С первых дней проявления раскола, неподчинение низших служителей церкви реформе Никона вызвало со стороны патриарха, а затем и официальных властей применение к ним насильственных мер. Жестоко были наказаны лидеры раскола протопопы Аввакум и Иван Неронов. Многие служители церковного культа отправлялись в ссылки, лишались сана, заточались в монастыри. Ярые представители раскола из других слоёв народных масс также подвергались жестоким наказаниям, ссылались в Сибирь, приговаривались к смертной казни.
На защиту церковных реформ встал и царь, его окружение и высшие чины церкви.
В 1666−67 годах прошёл церковный собор. Он предал «анафеме» представителей старой веры (староверов) и принял решение об их наказании. Позднее, староверов, (общее наименование последователей православия до церковной реформы патриарха Никона) стали также называть старообрядцами, раскольниками. Церковный собор 1666−67 годах своим решением официально закрепил послереформенную церковь — официальной государственной. Старообрядчество отделялось от официальной государственной церкви, становилось её врагом, и было принято решение ликвидировать его силой.
Принятие такого решения собором и особенно предание старообрядчества «анафеме», церковному проклятию, вызвал новый виток противостояния официальной церкви со старообрядчеством.
Этот этап раскола совпадает с широким антифеодальным движением в России. В Крестьянской войне под руководством Болотникова, Степана Разина, Василия Уса на Дону. Многие лозунги «борьбы за старую веру» широко использовались руководителями восстаний.
Так, например, Соловецкое восстание 1666−1676 годов было в чистом виде раскольническим восстанием в защиту «старой веры». Монахи Соловецкого монастыря длительное время не признавали новые богослужебные книги, они не согласились признать приехавших из Москвы архимандритов. В этой борьбе монахов монастыря поддерживали многочисленные беглые люди из стрельцов, крестьян, казаков и т. д.
