Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов
Диссертация
Исследование биологической эволюции является одной из актуальных задач современной науки. Большие объёмы экспериментальных данных о генах и белках, появившиеся в последние годы, привели к развитию новых методов исследования эволюции, прежде всего, эволюционной биоинформатики и, в частности, методов филогенетического анализа. Эти методы позволяют реконструировать эволюционную историю и, путём… Читать ещё >
Список литературы
- Авилов К.К., Романюха А. А. Математическое моделирование процессов распространения туберкулёза и выявления больных // Автоматика и телемеханика, 2007, № 9, с. 145−160.
- Алексеев В.В., Крышев М. М., Сазыкина Т. Г. Физическое и математическое моделирование экосистем. // Спб.: Гидрометеоиздат, 1992, 368 стр.
- Анистратенко В.В. Гомеоморфия: суть явления и его значение для систематики и филогенетики (на примере брюхоногих моллюсков) // Вестник зоологии. 1998. Т. 32, № 1−2. С. 98−107.
- Апонина Е.А., Апонин Ю. М., БазыкинА.Д. Анализ сложного динамического поведения в модели хищник—две жертвы // Проблемы экологического мониторинга и моделирования экосистем. JL: Гидрометеоиздат, 1982, т. 5, с. 163−180.
- Атсафьев А.К., Говорунов, А.В. Методология исследования макроэволюции и проблема критериев прогресса. // Микро- и макроэволюция. Тарту: Изд-во ТГУ. 1980, с. 145−149.
- Афонников Д.А., Колчанов Н. А. Консервативные особенности ДНК-связывающих доменов класса «гомеодомен», обусловленные коадап-тивными заменами аминокислотных остатков // ДАН. 2001, т. 380, № 5, с. 691−695.
- Базыкин А.Д. Нелинейная динамика взаимодействующих популяций. // М.-Ижевск: Институт компьютерных исследований, 2003, 368 стр.
- Бауэр Э. С. Теоретическая биология. М. — JL: Изд. ВИЭМ, 1935. — С.206 .
- Ю.Беклемишев Н. В. Основные понятия биоценологии в приложении к животным компонентам наземных сообществ // Биоценологические основы современной паразитологии. М.: Наука, 1970, С. 53−89.
- Белых JI.H. Анализ некоторых математических моделей в иммунологии. // М.: АН СССР, Отдел вычислительной математики, 1984, 148 стр.
- Беляев Д.К. О некоторых проблемах коррелятивной изменчивости и их значении для теории и селекции животных // Изв. СО АН СССР. Сер. биол.-мед. наук. 1962. № 10. С. 111−124.
- З.Беляев Д. К. Дестабилизирующий отбор как фактор изменчивости при доместикации животных // Природа, 1979, № 2, с.36−45.
- Н.Беляев Д. К., Трут J1.H. Генетические взаимоотношения специфических изменений стандартной окраски серебристо-черных лисиц («подпалов» и «звездочки»), возникших в процессе доместикации // Генетика. 1986. Т. XXII. № 1.С. 119−128.
- Берг JI. С. Труды по теории эволюции, 1922—1930. JL: Наука, 1977, 387 стр.
- Берг P.JI. Корреляционные плеяды и стабилизирующий отбор // Генетика и эволюция: Избр. Тр. Новосибирск: Наука, 1993а, с. 137−178.
- Берг P.JI. Экологическая интерпретация корреляционных плеяд // Генетика и эволюция: Избр. Тр. Новосибирск: Наука, 19 936, с. 123−137.
- Бердников В.А. Основные факторы макроэволюции. // Новосибирск: Наука, 1990, 253 стр.
- Биоразнообразие: сущность и опыт создания онтологии. // Биоразнообразие и динамика экосистем. Ред. Шумный В. К., Шокин Ю. И., Колчанов Н. А., Федотов A.M. Новосибирск: Издательство Сибирского отделения Российской Академии Наук, 2006, с. 21−94.
- Бигон М., Харпер Дж., Таунсенд К. Экология. Особи, популяции и сообщества (Том 1) // М: Мир. 1989, 667 стр.
- Бонгард М.М., Лосев И. С., Смирнов М. С. Проект модели организации поведения — «Животное» // Моделирование обучения и поведения. Ред. Смирнов М. С., 1975, с. 152−171.
- Борисов А.Н., Иванов В. В. Имитационное моделирование динамики темнохвойных древостоев при выборочных рубках // Хвойные боре-альной зоны, XXV, 2008, № 1−2 (май), с. 135−141.
- Бородин П.М. Стресс и генетическая изменчивость // Генетика. 1987. Т. 23. С. 1003−1010.
- Бородин П.М., Беляев Д. К. Влияние стресса на частоту кроссинговера во 2-й хромосоме домовой мыши // Докл. АН СССР. 1980. Т. 253. С. 727−729.
- Булгакова Т.И., Кулагина О. С., Ляпунов А. А. К вопросу о моделировании эволюционного процесса с учетом отбора // Проблемы кибернетики, I: 1968, вып. 20, с.257−263- II: 1970, вып. 23, с.247−260- Проблемы эволюции, III: 1973, вып. 3, с. 143−151.
- Буч Г., Максимчук Р. А., Энгл М. Объектно-ориентированный анализ и проектирование с примерами приложения. // М.: Вильяме, 2008, 720 стр.
- Вавилов Н.И. Линнеевский вид как система // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 1931. Т. 26, Вып. 3, С. 109−134.
- Вавилов Н.И. Мировые центры сортовых богатств (генов) культурных растений // Н. И. Вавилов Избранные труды в 5 томах. Т.5. М.: Наука. 1965. С. 108−119.
- Вавилов Н.И. Научные основы селекции пшеницы // Избр. произведения: В 2 т. Л.: Наука, 1967, Т. 2. С. 7−259.
- Васильев В.П., Васильева Е. Д., Осипов А. Г. Первое свидетельство в пользу основной гипотезы сетчатого видообразования у позвоночных // Докл. АН СССР. 1983, 271. 4. с.1009−1012.
- Вернадский В.И. Биосфера. Избр. Соч. // М: Изд-во АН СССР, 1960. т.5, с. 7−102.
- Виноградский С.Н. О роли микробов в общем круговороте жизни // Вестник РАН, 1996, т.66, № 12, с. 1116−1120.
- Вольтерра В. Математическая теория борьбы за существование. // М.: Наука, 1976, 286 стр.
- Воронцов Н. Н. Эволюция дарвинизма (Развитие эволюционных идей в биологии). М.: УНЦ ДО, 1999. 630 с.
- Гаазе-Рапопорт М.Г., Поспелов Д. А. От амебы до робота: модели поведения // М.: Наука, 1987, 288 стр.
- Гаузе Г. Ф. Математический подход к проблемам борьбы за существование // Зоол. Журн., 1933, т. 12, № 3, с. 170−177.
- Гаузе Г. Ф. Экспериментальное исследование борьбы за существование между P.caudatum и P. aurelia // Зоол. Журн., 1934, т. 13, № 1, 18.
- Гаузе Г. Ф. Экология и некоторые проблемы происхождения видов // Экология и эволюционная теория, Л., Наука, 1984, с. 5−108.
- Гаузе Г. Ф. Борьба за существование. // М.- Ижевск: Ин-т компьютерных исслед., 2002. 160 с.
- Гимельфарб А.А., Гинзбург JI.P., Полуэктов Р. А., Пых Ю.А., Ратнер В. А. Динамическая теория биологических популяций. // М.: Наука, 1974.
- Грант В. Эволюционный процесс: Критический обзор эволюционной теории. // Пер. с англ. М.: Мир, 1991, 488 стр.
- Гунбин К.В., Суслов В. В., Колчанов Н. А. и др. Генетические механизмы морфологической эволюции. Ч. 1 // Сиб. экол. журнал. 2004а. Т. 11. № 5. С. 599−610.
