Последняя картина Леонардо также выполнена в Риме, но скорее не по заказу, а по внутреннему побуждению. Это луврский «Святой Иоанн Креститель» — возможно, самая тревожащая из всех картин. Поклонники Леонардо многое бы отдали, чтобы он вовсе не писал ее. Два характернейших для Леонардо момента: легкая, не поддающаяся определению улыбка и указующий вверх палец — столь доминируют здесь, что кажутся карикатурными.
Возможно, в намерение да Винчи входило утвердить трудно доставшееся ему знание: все, что можно узнать о человеке, о мире, о вселенной, может быть выражено только в изгибе вопросительного знака. Так Леонардо покончил с живописью. Но с миром он был еще связан. Да Винчи решил разрушить его. Идея апокалиптического крушения долго занимала ум Леонардо. Но когда он всерьез приступил к этой теме, то доверился только собственным научным взысканиям: земля и горы сформированы силами бури и потопа — те же силы их разрушат. На рисунке начала потопа Леонардо изобразил мощный ливень, извергающийся разгневанными небесами. В изображении кульминации потопа он отбросил все, связанное с классической традицией: его рисунки почти беспредметны и исполнены чистого предопределения. Не осталось ничего, кроме элементарных начал: ни людей, ни земли, ни Бога.
Французский король Людовик XII умер, но глубокое уважение к Леонардо по наследству перешло к его приемнику Франциску I. Молодой король Франциск пригласил Леонардо во Францию, в усадьбу не далеко от королевства Амбуазе.
Художнику было назначено содержание, полностью удовлетворяющее нужды старого человека. Взамен Франциск просил Леонардо беседовать с ним. Да Винчи ни чего не оставалось делать, как отправиться в чужую страну. Когда Леонардо в 1516 или 1517 году прибыл в королевский замок, ему сразу дали титул «Первый художник, инженер, и архитектор Короля». Франциск отвел ему апартаменты в уютной усадьбе Клу. Он часто навещал его.
