Основные экспонаты. 
Музеи народного зодчества под открытым небом

Церковь Собора Пресвятой Богородицы. Памятник впервые описан экспедицией Академии архитектуры СССР в 1946 году у села Холм под городом Галич (Костромская обл.). Памятник датируется 1552 годом. По преданию, распространенному в среде холмских жителей, церковь Собора Пресвятой Богородицы срубили два брата — плотники Карп и Папила, которые будто бы впоследствии были похоронены под этим храмом. Участниками экспедиции, возглавляемой С. Л. Агафоновым, в подцерковье здания действительно были обнаружены два захоронения, но находились они в разных частях подклета (одно захоронение под алтарем, второе — под трапезной). В 1960—1962 гг. памятник был перевезен в Кострому и установлен за рекой Костромой у северной стены Ипатьевского монастыря.

Церковь Всемилостливого Спаса. Церковь из села Фоминское Костромского района датируется 1712 годом. Относится к широко распространённому типу клетских церквей. Состоит из четырёх «клетей» (частей, объёмов): алтарь, четверик, трапезная, паперть (сени). Восьмигранная колокольня врублена в кровлю сеней. Кровля храма двускатная «клинчатая», в два слоя тёса «со скалой» (между верхним и нижним слоями тёса уложены широкие листы бересты), главки четверика и колокольни покрыты осиновым лемехом. Интерьер церкви — это замечательный образец народного мастерства: солея выполнена в каноне XVII века, лавки с фигурными ножками и резной опушкой врублены вдоль стен; клиросы, украшенные геометрической резьбой, установлены перед иконостасом у северной и южной стен. Обращают на себя внимание полы, рубленные из плах, косящатые и волоковые окна и массивная входная дверь с секирным замком. Находится на основной территории музея-заповедника (южней Ипатьевского монастыря) Церковь Илии Пророка (первая половина XVIII века) из села Верхний Березовец Солигаличского района Костромской области. Точная дата постройки неизвестна. Исследователи памятника, основываясь на конструктивных и стилистических особенностях, дают неопределенную датировку его строительства — XVI—XVIII вв. Верхний этаж занимал «летний», то есть неотапливаемый храм в честь Ильи Пророка. Церковь имеет богатое внутреннее убранство. Особый интерес представляет интерьер летней церкви, где сохранились: так называемое «небо» — свод, обтянутый домотканым холстом с изображением сцен Страстей Христовых; резной четырёхъярусный иконостас; установленные по стенам четверика расписные тябла, на которых в два ряда размещались иконы; резная сень над плащаницей в северо-западном углу четверика.

Этнографическая деревня. Вдоль живописной речки Игуменки поставлены жилые крестьянские дома и множество хозяйственных построек: мельницы, амбары, бани, — всего около 30 памятников деревянной архитектуры Костромского края и соседних Нижегородского и Вологодского регионов. Внутри большинства построек открыты тематические экспозиции.

Территория музея-заповедника «Костромская слобода» является также площадкой для массовых народных гуляний в традициях дореволюционной России, фольклорных фестивалей, продвижения и поддержки народных художественных промыслов. Объекты, расположенные на территории музея-заповедника, всегда востребованы кинематографистами: на территории музея-заповедника часто работают киносъемочные группы, снимая как художественные, так и научно-популярные фильмы.