- Гунбин К.В., Суслов В. В., Колчанов Н. А. и др. Генетические механизмы морфологической эволюции. Ч. 2 // Сиб. экол. журнал. 20 046. Т. 11. № 5. С. 611−621.
- Гунбин К.В., Суслов В. В., Колчанов Н. А. Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция // Информационный вестник ВОГиС. 2007, 11(2), с. 373−400.
- Гусев М.В., Минеева JI.A. Микробиология. 8-е изд. // М.: Академия, 2008. 464 стр.
- Дажо А. Основы экологии // М.: Прогресс, 1976, 450 стр.
- Дарвин Ч. Происхождение видов путем естественного отбора. // СПб.: Наука, 1991.539 стр.
- Дегерменджи А.Г. Механизмы и критерии сосуществования взаимодействующих микробных популяций в проточных системах (гомогенных и пространственно распределённых) // Экологический прогноз. — М.: Изд-во Моск. ун-та, 1986. — 196 стр.
- Догель В.А. Курс общей паразитологии. // JL: Учпедгиз, 1947, 372 стр.
- Дубинин Н.П. Общая генетика. // М.: Наука, 1986, 560 стр.
- Еганов Э.А. Фосфоритообразованне и строматолиты // Новосибирск: Наука, 1988. 89 стр.
- Жаботинский A.M. Концентрационные автоколебания. // М.: Наука, 1974. 179 стр.
- Жданова О.Л., Фрисман Е. Я. Динамические режимы в модели одноло-кусного плотностно-зависимого отбора // Генетика, 2005, т.41, № 11, с.1575−1584.
- Жерихин В.В. Эволюционная биоценология: проблема выбора моделей // Экосистемные перестройки и эволюция биосферы. М.: Недра, 1994а. с. 13−20.
- Жерихин В.В. Генезис травяных биомов // Экосистемные перестройки и эволюция биосферы. М.: Недра, 19 946. с. 132−137.
- Жмур С.И., Бурзин М. В., Горленко В. М. Цианобактериальные маты и формирование углеродистых пород докембрия // Литология и полезн. ископ. 1995. — № 1. — С. 206−214.
- Заварзин Г. А. Становление биосферы // Вестник Российской Академии Наук, 2001, с. 988−1001
- Заварзин Г. А. Лекции по природоведческой биологии. // М.: Наука, 2003а, 348 стр.
- Заварзин Г. А. Эволюция геосферно-биосферной системы // Природа. 20 036, с. 27−35.
- Ильина Т.С. Суперинтегроны бактерий — источники новых генов с адаптивными функциями // Генетика, 2006, т. 42, № 11, с. 1536−1546.
- Инге-Вечтомов С. Г. Генетика с основами селекции. // М.: Высшая школа, 1989. 591 стр.
- Иорданский Н.Н. Макроэволюция: Системная теория. // М: Наука, 1994, 112 стр.
- Иорданский Н.Н. Макроэволюция: макрогенез и типогенез // Журн. общей биологии. 2004, т. 65, № 6, с. 451−463.
- Каменщиков Л.П. О машинном моделировании эволюционного процесса // Проблемы кибернетики, вып. 25, М.: Наука, 1972, с. 63−76.
- Камшилов М.М. Отбор в различных условиях проявления признака // Биол. Журн. 1935. Т. 4, № 6. С 1005—1013.
- Камшилов М.М. Отбор, как фактор меняющий зависимость признака от изменений внешних условий // Докл. АН СССР. 1939. Т. 23, № 4. С. 361−364.
- Камшилов М.М. Проявление признака и изменчивость. Эффект порога проявления // ДАН. 1940а. Т. 26, № 6. С. 605−608.
- Камшилов М.М. Изменчивость и проявление. Проблема нормального фенотипа // ДАН. 19 406. Т. 29, № 3. С. 239−243.
- Камшилов М.М. Эволюция биосферы. 2 изд., М.: Наука, 1974. 256 стр.
- Карпов А.С. Некоторые свойства искусственно полученных симбиоти-ческих ассоциаций амёб с хлорофитовыми водорослями Chlorella sp. II Цитология, 1993, т.35, № 4, с. 127−133.
- Кельтон В., Jloy А. Имитационное моделирование. Классика CS. 3-е изд. // СПб.: Питер, 2004, 847 стр.
- Кимура М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности. // М.: Мир, 1985,400 стр.
- Клек Д. Трудный путь на сушу // В мире науки. 2006. № 3. С. 52—59.
- Колмогоров А.Н. Уклонение от формул Харди при частичной изоляции // Докл. АН СССР. 1935. Т. 3. № 7. с. 129−132.
- Колмогоров А.Н. Качественное исследование математических моделей динамики популяций // Проблемы кибернетики, вып. 25, М.: Наука, 1972, с. 100−106.
- Кордюм В.А. Эволюция и биосфера. // Киев: Наук.думка. 1982, 261 стр.
- Корочкин Л.И. Онтогенез, эволюция и гены // Природа. 2002. № 7. С. 10−19.
- Корнеев В.Д. Параллельное программирование в MPI. // Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований, 2003, 304 стр.
- Костерин О.Э., Колесникова Т. Д. О чём писал Дарвин // Вестник ВО-ГиС, 2009, т. 13, № 2, с. 448−479.
- Красилов В.А. Нерешенные проблемы теории эволюции. Владивосток: ДВНЦ АН СССР, 1986.-С.138.
- Красилов В.А. Происхождение и ранняя эволюция цветковых растений. //М.: Наука, 1989. 264 стр.
- Красилов В.А. Метаэкология // М.:ПИН РАН. 1997. С. 208.
- Кузнецов В.И., Козлов Н. И., Хомяков П. М. Математическое моделирование эволюции леса для целей управления лесным хозяйством. // М.: Ленанд, 2005, 232 стр.
- Кулагина О.С., Ляпунов А. А. К вопросу о моделировании эволюционного процесса // Проблемы кибернетики, вып. 16, М.: Наука, 1966, с. 147−170.
- Куприянова Л.А. Некоторые цитогенетические закономерности сетчатого видообразования однополых ящериц (REPTILIA, LACERTILIA) и других групп позвоночных животных // Цитология, 1997, т. 39, № 12, с. 1089−1108.
- Курочкин Е.Н. Параллельная эволюция тероподных динозавров и птиц //Зоол. журн. 2006. Т. 85, № 3. С. 283−297.
- Лавров А.В., Потапова Е. Г. «Dinofelis» (Felidae) — особое звено в эволюции хищных млекопитающих // Современные проблемы биологической эволюции, 2007, М.: ИПЭЭ РАН с.29−30.
- Ламарк Ж.Б. Избранные произведения (в 2 т.) // М.: Изд-во АН СССР, 1955−1959, 968 стр.
- Левонтин Р. Генетические основы эволюции. // М.: Мир, 1978, 351 стр.
- Левченко В.Ф. Модели в теории биологической эволюции. // СПб.: Наука 1993.-С.384.
- Левченко В.Ф. Эволюция биосферы до и после появления человека. // СПб: Наука, 2004. 166 стр.
- Левченко В.Ф., Старобогатов Я. И. Канализирующие факторы в эволюции биосферы // Эволюция экосистем: Тез. междунар. симп. М.: Па-леонтол. ин-тРАН, 1995а. С. 71.
- Левченко В.Ф., Старобогатов Я. И. Факторы формирования разнообразия надвидовых таксонов // Факторы таксономического и биохронологического разнообразия: Тез. докл. совещ. СПб: Изд-во Зоол. ин-та РАН, 19 956. С. 43.
- Ли Ч. Введение в популяционную генетику // Москва: Мир. 1978. 555 стр.
- Лима-де-Фариа А. Эволюция без отбора: Автоэволюция формы и функции. // М.: Мир, 1991, 455 стр.
- Логофет Д.О., Белова И. Н., 2007. Неотрицательные матрицы как инструмент моделирования динамики популяций: классические модели и современные обобщения // Фундаментальная и прикладная математика. Т. 13. № 4. С. 145−164.
