Зрелые годы в Стокгольме и Упсале

В июне 1738 г. Линней открыл медицинскую практику в Стокгольме и заключил помолвку с Сарой Лизой Морей, а через год женился на ней. В Стокгольме, помимо практики, он преподавал в горном училище и принял участие в образовании Королевской академии наук (1739), первым председателем которой он и стал.

В октябре 1741 г. Линней вступил в должность профессора медицины в Упсальском университете, в котором он и проработал до конца жизни. Положение профессора позволило ему сосредоточиться на писании книг и диссертаций по естественной истории. Из наиболее значимых публикаций этого периода следует отметить Philosophia botanica (учебник ботаники, переведенный на многие европейские языки и остававшийся образцом для других учебников до начала XIX в.), Species plantarum (Виды растений, принятые за исходный пункт ботанической номенклатуры), 10-е издание Systema naturae (принятой за исходный пункт зоологической номенклатуры), Amoenitates academicae (Академические досуги: собрание диссертаций, написанных Линнеем для своих студентов и отчасти самими студентами). В 1758 г. Линней приобрёл загородный дом в местечке Хаммарбю близ Упсалы (ныне Линнеевское Хаммарбю), который стал его летним поместьем.

В 1761 г. Линнею пожаловали дворянство, он изменил имя на фон Линне и придумал себе герб с изображением яйца и символов трёх царств природы.

В 1774 г. Линней перенёс первый удар, зимой 1776—77 г. — второй, 30 декабря 1777 г. ему стало значительно хуже, и 10 января 1778 г. он скончался в своём доме в Упсале. Как один из видных горожан Упсалы, Линней был похоронен в Упсальском кафедральном соборе.