Двухуровневая («американская модель») опирается на вторичный рынок закладных. Суть этой модели заключается в следующем. Банк выдает ипотечный кредит заемщику в обмен на обязательство в течении определенного срока ежемесячно переводить в банк фиксированную сумму. Это обязательства заемщика обеспечено залогом приобретаемого жилья. Банк продает кредит одному из агентств ипотечного кредитования, передавая при этом и обязательства по обеспечению. Агентства немедленно возмещают банку выплаченные заемщику средства и взамен просят переводить получаемые от него ежемесячные выплаты за вычетом прибыли банка в агентство. Величину ежемесячных выплат, то есть ставку, по которой агентство обязуется покупать ипотечные кредиты, устанавливает само агентство на основании требований инвесторов к доходности соответствующих финансовых инструментов. Ипотечные агентства, купив некоторое количество ипотечных кредитов у коммерческих банков, собирают их в пулы и создают на основе каждого новую ценную бумагу, источником выплат по которой являются платежи заемщиков. Эти выплаты гарантированны не залогом недвижимости, а агентством как юридическим лицом. Агентства реализуют ипотечные ценные бумаги на фондовом рынке и затем также выступают посредниками, передавая инвестору, купившему ценную бумагу, выплаты агентству от банка за вычетом своей маржи.
Основными недостатками этой схемы являются: сложность структуры построения; невозможность прямого интегрирования в иные гражданско-правовые условия; дороговизна содержания, что увеличивает стоимость кредитных средств для заёмщика; сильная зависимость от колебаний на рынке ссудного капитала и экономической ситуации в целом; тесная взаимосвязь участников ипотечного рынка между собой по исполнению обязательств.
Положительными моментами двухуровневой схемы в первую очередь являются: существенное расширение источников финансирования операций по ипотечному кредитованию; перераспределение рисков между регионами и секторами экономики, что является существенным и для России.
Деление на две схемы рынка ипотечного кредитования достаточно условно, т. к. имеется тенденция к быстрому размыванию границ только первичного рынка. Часть кредитных институтов, работающих только на первичном рынке, начинает постепенно вводить элемент двухуровневой схемы — выход на вторичный рынок с продажей своих кредитов инвесторам или посредникам. В то же время инвестиционный институт, работающий по двухуровневой схеме, может основную часть кредитов оставлять у себя. А остальную часть продавать на вторичном рынке для пополнения кредитных фондов. Даже такие закрытые модели, как ссудо-сберегательные кассы, начинают трансформироваться в полуоткрытые институты с привлечением крупных кредитных займов и выдачей кредитов не только пайщикам, но и всем желающим.