- Любищев А.А. О постулатах современного селектогенеза // Проблемы эволюции. Новосибирск: Наука, 1973. Т. 3. С. 31−56.
- Ляпунов А.А. О кибернетических вопросах биологии // Проблемы кибернетики, вып. 25, М.: Наука, 1972, с. 5−40.
- Мазер К., Джинкс Дж. 1985. Биометрическая генетика. // М.: Мир. 463 стр.
- Малинецкий Г. Г., Медведев И. Г., Маевский В. И. и др. Кризисы современной России и научный мониторинг // Вестн. РАН, 2003, т.73, № 7, С. 579−593.
- Майр Э. Популяции, виды и эволюция. // М.: Мир, 1974, 460 стр.
- Маркель A.JI. Современные концепции эволюционной генетики // Стресс и эволюция: концепция Д. К. Беляева и её развитие / Под ред. В. К. Шумного, А. Л. Маркеля. Новосибирск: ИЦиГ СО РАН, 2000. С. 103−114.
- Маркель А.Л. Стресс и эволюция // Вестник ВОГиС, 2008, т. 12, № ½, с.206−215.
- Марков А. В. Проблема происхождения эукариот // Палеонтологический журнал. — 2005, № 2, с.3−12.
- Марков А.В., Куликов A.M. Происхождение эвкариот: выводы из анализа белковых гомологий в трех надцарствах живой природы // Палеонтологический журнал — 2005. Т. 306.
- Марков А.В., Захаров И. А. Крупные и мелкие перестройки в эволюции прокариотических геномов // Генетика, 2006, т.42, № 11, с. 15 471 557.
- Марчук Г. И. Математические модели в иммунологии. Вычислительные методы и эксперименты. // М.: Наука, 1991. 300 стр.
- Матушкин Ю.Г., Родин С. Н., Ратнер В. А. О возможности коэволюции в проточной системе вирулентный фаг-бактерия // Журн. общ. биологии, 1986, т. 47, с. 64−71.
- Мельниченко О.А., Романюха А. А. Модель эпидемиологии туберкулёза. Анализ данных и оценка параметров // Математическое Моделирование, 2008, т.20, № 8, с.107−128.
- Меншуткин В.В. Моделирование популяций и сообществ водных животных. //Л.: Наука, 1971, 196 стр.
- Меншуткин В.В., Показеев К. В., Филатов Н. Н. Гидрофизика и экология озер. Том 2. Экология. // М.: Изд-во Моск. Гос. Университета, 2004, 277 стр.
- Мережковский К.С. Теория двух плазм как основа симбиогенези-са, нового учения о происхождении организмов. // Казань, 1909, 102 стр.
- Момыналиев К.Т. Геномно-протеомная характеристика вариабельности Helicobacter pylori II Дисс. докт. биол. наук, М., 2009.
- Мосалов О.П., Редько В. Г., Прохоров Д. В. Моделирование эволюции автономных адаптивных агентов // Матем. моделирование, 2008, т.20, № 2, с.21−31.
- Москалейчик Ф.Ф. Взаимосвязь воспроизводительной способности подразделённой популяции и её генетической структуры // Генетика. 2005, Т. 41, № 10. С. 1419−1427.
- Недорезов JI.B. Введение в экологическое моделирование: Учеб. пособие. Т.1. // Новосибирск: Изд-во НГУ, 1998, 216 стр.
- Одум Ю. Основы экологии // М. Мир. 1975, 740 стр.
- Оно С. Генетические механизмы прогрессивной эволюции. // М.: Мир, 1973.
- Павловский Е.Н., Организм как среда обитания // Природа, 1934, № 1,с. 80−91.
- Павловский Е.Н., О природной очаговости инфекционных и паразитарных болезней //Вестн. АН СССР, 1939, т. Ю, С. 98−108.
- Перцев Н.В. Анализ устойчивости стационарного решения модифицированной модели противовирусного иммунного ответа // Вестник Омского университета, 1998, Вып. З, с.19−21.
- Перцев Н.В. Исследование решений интегральной модели Лот-ки-Вольтерра// Сиб. журн. индустр. матем., 1999, т.2, № 2, с.153−167.
- Печуркин Н.С. Популяционная микробиология. // Новосибирск: Наука, 1978, 192 стр.
- Пичугин Б.Ю. Стохастическая модель изолированной популяции с сезонным размножением и самолимитированием // Сиб. журн. индустр. математики. 2003. Т.6. № 4(16). с.75−81.
- Полевой В.В. Физиология растений: Учеб. для биол. спец. вузов. // М.: Высш. шк., 1989. 464 стр.
- Полетаев И.А. Модели Вольтерра «хищник-жертва» и некоторые их обобщения с использованием принципа Либиха // Ж. общ. биол. 1973, Т. 34. № 1.с.43−57.
- Полетаев И.А. О некоторых математических моделях популяций с учётом влияния окружающей среды // Журн. общ. биол. 1979, т.40, № 6, с.915−925.
- Полянский Ю.И. О закономерностях микро- и макроэволюции у одноклеточных эукариот // Проблемы генетики и теории эволюции / Ред. Шумный В. К., Колчанов Н. А., Рувинский А. О. Новосибирск: Наука, 1991. С. 229−241.
- Пономаренко А.Г. Основные события в эволюции биосферы. Биотическая обусловленность экологических кризисов // Проблемы до-антропогенной эволюции биосферы. // М: Наука. 1993. с. 15−25.
- Прозоров А.А. Альтруизм в мире бактерий? // Усп. совр. биол. 2002. Т.122., № 5. С.403−413.
- Пых Ю. А. Исследование устойчивости в динамических моделях популяционной генетики // Проблемы эволюции. Ред. Воронцов Н. Н. Новосибирск: Наука, Сиб. Отд., 1973, т. З, с.214−221.
- Пых Ю. А. Равновесие и устойчивость в моделях популяционной динамики М.: Наука, 1983.
- Разумовский С. М. Закономерности динамики биоценозов. // М.: Наука, 1981,231 стр.
- Разумовский С. М. Избранные труды: Сборник научных статей. // М.: КМК Scientific Press, 1999. 560 стр.
- Райков И.Б. Ядро простейших. Морфология и эволюция // Л.: Наука, 1978, 328 стр.
- Расницын А.П. Темпы эволюции и эволюционная теория (гипотеза адаптивного компромисса) // Эволюция и биоценотические кризисы. М.: Наука, 1987. с. 46−64.
- Ратнер В.А. Математическая теория эволюции менделевских популяций // Проблемы эволюции. Ред. Воронцов Н. Н. Новосибирск: Наука, Сиб. Отд., 1973, т. З, с.151−213.
- Ратнер В.А. Математическая популяционная генетика (элементарный курс). // Новосибирск: Наука, 1977, 126 стр.
- Ратнер В.А. Внешние и внутренние факторы и ограничения молекулярной эволюции. // Современные проблемы теории Эволюции. Ред. Татаринов Л. П. М.: Наука, 1993, С.60−80.
- Ратнер В.А. Генетика. Молекулярная кибернетика: Личности и проблемы. // Новосибирск: Наука, 2002, 272 стр.
- Ратнер, Васильева. 1993. Мобильные генетические элементы (МГЭ) и эволюция геномов // Современные проблемы теории эволюции (ред. Л.П.Татаринов). М.: Наука, 1993, с. 43−59.
- Ратнер В.А., Жарких А. А., Колчанов Н. А. Родин С.Н, Соловьёв В. В., Шамин В. В. Проблемы теории молекулярной эволюции. // Новосибирск: Наука, 1985. 260 стр.
- Ратнер В.А., Шамин В. В. Сайзеры: моделирование фундаментальных особенностей молекулярно биологической организации // Математические модели эволюционной генетики. Новосибирск: ИЦиГ, 1980, с. 66−126.
