. (1988). Isolation and various properties of nucleoside monophosphate kinases from Escherichia coli. Prikl Biokhim Mikrobiol 24:310−318.
Sanger, F., Niclein, S., Coulson, A. R. (1977). DNA sequencing with chain terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA 74:5463−5467.
Schweitzer, B.I., Dicker, A.P., Bertino, J.R. (1990). Dihydrofolate reductase as a therapeutic target. FASEB J 4:2441−2452.
Sekulic, N., Shuvalova, L., Spangenberg, O., Konrad, M., Lavie, A. (2002). Structural characterization of the closed conformation of mouse guanylate kinase. J Biol Chem 277:3 023 630 243.
Shewach, D.S., and Lawrence, T.S. (1996). Gemcitabine and radiosensitization in human tumor cells. Invest New Drugs 14:257−263.
Silins, G.U., Blakeley, R.L., Riddles, P.W. (1996). Characterization of genes encoding a nucleoside monophosphate kinase and a L35 ribosomal protein from Babesia bovis. Mol Biochem Parasitol 76:231−244.
Smith, M.C.M., Ingham, C.J., Owen, C.E., Wood, N.T. (1992). Gene expression in the Streptomyces temperate phage (pC31. Gene 115:43−48.
Solow, В., Young, J.C., Kennelly, P.J. (1997). Gene cloning and expression and characterization of a toxin-sensitive protein phosphatase from the methanogenic archaeon Methanosarcina thermophila TM-1. J Bacteriol 179:5072−5075.
Szabo, C., Dharmgrongartama, В., Moyer, R.W. (1975). The regulation of transcription in bacteriophage T5-infected Escherichia coli. Biochemistry 14:989−997.
Tomich, P.K., Chiu, C.S., Wovcha, M.G., Greenberg, G.R. (1974). Evidence for a complex regulating the in vivo activities of early enzymes induced by bacteriophage T4. J Biol Chem 249:7613−7622.
Van Rompay, A.R., Johansson, M., Karlsson, A. (2000). Phosphorylation of nucleosides and nucleoside analogs by mammalian nucleoside monophosphate kinases. J Pharmacol Ther 87:189−98.
Von Gabain, A., Hayward, G.S., Bujard, H. (1976). Physical mapping of the Hindlll, EcoRI, Sal and Sma restriction endonuclease cleavage fragments from bacteriophage T5 DNA. Mol Gen Genet 143:279−290.
Wagner, E.F., Ponta, H., Schweiger, M. (1980). Development of Escherichia coli virus Tl. The role of the proton-motive force. J Biol Chem 255:534−539.
Warner, H.R., Drong, R.F., Berget, S.M. (1975). Early events after infection of Escherichia coli by bacteriophage T5. Induction of a 5-nucleotidase activity and excretion of free bases. J Virol 15:273−280.
Zhang, X., Lu, Q., Inouye, M., Mathews, C.K. (1996). Effect of T4 phage infection and anaerobiosis upon nucleotide pools and mutagenesis in nucleoside diphosphokinase-defective Escherichia coli strains. J Bact 178:4115−4121.
Zhang, X" Mathews, C.K. (1995). Natural DNA precursor pool asymmetry and base sequence context as determinants of replication fidelity. J Biol Chem 270:8401−8404.

Заполнить форму текущей работой