- Ратнер В.А., Шамин В. В. Сайзеры: моделирование фундаментальных особенностей молекулярно биологической организации. Соответствие общих свойств и конструктивных особенностей коллективов макромолекул // Журн. общ. биологии. 1983, т.44, № 1, с. 51−61.
- Раутиан А.С. Могут ли обмениваться свойствами далекие виды? // В книге «Современная биотехнология. Мифы и реальность». Москва. 2004. С.87−97.
- Редько В.Г. Эволюция, нейронные сети, интеллект: Модели и концепции эволюционной кибернетики. (Серия «Синергетика: от прошлого к будущему») // М.: КомКнига, 2007, 224 стр.
- Ризниченко Г. Ю. Математические модели в биофизике и экологии // Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований. 2003. 184 стр.
- Ризниченко Г. Ю. Рубин А.Б. Математические модели биологических продукционных процессов: Учебное пособие. // М.: Изд-во МГУ, 1993. 302 стр.
- Родин С.Н. Идея коэволюции. // Новосибирск: Наука, 1991, 271 стр.
- Родин С.Н., Матушкин Ю. Г. Вирусная инфекция как фактор прогрессивной дивергенции иммунной системы в ходе эволюции // Журн. общ. биологии, 1987, т.48, с. 845−852.
- Родин С.Н., Пахомчук Д. В., Риггс А. Д. Эпигенетические изменения и репозиционирование определяют эволюционную судьбу дупли-цированных генов // Биохимия. 2005. Т. 70. № 5. С. 680−689.
- Родин С.Н., Ратнер В. А. Теоретический анализ коэволюции белков в системе фаг-бактерия. Детерминированная модель отдельного этапа микроэволюции // Журн. общ. биологии, 1982, т.43, с. 175−185.
- Розанов А.Ю. Закономерности морфологической эволюции археоциат и вопросы ярусного расчленения нижнего кембрия. М.: Наука, 1973. 164 стр.
- Романюха А. А., Каркач А. С. Индивидуально-ориентированная модель динамики инфекционного процесса в неоднородной популяции // Матем. Моделирование, 2003, т.15, № 5, с.95−105.
- Романюха А. А., Яшин А. И., Математическая модель возрастных изменений в популяции периферических Т-лимфоцитов // Успехи геронтологии, 2001, № 8, с. 58−69.
- Свирежев Ю.М., Пасеков В. П. Основы математической генетики. //М.: Наука, 1982, 512 стр.
- Семёнов Г. А. Географическая изменчивость и систематическое положение некоторых форм белой трясогузки Motacilla alba (sensu lato) // Орнитология. Вып. 35 (в печати).
- Семовский С. В. Стохастическая модель стаи рыб — от индивидуального поведения к групповому // Матем. моделирование, 1989, т.1, № 6, с.49−55.
- Семовский С.В. Водные экосистемы: от космических наблюдений к математическому моделированию. // Иркутск: изд-во ИГ СО РАН, 1999, 582 стр.
- Семовский С.В., Букин Ю. С., Щербаков Д. Ю. Модели симпатри-ческого видообразования в изменяющихся условиях среды // Сиб. экол. журн., 2004, т.5, с.621−629.
- Смирнова О.В., Загульнова Л. Б., Попадюк Р. В. Популяционная концепция в биоценологии // Журн. общей биологии. 1993, т. 54, № 3, с. 438−447.
- Старобогатов Я.И. Проблема видообразования // Итоги науки и техники. Общая геология. Вып. 20. М.: ВИНИТИ, 1985. с. 1−94.
- Старобогатов Я.И. О соотношениях между микро- и макроэволюцией // Дарвинизм: история и современность. Л.: Наука, 1988, с. 13 8145.
- Старобогатов Я.И., Левченко В. Ф. Экоцентрическая концепция макроэволюции // Журн. общей биологии. 1993, т. 54, № 4, с. 389−407.
- Старобогатов Я.И., Левченко В. Ф. Возрастание биоразнообразия как основной путь эволюции экосистем // электронная публикация, 1999, ссылка: http://www.evol.nw.ru/labs/lab3 8/levchenko/articles/biodiv.htm
- Стегний В.Н. Системная реорганизация генома при видообразовании // Эволюционная биология. Материалы конференции «Проблема вида и видообразования». Томск: Томский гос. университет, 2001. Т.1. С. 128−137.
- Степаненко И.Л. Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода // Экологическая генетика 2004 г., том 2, в. 1, с. 4−12.
- Страуструп Б. Язык программирования С++ (специальное издание) // BHV. 2008, 1104 стр.
- Сукачёв В.Н. Избранные труды в трёх томах / под ред. Е. М. Лав-ренко. // Л.: Наука. Т. 1: Основы лесной типологии и биогеоценоло-гии. 1972, 419 стр.
- Суслов В.В., Колчанов Н. А. Дарвиновская эволюция и регуля-торные генетические системы // Вестник ВОГиС, 2009,. т. 13, № 2, с. 410−439.
- Татаринов Л.П. Морфологическая эволюция териодонтов и общие вопросы филогенетики. М.: Наука, 1976. 257 стр.
- Татаринов Л. П. Молекулярная генетика и эпигенетика в механизмах морфогенеза // Журн. общей биологии, 2007, т. 68, № 3, с. 165 169.
- Терновский Д.В. Биология куницеобразных. // Новосибирск. Наука, 1977. 280 стр.
- Тимофеев-Ресовский Н.В. О взаимоотношениях микро- и макроэволюции. // Микро- и макроэволюция. 1980. Тарту: Изд-во ТГУ, с. 5157.
- Тимофеев-Ресовский Н.В., Воронцов И. Н., Яблоков А. В. Краткий очерк теории эволюции. М.: Наука, 1977. 297 стр.
- Тиходеев О.Н., Гетманова Е. В., Тихомирова В. Л., Инге-Вечтомов С.Г. Неоднозначность трансляции у дрожжей: генетический контроль и модификации. // В кн.: Молекулярные механизмы генетических процессов. М.: Наука, 1990. С. 218−228.
- Тофолли Т., Марголус Н. Машины клеточных автоматов. // М.: Мир, 1991, 280, стр.
- Трапезов О.В. Регуляторные эффекты генов поведения и управление окрасочным формообразованием у американских норок (mustela vison schreber, 1777) //Вестник ВОГиС, 2008, т. 13, №½, с.63−82.
- Трифонов В.А., Перельман П. Л., Романенко С. А., Графодатский А. С. Эволюционно-цитогенетическое разнообразие. // Биоразнообразие и динамика экосистем. Ред. Шумный В. К., Шокин Ю. И., Колчанов
- Н.А., Федотов A.M. Новосибирск: Издательство Сибирского отделения Российской Академии Наук, с. 361−367.
- Трут JT.H. Эволюционные идеи Д.К. Беляева как концептуальный мост между биологией, социологией и медициной // Вестник ВОГиС, 2008, т. 12, №½, с. 7−17.
- Уиттекер Р. Сообщества и экосистемы. // М.: Прогресс, 1980, 327 стр.
- Фазалова В.Р., Семовский С. В., Щербаков Д. Ю., Менье Г. Исследование влияния демографических факторов популяции и индивидуальных биологических параметров на скорость нейтральной молекулярной эволюции // Генетика, 2007, т.43, № 9, с. 1172−1180.
- Фаминцын А.С. О роли симбиоза в эволюции организмов // Записки Императ. Академии наук. Физико-матем. Отдел., Сер. VIII, т. XX, № 3, Труды Ботанич. Лабор. Импер. Акад. Наук, № 9, 1907, с. 1−14.
- Филипченко Ю.А. Эволюционная идея в биологии. // М.: Наука, 1977. 227 стр.
- Фомин С.В., Беркинблит М. Б. Математические проблемы в биологии.// М.: Наука, 1973, 200 стр.
- Фрисман Е.Я., Шапиро А. П. Избранные математические модели дивергентной эволюции популяций. // М.: Наука, 1977. С. 150.
- Фрисман Е.Я., Жданова О. Л. Модели структурированной локальной популяции: изменение генетической структуры и численности // Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование. Новосибирск, СО РАН. — 2006. — С. 385−393.
- П.В.Фурсова, А. П. Левич, В. Л. Алексеев. Успехи современной биологии, 2003, том 123, № 2, с. 115−137.
- Хемосинтез: К 100-летию открытия С. Н. Виноградским. (Сборник). / Ответственный редактор академик М. В. Иванов, Институт микробиологии АН СССР. // М.: Наука, 1989, 256 стр.
- Хорстманн К.С., Корнелл Г., Java 2. (т. 1 и 2) 7-е изд.: Пер. с англ. // М.: Вильяме, 2006.
- Цетлин M.JI. Исследования по теории автоматов и моделирование биологических систем. // М.: Наука, 1969, 316 стр.
- Чернавский Д.С., Иерусалимский Н. Д. К вопросу об определяющем звене в системе ферментативных реакций // Изв. АН СССР, сер. биол. 1965, № 5, с. 665−672.
- Четвериков С.С. О некоторых моментах эволюционного процесса с точки зрения современной генетики // Журн. экспер. биол., 1926, 2, вып. 1, с. 3−54.
- Чураев Р.Н. Математико-логические модели молекулярных систем управления // Исследования по математической генетике. Ред. Ратнер В. А., Новосибирск: ИЦиГ СО АН, 1975а, с.67−76.
- Чураев Р.Н. Гипотеза об эпигене // Исследования по математической генетике. Ред. Ратнер В. А., Новосибирск: ИЦиГ СО АН, 19 756, с.77−94.
- Чураев Р.Н. Генные и эпигенные сети: два уровня организации наследственной системы // Вестник ВОГиС, 2005, т.9, № 2, с. 199−208.
- Чураев Р.Н., Ратнер В. А. Моделирование молекулярно-генетических систем управления на языке теории автоматов. Сообщ. 1. Опероны и оперонные системы // Исследования по теоретической генетике. Новосибирск: ИЦиГ СО АН, 1972, с. 210−228.
- Чураев Р.Н., Ратнер В. А. Моделирование динамики системы управления развитием А,-фага // Исследования по математической генетике. Ред. Ратнер В. А., Новосибирск: ИЦиГ СО АН, 1975, с.5−66.
- Шаталкин А.И. Высший уровень деления в классификации организмов. 1. Прокариоты и эукариоты // Журн. общей биологии, 2004а, т. 65, № 1, с. 19−38.
- Шаталкин А.И. Высший уровень деления в классификации организмов. 2. Архебактерии, эубактерии и эукариоты // Журн. общей биологии, 20 046, т. 65, № 2, с. 99−115.
- Шварц С.С. Экологические закономерности эволюции. // М.: Наука, 1980, 277 стр.
- Шеннон Р. Имитационное моделирование систем — искусство и наука. // М.: Мир, 1978, 418 стр.
- Шестаков С.В. О ранних этапах биологической эволюции с позиции геномики // Палеонтологический журнал. 2003а. — № 6. — С. 50−57.
- Шишкин М.А. Эволюция как эпигенетический процесс. // Современная палеонтология. Ред. Меннер В. В., Макридин В. П. М.: Недра. 1988а, с.142−169.
- Шишкин М.А. Закономерности эволюции онтогенеза. // Современная палеонтология. Ред. Меннер В. В., Макридин В. П. М.: Недра. 19 886, с. 169−209.
- Шлегель Г. Общая микробиология. // М: Мир. 1987. 568 стр.
- Шмальгаузен И.И. Факторы эволюции (Теория стабилизирующего отбора). //М.: Наука. 1968, 452 стр.
- Шмидт-Ниельсен К. Размёры животных: почему они так важны? М.: Мир.-1987. 260 стр.
- Шрёдингер Э. Что такое жизнь? Физический аспект живой клетки. // Москва-Ижевск: Регулярная и хаотическая динамика. — 2002, С. 92.
- Эйген М. Самоорганизация материи и эволюция биологических макромолекул. // М.: Мир, 1973, 216 стр.
- Эйген М., Шустер. П. Гиперцикл: принципы самоорганизации макромолекул. // М.: Мир. 1982, 272 стр.
- Эшби У.Р. Введение в кибернетику. // М.: Изд-во иностр. лит., 1959, 432 стр.
- Яблоков А.В. Существует ли специальный механизм макроэволюции? // Микро- и макроэволюция. 1980. Тарту: Изд-во ТГУ, с. 62−64.
- Яблоков А.В. Популяционная биология. // М: Высш. шк., 1987. -303 стр.
- Abouheif Е., Wray G. A. Evolution of the gene network underlying wing polyphenism in ants // Science. 2002. Vol. 297. № 5579. P. 249−252.
- Adami C, Seki R., Krdaw R. Critical exponent of species-size distribution in evolution // Artificial Life VI. MIT Press, 1998, pp. 221−227.
- Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. CRASP: a program for analysis of coordinated substitutions in multiple alignments of protein sequences // Nucleic Acids Res, 2004, V.32, pp. 64−68.
- Afonnikov D.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Detection of conserved physicochemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coordinated substitutions // Bioinformatics, 2001, Vol. 17, N11, pp. 1035−1046.
- Agrawal A., Eastman Q.M., Schatz D.G. Transposition mediated by RAG1 and RAG2 and its implications for the evolution of the immune system. //Nature. 1998. Vol.394. № 6695. P.744−751.
- Akam M. Hox genes, homeosis and the evolution of segment identity: no need for hopeless monsters // The Int. J. of Developmental Biology. 1998. Vol.42. № 3. P.445−451.
- Amann, R. I., W. Ludwing, and К. H. Schleifer. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation //Microbiol. Rev., 1995, Vol. 59, p. 143−169.
- Arbiza L., Dopazo J., Dopazo H. Positive selection, relaxation, and acceleration in the evolution of the human and chimp genome // PLoS Corn-put. Biol. 2006. Vol 2, N 4. e38. Epub 2006 Apr 28.
- Asmussen M.A. Regular and chaotic cycling in models of ecological genetics // Theoret. Population Biology, 1979, Vol.16, № 2, p. 172−190.
- Asmussen M.A.Density-dependent selection incorporating intraspecif-ic competition. II. A diploid model // Genetics, 1983, Vol. 103, p.335−350.
- Asmussen M.A., Cartwright R.A., Spencer H.G. Frequency-dependent selection with dominance: A window onto the behavior of the mean fitness // Genetics, 2004, Vol. 167, p.499−512.
- Ayala F. J., Rzhetsky A., Ayala F. J. Origin of the metazoan phyla: molecular clocks confirm paleontological estimates // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998. Vol. 95. № 2. P. 606−611.
- Babu M.M., Luscombe N.M., Aravind L., Gerstein M, Teichmann S.A. Structure and evolution of transcriptional regulatory networks // Curr. Opin. Struct. Biol. 2004. Vol. 14, N 3. P. 283−291.
- Balavoine G., de Rosa R., Adoutte A. Hox clusters and bilaterian phy-logeny // Mol. Phylogenet. Evol., 2002 Sep-24(3):366−73.
- Beiko R.G., Harlow T.J., Ragan M.A. Highways of gene sharing in prokaryotes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005. — Vol. 1002, N 40. — P. 14 332−14 337.
- Biehs В., Sturtevant M. A., Bier E. Boundaries in the Drosophila wing imaginal disc organize vein-specific genetic programs // Development. 1998. Vol. 125. № 21. P. 4245−4257.
- Biosphere origin and evolution. // Eds: Dobretsov N., Kolchanov N., Rozanov A., Zavarzin G. / Springer, 2008, 428 p.
- Botkin D.B., Janak J.F., Wallis J.R. Some Ecological Consequences of a Computer Model of Forest Growth // Journal of Ecology, 1972, Vol. 60, №.3, pp. 849−872.
- Brosius J. Genomes were forged by massive bombardments with re-troelements and retrosequences // Genetica. 1999. Vol.107. № 1−3. P.209−238.
- Buckley D. H., Schmidt Т. M. Diversity and dynamics of microbial communities in soils from agro-ecosystems // Environmental Microbiology, 2003, 5, p. 441−452.
- Carroll S.B. Homeotic genes and the evolution of arthropods and chordates // Nature. 1995, Vol. 376, pp. 479−485.
- Carroll S.B. Endless Forms Most Beautiful. The New Science of Evo Devo and the Making of the Animal Kingdom. // W.W. Norton & Co., New York, 2005, 350 p.
- Carver R.H., Tai K.C. Modern Multithreading: Implementing, Testing, and Debugging Multithreaded Java and C++/Pthreads/Win32 Programs // Wiley, 2005, 480 p.
- Cavalier-Smith T. The neomuran origin of archaebacteria, the negi-bacterial root of the universal tree and bacterial megaclassiflcation // Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002a, Vol. 52, pt. 1. pp. 7−76.
- Cavalier-Smith T. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylo-genetic classification of Protozoa // Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 20 026, Vol. 52, pt. 2. pp. 297−354.
- Computer Analysis of Genetics Macromolecules: Structure, Function and Evolution // Eds. N.A. Kolchanov, H.A. Lim. Singapore, a.o.: World Scientific, 1994. 556 p.
- Crespi BJ. The evolution of social behavior in microorganisms // Trends Ecol. Evol. 2001. — Vol. 16, № 4. — P. 178−183.
- CSAC — Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium. Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome // Nature. 2005, Vol. 437, № 7055. P. 69−87.
- Daubin V., Lerat E., Perriere G. The source of laterally transferred genes in bacterial genomes. // Genome Biol. 2003. Vol .4, N 9. — R57.
- Deutschman D. H., Levin S. A., Devine C., Buttel L. A., Scaling from Trees to Forests: Analysis of a Complex Simulation Model, Science Online, 1997.
- Diao X., Freeling M., Lisch D. Horizontal Transfer of a Plant Trans-poson // PLoS Biol. 2006 Vol. 4. — № 1, p. l 19−128.
- Dieckmann U., Doebeli M., Metz J.A.J, Tautz D. Adaptive speciation. // Cambridge Univ. Press. 2004, 476 p.
- Doebeli M.- Dieckmann U. Adaptive dynamics as a mathematical tool for studying the ecology of speciation processes // Journal of Evolutionary Biology. 2005, 18(5): 1194−1200.
- Douglas S., Zauner S., Fraunholz M., Beaton M., Penny S., Deng L.T., Wu X., Reith M., Cavalier-Smith Т., Maier U.G. The highly reduced genome of an enslaved algal nucleus // Nature, 2001, Vol.410, p.1091−1096.
- Duret L., Mouchiroud D. Determinants of substitution rates in mammalian genes: expression pattern affects selection intensity but not mutation rate // Mol. Biol. Evol. 2000. V. 17. № 1. P. 68−74.
- Dynesius M., Jansson R. Evolutionary consequences of changes in species' geographical distributions driven by Milankovitch climate oscillations // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97, N 16, p.9115−9120.
- Eldredge N., Gould S.J., Punctuated equilibria: an alternative to phy-letic gradualism. // In T.J.M. Schopf, ed., Models in Paleobiology. San Francisco: Freeman, Cooper and Company. 1972, pp. 82−115.
- Embley T.M., Martin W. Eukaryotic evolution, changes and challen-gesc// Nature, 2006, V 440, N30, p. 623−630.
- Engelberg-Kulka H, Glaser G. Addiction modules and programmed cell death and antideath in bacterial cultures. // Annu. Rev. Microbiol. 1999. Vol.53. P.43−70.
- Ferrier D.E., Holland P.W. Ancient origin of the Hox gene cluster // Nat. Rev. Genet., 2001 Jan-2(l):33−8.
- Fisher R.A. The genetical theory of natural selection. // Oxford: Clarendon Press, 1930.
- Fisher R.A. Average excess and average effect of a gene substitution. // Ann. Eugen. 1941, V 9, pp. 53−63.
- Fredrickson A. G. Formulation of structured growth models // Biotechnology and Bioengineering, 1976, Vol. 18, № 19, p.1481−1486.
- Gardner M. The Fantastic Combinations of John Conway’s New Solitaire Game «Life» // Sc. Am., 1970, Vol.223, № 4, p.120−123.
- Gardner M. Wheels, Life and Other Mathematical Amusements. // Sanfrancisco: Freeman. 1983.
- Garcia-Vallve S., Guzman E., Montero M.A., Romeu A. HGT-DB: A database of putative horizontally transferred genes in prokaryotic complete genomes.
- Gause G.F. The struggle for existence. // Baltimore: Williams and Wilkins, 1934.
- Gerhart J., Kirschner M. Cells, Embryos and Evolution. // Blackwell Science. 1997, 642 p.
- Glazko G., Veeramachaneni V., Nei M., Makalowski W. Eighty percent of proteins are different between humans and chimpanzees // Gene. 2005, Feb 14−346:215−9.
- Gojobori Т., Moriyama E.N., Kimura M. Molecular clock of viral evolution, and the neutral theory // PNAS December 1, 1990, Vol. 87, no.24, pp. 10 015−10 018.
- Goldschmidt R. The material basis of evolution. // New Heaven: Yale Univ. Press, 1940, 436 p.
- Goldschmidt R. Ecotype, ecospecies and macroevolution // Experien-tia Suppl., 1980, V. 35, p. 140−153.
- Grimm V. Ten years of individual-based modeling in ecology: what have we learned and what could we learn in the future? // Ecological modelling. 1999. Vol. 115, pp.129−148.
- Haldane J.B.S. A mathematical theory of natural and artificial selection //Proc. Camb. Phil. Soc. 1924−1932, Vol. 23, pp. 19−41- 158−163- 363 372- 607−615- 838−844- Vol. 26, pp. 220−230- Vol. 27, pp. 131−142- Vol. 28, pp.244−248.
- Haldane J.B.S. The causes of evolution. // London: Harper, 1932.
- Handelsman, J. Metagenomics or megagenomics? // Nature Reviews Microbiology. 2005, 3, p. 457−458.
- Hardy G.H. Mendelian proportions in a mixed population // Science, 1908, Vol. 28, p.49−50.
- Hassell M.P., Lawton J.N., May R.M. Patterns of dynamical behavior in single species populations // J. Anim. Ecol. 1976. — Vol. 45, N 2. P. 471 486.
- He X., Zhang J. Rapid subfunctionalization accompanied by prolonged and substantial neofunctionalization in duplicate gene evolution // Genetics. 2005. V. 169. № 2. P. 1157−1164.
- Hooper S.D., Berg O.G. Duplication is more common among laterally transferred genes than among indigenous genes. // Genome Biol. 2003. Vol.4. № 8. R48. Epub 2003 Jul 11.
- Huxley J.S. Evolution. The modern synthesis. 2-nd ed. — London: Publisher, NY.: Harper & Brothers, 1943. 645 p.
- Huxley J.S. The Evolutionary Process // Huxley J.S., Hardy A.C., Ford E.B. (eds.) Evolution as a Process. London: G. Allen & Unwin, 1954. P. 1−23.
- Jacob F. Evolution and tinkering // Science, 1977, Vol.196, pp. 11 611 166.
- Jain R., Rivera M.C., Moore J.E. et al. Horizontal gene transfer in microbial genome evolution // Theor. Popul. Biol. 2002. — Vol. 61, № 4. — P. 489−495.
- Jekely G. Origin of phagotrophic eukaryotes as social cheaters in microbial biofilms // Biology Direct, 2007, Jan-2(2):3.
- Jorgensen S.E. Lake management. // Oxford: Pergamon Pr. 1980, 167p.
- Jorgensen S.E., Bendoricchio G. Fundamentals of ecological modelling. // Elsevier, 2001. 530 p.
- Juan D., Pazos F., Valencia A. Co-evolution and co-adaptation in protein networks // FEBS Letters, 2008, Vol. 582,1. 8, pp. 1225−1230.
- Kann M.G., Shoemaker B.A., Panchenko A.R., Przytycka T.M. Correlated evolution of interacting proteins: looking behind the mirrortree // Journal of Molecular Biology, 2009, Vol. 385,1. 1, pp. 91−98.
- Karniadakis G.E., Kirby R.M. 'Parallel Scientific Computing in С++ and MPI. // Cambridge University Press, 2003, 628 pp.
- Kauffman S.A. Metabolic stability and epigenesis in randomly constructed genetic nets // J. Theor. Biol. 1969a, Mar- Vol. 22(3), p. 437−67.
- Kauffman S.A. Homeostasis and differentiation in random genetic control networks //Nature, 1969b, Vol. 224, № 215, p. 177−178.
- Kauffman S.A. Gene regulation networks: A theory for their global structure and behaviors // Current Topics in Developmental Biology. N.Y.: Academic Press. 1977. Vol. 6. P. 145−182.
- King M.C., Wilson A.C. Evolution at two levels in humans and chimpanzees // Science. 1975. V. 188. P. 107−116.
- Kluver N., Kondo M., Herpin A. et al. Divergent expression patterns of Sox9 duplicates in teleosts indicate a lineage specific subfunctionalization // Dev. Genes Evol. 2005. V. 215. № 6. P. 297−305.
- Knibbe C., Mazet O., Chaudier F., Fayard J.M., Beslon G. Evolutionary coupling between the deleteriousness of gene mutations and the amount of non-coding sequences // Journal of Theoretical Biology 2007, 244(4):621−630.
- Kolmogoroff A.N. Sulla teoria di Volterra della lotta per l’esistenza // Giornale dell’Istituto Italiano degli attuari. 1936, T.7, p.74−80.
- Koonin E.V. Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics // Annual Review of Genetics. 2005. Vol. 39, p. 309−338
- Kondrashov A.S. Deleterious mutations and the evolution of sexual reproduction//Nature, 1988, Vol. 336, N 6198, p. 435−440.
- Kostitzin V.A. La biologie mathematique. // Paris: A. Colin, 1937.
- Krammer P. H. CD95's deadly mission in the immune system // Nature. 2000. Vol. 407. № 6805. P. 789−795.
- Lawrence J.G., Ochman H. Molecular archaeology of the Escherichia coli genome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. — Vol. 95, N 16. — P. 9413−9417.
- Lawton-Rauh A.L., Alvarez-Buylla E.A., Purugganan M.D. Molecular evolution of flower development // Trends Ecol. Evol. 2000, Vol.15, p.144−149.
- Leslie P.H. On the use of matrices in certain population mathematics //Biometrika, 1945, 33(3), p. 183−212- doi: 10.1093/biomet/33.3.183.
- Leslie P.H. Some further notes on the use of matrices in population mathematics // Biometrika, 1948, Vol. 35, No. ¾, pp. 213−245.
- Li S., Nosenko Т., Hackett J.D., Bhattacharya D. Phylogenomic analysis identifies red algal genes of endosymbiotic origin in the chromalveo-lates // Mol. Biol. Evol. 2006 Mar, 23(3):663−74.
- Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G. Evolutionary conditionality of additional latent phenotype appearance in the simplest model of cell evolution. // Biodiversity and Dynamics of ecosystems in North Eurasia, Novosibirsk, 2000, Vol.1, p.191−194.
- Lotka A.G. Elements of Physical Biology. // Baltimore: Williams and Wilkins, 1925.
- Lowe S.W., Lin A.W. Apoptosis in cancer // Carcinogenesis. 2000. Vol. 21. № 3. P. 485−495.
- Lynch M., Force A. The probability of duplicate gene preservation by subfunctionalization // Genetics. 2000. V. 154. № 1. P. 459−473.
- Malthus T.R. An essay on the principle of population. // London: Johnson, 1978 (Русский перевод Т. Мальтус «Опыт закона о народонаселении». СПб., 1908).
- Margulis L. Origin of Eukaryotic Cells. // New Heaven, Yale Univ. Press, 1970, 350 p.
- Margulis L. Symbiotic Planet: A New Look at Evolution. // Basic Books, 1999, 176 p.
- May R.M., Oster G.F. Bifurcations and dynamical complexity in simple ecological models // Amer. Natur. Vol. 110, № 974, pp.573−599.
- McAffer J., Lemieux J.M. Eclipse Rich Client Platform: Designing, Coding, and Packaging Java™ Applications // Addison Wesley Professional, 2005, pp. 552.
- Meier P., Finch A., Evan G. Apoptosis in development // Nature. 2000. Vol. 407. № 6805. P. 796−801.
- Metz J.A.J., Diekmann O. The Dynamics of Physiologically structured populations. // Lecture Notes in Biomath., 68, Springer, 1986.
- Mliji el M., Hamadi F., Latrache H., Cohen N., El Ghmari A., Timi-nouni M. Association between plasmid carrying an expanded-spectrum cephalosporin resistance and biofilm formation in Escherichia coli. // New Microbiol. -2007. -Vol. 30, № 1. P. 19−27.
- Monod J. La technique de culture continue. Theorie et applications // Ann Inst. Pasteur. 1950. V. 79. P. 390−410.
- Moran P.A.P. Some remarks on animal population dynamics // Biometrics, 1950, 6, p.250−258.
- Muller H.J. The relation of recombination to mutational advance // Mutant. Res., 1964, Vol. 1, p. 2−9.
- Murray J.D. Mathematical biology. // Springer, 2002, 551 p.
- Nei M., Rooney A.P. Concerted and birth-and-death evolution of mul-tigene families // Annual Review of Genetics, 2005, Vol. 39: pp. 121−152.
- Nelson K. E, Clayton R. A, Gill S. R, et al. Evidence for lateral gene transfer between Archaea and bacteria from genome sequence of Thermoto-ga maritime // Nature. 1999. — Vol. 399, № 6734. — p. 323−329.
- Nesbo C.L., L’Haridon S., Stetter K.O., Doolittle W.F. Phylogenetic analyses of two «archaeal» genes in thermotoga maritima reveal multiple transfers between archaea and bacteria // Mol. Biol. Evol. 2001. — Vol. 18, N3.-P. 362−375.
- Novikova O.S., Fet V., Blinov A.G. Horizontal transfer of non-ltr re-trotransposons // Вестник ВОГиС, 2009, т. 13, № 1, c.76−83.
- Ochman H., Lawrence J.G., Groisman E.A. Lateral gene transfer and the nature of bacterial innovation // Nature. 2000. Vol. 405, N 6784. p. 299 304.
- Osborn H.F. The continuous origin of certain unit characters as observed by a paleontologist // Harvey Lectures. Ser. 1911−1912. Philadelphia: Press of J.B. Lippincott Company, p. 153−204.
- Page R.D., Clayton D.H., Paterson A.M. Lice and cospeciation: a response to Barker // Int. J. Parasitol., 1996, Feb 26(2):213−8.
- Paterson A.H., Bowers J.E., Chapman B.A. Ancient polyploidization predating divergence of the cereals, and its consequences for comparative genomics // Proc Natl Acad Sci USA. 2004. V. 101. № 26. P. 9903−9908.
- Pearson К. On a generalized theory of alternative inheritance, with special references to Mendel’s laws // Phil. Trans. Roy. Soc. A, 1904, 203, 53−86.
- Peterson K.J., Eernisse D.J. Animal phylogeny and the ancestry of bi-laterians: inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences // Evol. Dev., 2001, May-Jun-3(3): 170−205.
- Piskur J. Origin of the duplicated regions in the yeast genomes // Trends Genet. 2001 Jun-17(6):302−3.
- Potgens A.J.G., Drewlo S., Kokozidou M., Kaufmann P. Syncytin: the major regulator of trophoblast fusion? Recent developments and hypotheses on its action // Human Reproduction Update, 2004, Vol.10, No.6 pp. 487 496.
- Prager E.M. Wilson A.C. Slow evolutionary loss of the potential for intersspecific hybridization in birds: a manifestation of slow regulatory evolution // PNAS. USA. 1975. Vol. 72, N 1. P. 200−204.
- Prince V.E., Pickett F.B. Splitting pairs: the diverging fates of duplicated genes // Nature Rev. Genet. 2002. V. 3. № 11. P. 827−837.
- Ramkrishna D., Fredrickson A. G., Tsuchiya H. M. Dynamics of microbial propagation: Models considering inhibitors and variable cell composition // Biotechnology and Bioengineering, 1967, Vol. 9, № 2, p.129−170.
- Raff R.A., Sly B.J. Modularity and dissociation in the evolution of gene expression territories in development // Evol. Dev. 2000. Vol. 2, N 2. P. 102−113.
- Richardson M.K., Keuck G. Haeckel’s ABC of evolution and development // Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 2002. Vol. 77, N 4. P. 495−528.
- Ricker W.E. Stock and recruit // Theor. J. Fish. Res. Bard. Can. -1954.-Vol. 2,-N5.-P. 559−623.
- Ricker W.E. Handbook of computations of biological statistics of fish populations // Fish Res. Bd. Canada Bull. 1957, 119 p.
- Rosen R. Abstract biological systems as sequential machines // Bull. Math. Biophys., 1964, Vol. 26, 2.
- Rubel E. The Replaceability of Ecological Factors and the Law of the Minimum//Ecology. 1935. V. 16. № 3.P. 336−341.
- Rubel A.E. Ecology, plant geography, and geobotany: their history and aim // Bot. Gaz. 1927. Vol. 84, № 4. P. 428−439.
- Sanchez-Dehesa Y., Parsons D., Pena J.M., Beslon G. Modelling Evolution of Regulatory Networks in Artificial Bacteria // Mathematical Modelling of Natural Phenomena (MMNP), 2008, 3(2):27−66.
- Semovski S.V., Verheyen E., Sherbakov D.Yu. Simulating the evolution of neutrally evolving sequences in a population under environmental changes // Ecological modeling, 2004, Vol.176, p.99−107.
- Shindyalov T.N., Kolchanov N.A., Sander C. Can three-dimensional contacts in protein structures be predicted by analysis of correlated mutations? // Protein Eng. 1994 Mar- 7(3), pp. 349−58.
- Sonneborn T. The Paramecium aurelia complex of fourteen sibling species // Trans. Amer. Micros. Soc. 1975. v.91, N 2. p.155−178.
- Snel В., van Noort V., Huynen M.A. Gene co-regulation is highly conserved in the evolution of eukaryotes and prokaryotes // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32, N 16. P. 4725−4731.
- Srinivasan M., Laychock S.G., Hill D.J., Patel M.S. Neonatal nutrition: metabolic programming of pancreatic islets and obesity // Exp Biol Med (Maywood). 2003 Jan- 228(1): 15−23.
- Tamames J. Evolution of gene order conservation in prokaryotes. // Genome Biol. 2001. Vol.2. № 6. RESEARCH0020. Epub 2001 Jun 01.
- Tansley A.G., The use and abuse of vegetational concepts and terms // Ecology, 1935, V. 16, No 3, p. 284−307.
- Tchuraev R.N. A new method for the analysis of the dynamics of the molecular genetic control sysyems. I. Description of the method of the generalized threshold models // J. Theor. Biol., 1991, Vol.151, p.71−87.
- Tchuraev R.N., Stupak I.V., Tropynina T.S., Stupak E.E. Epigenes: design and construction of new hereditary units // FEBS Lett. 2000. V. 486. p. 200−202.
- Teichmann S.A., Babu M.M. Conservation of gene co-regulation in prokaryotes and eukaryotes // Trends Biotechnol. 2002, Vol.20. № 10. P.407−410.
- Teichmann S. A, Babu M.M. Gene regulatory network growth by duplication // Nat. Genet. 2004. Vol. 36, N 5. P.492−496.
- Thomas R. Boolean formalization of genetic control circuits // J. Theor. Biol., 1973, Vol. 42, № 3, p.563−585.
- Thomas R., Thieffry D., Kauffman M. Dynamical behaviour, of biological regulatory networks. I. Biological role of feedback loops and practical use of the concept of the loop-characteristic state //Bull. Math. Biol., 1995, Vol. 57, № 2, p.247−276.
- Torgerson D.G., Singh R.S. Rapid evolution through gene duplication and subfunctionalization of the testes-specific alpha4 proteasome subunits in Drosophila // Genetics. 2004. V. 168. № 3. P. 1421−1432.
- Vadlamudi S., Kalhan S.C., Patel M.S. Persistence of metabolic consequences in the progeny of rats fed a HC formula in their early postnatal life // Am J Physiol. 1995 Oct-269(4 Pt l):E731−8.
- Verhulst P.F. Notice sur la loi que la population suit dans son accrois-sement//Corr. Math et Phys., 1838, vol. 10, p. 113−121.
- Volterra V. Lecons sur la theorie mathematique de la lutte pour la vie. //Paris: Gauthiers-Villars, 1931.380. von Neumann J. Theory of self reproducing automata. // University of Illinois, Urbana. USA. 1966.
- Waddington C.H. The evolution of an evolutionist. // N.Y.: Cornell University Press, Ithaca, 1975. 219 p.
- Wang R.L., Stec A., Hey J., Lukens L., Doebley J. The limits of selection during maize domestication // Nature. 1999 Mar 18−398(6724):236−9.
- Weinberg W. Uber der Nachwies der Vererbung beim Menschen // Jahresh. Verein f. vater. Naturk. in Wurtemberg, 1908, 61, p.368−382.
- Wilson A.C., Maxson L.R., Sarich V.M. Two types of molecular evolution. Evidence from studies of interspecific hybridization. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1974a, Jul-71(7):2843−7.
- Wilson A.C., Sarich V.M., Maxson L.R. The importance of gene rearrangement in evolution: evidence from studies on rates of chromosomal, protein, and anatomical evolution // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1974b, Aug-71(8):3028−30.
- Woese C.R. Interpreting the universal phylogenetic tree // Proc Natl Acad Sci USA, 2000, 97(15), pp. 8392−8397.
- Woese C.R. On the evolution of cells // Proc Natl Acad Sci USA, 2002, 99(13), pp. 8742−8750.
- Wright S. Systems of mating, I V. // Genetics, 1921, Vol. 6, № 1−2, p. 111−178.
- Wright S. Evolution in Mendelian populations // Genetics, 1931, Vol. 16, N 1, p. 97−159.
- Wright S. The genetic structure of populations // Ann. Eugenics, 1951, Vol.15, p.323−354.
- Wright S. Evolution and the Genetics of Populations, 2. The Theory of Gene Frequencies // Chicago: Univ. Chicago Press, 1969.
- Wyckoff G.J., Wang W., Wu C.I. Rapid evolution of male reproductive genes in the descent of man // Nature. 2000. V. 403. № 6767. P. 304 309.
- Yang Z., Swanson W.J., Vacquier V.D. Maximumlikelihood analysis of molecular adaptation in abalone spermlysin reveals variable selective pressures among lineages and sites // Mol. Biol. Evol. 2000. V. 17. № 10. P. 1446−1455.
- Zuse K., Reclmender R., Vieweg, Braunschweig (1969) translated as «Calculating Space,» Tech. Transl. AZT-70−164-GEMIT, MIT Project MAC (1970).